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ANIMO
ANIMO (Analysis of Networks with Interactive MOdeling) 允许您对生物网络进行建模，并将它们的动力学与实验数据进行比较。
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DyNet
比较两个或多个网络，并识别“重连”最频繁的节点。
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DynNetwork
在 Cytoscape 3.0 中可视化动态网络
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PathExplorer
查找路径，基于节点和边属性进行过滤并保存路径。
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Petri Net Implementation for Cytoscape
为 Cytoscape 实现 Petri 网，允许 Petri 网的创建、加载、导出和模拟
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TETRAMER
一种用于预测主调控因子的时间转录调控建模器
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DynDiffNet
一个用于动态差异网络构建、分析和可视化的 Cytoscape 应用
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DyNetViewer
在 Cytoscape 3.0 中进行动态网络的构建、分析和可视化
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KDDN
知识融合差异依赖网络 (Knowledge-fused Differential Dependency Network)
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PathInsight
一个开源应用程序，用于以系统生物学图形符号 (SBGN) 对通路中小分子结合的影响进行建模
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PSFC
通路信号流计算器 (Pathway Signal Flow Calculator)：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑结构计算通路活性。
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TimeNexus
构建、管理和可视化时间多层网络，并提取活跃的多层子网络。
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
NetDS
网络动力学与结构分析
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