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ARACNE
通过 Cyni 提供，用于解决各种网络反褶积（network deconvolution）问题的网络推断算法
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CyLinkPredictor
基于共同邻居的链路预测器
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GRNCOP2
用于从全基因组时间序列数据集中推断时延基因调控网络的无模型组合优化算法。
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bayelviraApp
贝叶斯网络的学习与生成。
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Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推断工具箱，集成了多种允许从生物数据中推断网络的工具（适用于 Cytoscape 3.1+）
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KDDN
知识融合差异依赖网络（Knowledge-fused Differential Dependency Network）
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
