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ANIMO
ANIMO (Analysis of Networks with Interactive MOdeling) 允许您对生物网络进行建模，并将其动力学特性与实验数据进行比较。
ANIMO
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CyKEGGParser
KEGG 通路调节器：精确的、针对特定组织和蛋白质-蛋白质相互作用的通路。
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CyNDEx-2
核心应用：CyNDEx-2 是一款用户友好的应用程序，用于浏览、导入网络以及将网络导出到 NDEx 服务器。
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CytoCopteR
用于训练逻辑模型的 Cytoscape 插件
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DeDaL
数据驱动布局 (PCA...)、网络比对、网络形态转换。
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DynDiffNet
一款用于动态差异网络构建、分析和可视化的 Cytoscape 应用程序
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DyNetViewer
Cytoscape 3.0 中动态网络的构建、分析和可视化
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ISMAGS
枚举图中基序的所有实例，并充分利用基序的对称性。
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KDDN
知识融合差异依赖网络 (Knowledge-fused Differential Dependency Network)
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OCSANA+
基于网络分析的信号传导网络最优控制与模拟
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PathLinker
从蛋白质相互作用网络中重建信号传导通路
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PEPPER
使用多目标优化，在 PPI 网络中寻找连接蛋白质集合成员的有意义通路/复合体
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Petri Net Implementation for Cytoscape (Petri 网实现)
为 Cytoscape 实现 Petri 网，支持 Petri 网的创建、加载、导出和模拟
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PTMOracle
PTM（翻译后修饰）和 PPI 数据的协同可视化与协同分析
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Rene
调控网络增强插件 - ReNE 允许用户增强标准的 KEGG/Reactome 通路。
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TETRAMER
一种用于预测主调控因子的时间转录调控建模工具
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TMM
从基因表达数据评估端粒维持机制 (Telomere Maintenance Mechanisms) 的活性。有助于改进 TMM 通路。
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Cytoscape 2.x 不支持的插件