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AgilentLiteratureSearch
挖掘科学文献以查找与搜索词相关的出版物，并基于搜索结果创建交互网络。
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(28)  72573 次下载
bayelviraApp
贝叶斯网络的学习与生成。
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贝叶斯网络的学习与生成。
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Bisogenet
检索与输入 ID 关联的交互。精致的用户界面提供了通往 GO、KEGG 等的链接。
Bisogenet
检索与输入 ID 关联的交互。精致的用户界面提供了通往 GO、KEGG 等的链接。
(15)  83051 次下载
CoNet
CoNet 是一个 Cytoscape 插件，用于检测存在/缺失矩阵和丰度矩阵中的显著关联。
CoNet
CoNet 是一个 Cytoscape 插件，用于检测存在/缺失矩阵和丰度矩阵中的显著关联。
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cy3sbml
cy3sbml 用于可视化 SBML 模型（系统生物学标记语言）
cy3sbml
cy3sbml 用于可视化 SBML 模型（系统生物学标记语言）
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cymirCNV
miRNA 基因相关性网络可视化
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(1)  1042 次下载
Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推断工具箱汇集了多种工具，允许从生物数据中推断网络（适用于 Cytoscape 3.1+）
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Cytoscape 网络推断工具箱汇集了多种工具，允许从生物数据中推断网络（适用于 Cytoscape 3.1+）
(25)  23404 次下载
CyTargetLinker
灵活的网络扩展应用程序
CyTargetLinker
灵活的网络扩展应用程序
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ExpressionCorrelation
创建一个相似性网络，其中节点是基因，边表示高度相关的基因。
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创建一个相似性网络，其中节点是基因，边表示高度相关的基因。
(5)  13380 次下载
IntAct App
从 IntAct 数据库构建分子相互作用网络。一键访问所有详细信息。
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(7)  17418 次下载
MetScape
将人类、小鼠和大鼠的代谢组学和基因表达数据映射到人类代谢网络，并支持通路和相关性分析。
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将人类、小鼠和大鼠的代谢组学和基因表达数据映射到人类代谢网络，并支持通路和相关性分析。
(25)  67290 次下载
Network Randomizer
用于创建随机网络并将其与真实网络进行比较的工具
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用于创建随机网络并将其与真实网络进行比较的工具
(5)  17030 次下载
PINA4MS
结合组织特异性蛋白质表达和相互作用数据，以识别具有功能和疾病相关性的基因
PINA4MS
结合组织特异性蛋白质表达和相互作用数据，以识别具有功能和疾病相关性的基因
(14)  16499 次下载
Rene
调控网络增强插件 - ReNE 允许用户增强标准的 KEGG/Reactome 通路...
Rene
调控网络增强插件 - ReNE 允许用户增强标准的 KEGG/Reactome 通路...
(12)  40877 次下载
RNA
调控网络分析仪 (Regulatory Network Analyzer) 生成/分析调控网络和状态转换网络，并计算信息熵等指标。
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调控网络分析仪 (Regulatory Network Analyzer) 生成/分析调控网络和状态转换网络，并计算信息熵等指标。
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TETRAMER
用于预测关键调控因子的时间转录调控模型器
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(26)  3293 次下载
WikiPathways
WikiPathways 网络服务客户端和 GPML 文件格式导入器
WikiPathways
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(11)  108486 次下载

Cytoscape 2.x 不支持的插件
AlternativeTableImport
通过可保存的配置文件导入本地数据
AlternativeTableImport
通过可保存的配置文件导入本地数据
(2)
BLAST2similarityGraph
将 BLAST 相似性可视化为图。
BLAST2similarityGraph
将 BLAST 相似性可视化为图。
(11)
ConsensusPathDBplugin
检索给定基因或蛋白质对的相互作用证据
ConsensusPathDBplugin
检索给定基因或蛋白质对的相互作用证据
(4)
CytoITMprobe
提供对 ITM Probe 数据库的访问，用于查询和导入相关网络节点及其属性。
CytoITMprobe
提供对 ITM Probe 数据库的访问，用于查询和导入相关网络节点及其属性。
(0)
DomainGraph
可视化连接相互作用蛋白质对的结构域-结构域相互作用。
DomainGraph
可视化连接相互作用蛋白质对的结构域-结构域相互作用。
(7)
FunNetViz
整合并可视化共表达网络并测量中心性。
FunNetViz
整合并可视化共表达网络并测量中心性。
(5)
iRefScape
检索与输入 ID 相关的相互作用，以及相互作用详情和 iRefIndices。
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检索与输入 ID 相关的相互作用，以及相互作用详情和 iRefIndices。
(0)
MetaNetter
基于高分辨率代谢组学数据推断代谢网络。
MetaNetter
基于高分辨率代谢组学数据推断代谢网络。
(1)
MONET
根据生物学注释和表达数据预测基因调控网络。
MONET
根据生物学注释和表达数据预测基因调控网络。
(0)
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
(0)
PhosphositePlus Web Service Client Module
将磷酸化相关信息整合到网络中。
PhosphositePlus Web Service Client Module
将磷酸化相关信息整合到网络中。
(2)
PSICQUICUniversalClient
用于从公共数据库导入相互作用的 PSICQUIC Web 服务客户端
PSICQUICUniversalClient
用于从公共数据库导入相互作用的 PSICQUIC Web 服务客户端
(16)
Reactome FIs
访问 Reactome 功能相互作用 (FI) 网络以执行通路分析。
Reactome FIs
访问 Reactome 功能相互作用 (FI) 网络以执行通路分析。
(4)
SFLDLoader
在 Cytoscape 上通过图表示结构蛋白质家族及其同源物。
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在 Cytoscape 上通过图表示结构蛋白质家族及其同源物。
(0)
Superpathways-Plugin
从 Wikipathways 下载并整合多个通路。
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