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本体分析

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	BiNGO
	计算网络中过度代表的 GO 条目，并将其显示为显著 GO 条目网络。

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	计算网络中过度代表的 GO 条目，并将其显示为显著 GO 条目网络。
	(78) 203232 次下载

	CluePedia
	CluePedia：一个利用集成实验数据和计算机模拟数据进行通路分析的 ClueGO 插件

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	(104) 230509 次下载

	ENViz
	富集分析与可视化——在系统注释背景下对多样本匹配数据集进行综合分析

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	富集分析与可视化——在系统注释背景下对多样本匹配数据集进行综合分析
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	PiNGO
	在网络中查找与用户自定义目标 GO 条目相关的候选基因。

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	在网络中查找与用户自定义目标 GO 条目相关的候选基因。
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	WikiDataScape
	用于 Cytoscape 的 WikiData 浏览器

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	ClueGO
	创建并可视化功能归类的条目/通路网络

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	创建并可视化功能归类的条目/通路网络
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	EnrichmentMap
	将通路的富集情况可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。

	EnrichmentMap
	将通路的富集情况可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。
	(29) 167804 次下载

	GFD-Net
	基于基因本体 (GO) 分析基因网络，并计算其功能差异的定量度量

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	基于基因本体 (GO) 分析基因网络，并计算其功能差异的定量度量
	(55) 19741 次下载

	UFO
	一种用于统一生物医学本体语义相似度计算、富集分析和可视化的工具

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	WordCloud
	将交互簇的功能总结为标志（logo），标志的大小代表这些功能的频率。

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	将交互簇的功能总结为标志（logo），标志的大小代表这些功能的频率。
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Cytoscape 2.x 不支持的插件

	CytoSaddleSum
	基于权重和分数（sum-of-weight scores）查找富集功能。

	CytoSaddleSum
	基于权重和分数（sum-of-weight scores）查找富集功能。
	(0)

	Mosaic
	系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。

	Mosaic
	系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。
	(19)

	OWLPlugin
	根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块

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	根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
	(0)

	SimTrek
	评估给定基因及其邻近基因的基因本体相似性。所有文件必须安装在插件文件夹中。

	SimTrek
	评估给定基因及其邻近基因的基因本体相似性。所有文件必须安装在插件文件夹中。
	(0)

	CytoSeVis
	通过语义相似性可视化网络。

	CytoSeVis
	通过语义相似性可视化网络。
	(0)

	NOA
	网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。

	NOA
	网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
	(20)

	RDFScsape
	允许在 Cytoscape 内对 OWL 或 RDF 表示的本体进行查询、可视化和推理。

	RDFScsape
	允许在 Cytoscape 内对 OWL 或 RDF 表示的本体进行查询、可视化和推理。
	(13)

	STOP
	本体短语的统计跟踪

	STOP
	本体短语的统计跟踪
	(4)