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	CyIsomorphism
	所有可能的子图同构

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	Diffany
	计算差异网络

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	GASOLINE
	一个用于蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络多重局部比对的 Cytoscape 应用

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	InsituNet
	基于空间共表达的原位基因表达数据分析。

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	PINA4MS
	结合组织特异性蛋白质表达和相互作用数据，以识别功能和疾病相关基因

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	RINalyzer
	提供多种重要方法，用于分析和可视化残基相互作用网络 (RINs)。

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	CytoMCS
	计算多个大型网络的最大公共边子图。

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	DyNet
	比较两个或多个网络，并识别最“重连”的节点。

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	GNC
	具有直接和间接关系的基因网络相干性

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	PanGIA
	物理和遗传相互作用的集成分析与可视化，以推断遗传模块图谱

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	RenoDoI
	一种用于集成数据-知识网络的可视化分析方法。

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	Venn and Euler Diagrams
	提供图表视图和详细视图，用于一次比较两个或多个 Cytoscape 组。

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	NetTwo
	测量两个子网络之间的功能关系

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	OrthoNets
	能够同时比较两个物种的相互作用网络。可以可视化蛋白质结构域信息。

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	NetworkEvolution
	允许对不同物种的网络进行交互式比较分析。

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	VennDiagramgenerator
	为选定的网络生成共享节点的 Venn/Euler 图。

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