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	boundaryLayout
	具有自定义边界约束的力导向网络布局

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	(2) 13768 次下载

	copycatLayout
	通过映射节点列值来克隆网络视图布局

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	CyFinder

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	DynNetwork
	在 Cytoscape 3.0 中可视化动态网络

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	(13) 27022 次下载

	EntOptLayout
	基于相对熵优化的布局插件

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	(6) 14222 次下载

	layoutSaver
	将节点位置从一个网络映射到另一个网络

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	(1) 5515 次下载

	setsApp
	保存和操作节点与边集合

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	CoordinatesLayout
	加载带有布局的图，根据预定义的二维坐标（通常是 GPS 坐标）定位其节点。

	CoordinatesLayout
	加载带有布局的图，根据预定义的二维坐标（通常是 GPS 坐标）定位其节点。
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	Cy3D
	简易 3D 网络渲染应用

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	DeDaL
	数据驱动布局（PCA 等）、网络对齐、网络变形。

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	(1) 6011 次下载

	EClerize

	EClerize

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	GOlorize
	使用基因本体论 (GO) 分类来引导网络图布局过程，并强调节点的生物学功能。

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	(2) 16564 次下载

	polyLayout
	简单的 n 部图布局算法，将类别沿着正多边形的边进行组织

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	(1) 5044 次下载

	yFiles Layout Algorithms
	用于排列网络的极其复杂的算法。

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Cytoscape 2.x 不支持的插件

	BiLayout
	为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。

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	为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。
	(8)

	GPML-Plugin
	通过导入菜单启用 GPML 文件导入。

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	(10)

	KGMLReader
	KEGG XML (KGML) 文件的文件阅读器和通路可视化器

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	(61)

	MultiLevelLayout
	用于分层生物网络的布局算法。

	MultiLevelLayout
	用于分层生物网络的布局算法。
	(2)

	FM3
	执行由 Hachul S 等人在 2005 年介绍的、最快的多级力导向布局之一：FM3 布局。

	FM3
	执行由 Hachul S 等人在 2005 年介绍的、最快的多级力导向布局之一：FM3 布局。
	(0)

	IgraphPlugin
	将 Igraph 的部分功能（如布局）引入 Cytoscape。仅限 Mac。

	IgraphPlugin
	将 Igraph 的部分功能（如布局）引入 Cytoscape。仅限 Mac。
	(4)

	Mosaic
	系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。

	Mosaic
	系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。
	(19)

	ReOrientPlugin
	根据参考 Cytoscape 会话文件布局节点位置。

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	根据参考 Cytoscape 会话文件布局节点位置。
	(1)