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综合分析

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	CentiScaPe
	查找网络中最重要的节点，并计算每个节点的中心性参数。

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	CytoCopteR
	用于训练逻辑模型的 Cytoscape 插件

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	ENViz
	富集分析与可视化——在系统注释背景下对多个样本匹配数据集进行综合分析

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	(14) 41825 次下载

	jActiveModules
	查找成员节点在表达水平上表现出显著变化的簇。

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	KDDN
	知识融合差异依赖网络 (Knowledge-fused Differential Dependency Network)

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	(7) 7775 次下载

	OCSANA+
	基于网络分析的信号网络最优控制与仿真

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	通路评分应用
	评估通路中基因和过程的生物学活性

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	PhenomeScape
	使用已知的疾病关联，从基因表达数据中识别差异调控的子网络

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	(4) 14819 次下载

	PTMOracle
	PTM（翻译后修饰）和 PPI（蛋白质-蛋白质相互作用）数据的联合可视化与联合分析

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	(4) 10231 次下载

	RINalyzer
	提供多种用于分析和可视化残基相互作用网络 (RIN) 的重要方法。

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	scNetViz
	Cytoscape 中的单细胞 RNA 测序分析

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	CluePedia
	CluePedia：一个利用综合实验数据和计算机模拟数据进行通路洞察的 ClueGO 插件

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	cyTransFinder
	信号转导通路查找器

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	IDARE
	多组学数据可视化

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	(0) 3986 次下载

	JEPETTO
	基于相互作用网络进行人类基因集富集分析和拓扑分析。

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	KeyPathwayMiner
	检测高度连通的子网络，其中大多数基因表现出相似的表达行为。

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	(70) 25321 次下载

	PanGIA
	物理和遗传相互作用的综合分析与可视化，用于推断遗传模块图

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	(0) 3754 次下载

	PEPPER
	使用多目标优化在 PPI 网络中查找连接蛋白质集成员的有意义通路/复合物

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	(44) 31778 次下载

	PINBPA
	基于蛋白质相互作用网络的通路分析

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	RenoDoI
	一种用于集成数据-知识网络的视觉分析方法。

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	RINspector
	将残基相互作用网络 (RIN) 的中心性分析与 DynaMine 柔性预测相结合

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	(5) 12172 次下载

	TMM
	从基因表达数据评估端粒维持机制 (Telomere Maintenance Mechanisms) 的活性。有助于改善 TMM 通路。

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	(0) 13722 次下载

Cytoscape 2.x 不支持的插件

	APID2NET
	从 APID 下载 PPI 数据并执行各种分析和可视化。

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	(13)

	ClustnSee
	对大型网络中的簇进行识别、可视化和分析

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	(14)

	ExprEssence
	使用多组表达数据搜索给定网络中差异改变的链接。

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	(1)

	GPEC
	基因优先级排序和生物医学证据收集

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	(15)

	IDARE [idare]
	多组学可视化和网络解缠

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	(1)

	NetAtlas
	将 Symatlas 中多个组织的基因表达数据整合到网络可视化和分析中。

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	(2)

	PerturbationAnalyzer
	基于质量作用定律评估所选节点的扰动如何影响给定网络中的其他节点。

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	(5)

	SimBoolNet
	SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件

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	(2)

	BioQualiPlugin
	对调控网络和表达数据执行一致性检查。

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	(0)

	dynamicXpr
	像电影一样，根据节点在多种条件下的表达水平动态改变其颜色。

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	(2)

	FluxViz
	CyFluxViz - 可视化通量分布

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	(6)

	iCTNet
	集成复杂性状网络 (iCTNet) 汇集了人类疾病、组织、基因和药物-靶标相互作用。

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	(6)

	KNIMEConnector
	从 Konstanz Information Miner (KNIME) 导入和导出网络

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	(8)

	OmicsAnalyzer
	将组学数据（如表达数据、蛋白质组数据等）整合到网络上

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	(3)

	PinnacleZ
	根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络

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	根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络
	(0)