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CytoCopteR
一个用于训练逻辑模型的 Cytoscape 插件
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PSFC
通路信号流计算器：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑结构计算通路活性。
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PetriScape
PetriScape 可执行 Petri 网的离散仿真，并将 SBML 文件转换为 Petri 网形式。
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SiGNetApp
一个用于生成网络推理基准数据的 Cytoscape 应用
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
FERN
执行化学反应网络的随机模拟。
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SimBoolNet
SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件
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