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富集分析与可视化——在系统注释背景下，对多个样本匹配数据集进行综合分析
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KDDN
知识融合差异依赖网络 (Knowledge-fused Differential Dependency Network)
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ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能相互作用网络，探索 Reactome 通路并搜索疾病相关通路及网络模式
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GRNCOP2
基于无模型组合优化算法，从全基因组时间序列数据集中推断时延基因调控网络。
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Pathway Scoring Application
评估通路中基因和过程的生物活性
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
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