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	ARACNE
	通过 Cyni 提供用于解决各种网络解卷积问题的网络推断算法

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	CyGenexpi
	从时间序列数据中揭示调控相互作用

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	Cyni Toolbox
	Cytoscape 网络推断工具箱（Cyni Toolbox）汇集了多种工具，允许从生物数据中推断网络（适用于 Cytoscape 3.1+）

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	GRNCOP2
	用于从全基因组时间序列数据集中推断具有时间延迟的基因调控网络的无模型组合优化算法。

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	KDDN
	知识融合差异依赖网络 (Knowledge-fused Differential Dependency Network)

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	CoNet
	CoNet 是一个 Cytoscape 插件，用于检测存在/缺失矩阵和丰度矩阵中的显著关联。

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	CyNetworkBMA
	使用贝叶斯模型平均 (Bayesian Model Averaging) 从表达测量值中推断基因调控网络。

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	cyTransFinder
	信号转导通路查找器

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	iRegulon
	检测主调控因子 (Master Regulators) 和顺式调控相互作用

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	TMM
	从基因表达数据中评估端粒维持机制 (Telomere Maintenance Mechanisms) 的活性。为改进 TMM 通路做出贡献

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