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图分析

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	BNMatch2
	BNMatch 提供了一种可靠且优化的网络映射，综合考虑了节点信息和拓扑相似性

	BNMatch2
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	(3) 9576 次下载

	ClustnSee 3
	聚类、模块探索和注释

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	(1) 1408 次下载

	CoordinatesLayout
	根据预定义的二维坐标（通常为 GPS 坐标）加载具有节点位置布局的图。

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	(9) 5948 次下载

	CycleDetector
	检测 Cytoscape 网络中的环

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	(0) 4151 次下载

	CytoCluster
	一个用于分析和可视化网络聚类的 Cytoscape 应用

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	(12) 42643 次下载

	cytoHubba
	通过多种拓扑算法预测和探索给定网络中的关键节点和子网络。

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	(171) 212914 次下载

	CytoNCA
	为加权和未加权网络的多种中心性提供计算、评估和可视化分析。

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	(9) 133720 次下载

	DyNet
	比较两个或多个网络，并识别“重连”最频繁的节点。

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	(7) 15200 次下载

	GNC
	具有直接和间接关系的基因网络连贯性

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	(60) 8714 次下载

	ISMAGS
	枚举图中基序的所有实例，并充分利用基序的对称性。

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	(1) 13655 次下载

	Jesse
	计算图中所有节点的图谱度（graphlet degrees）

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	(1) 4523 次下载

	ModuLand 2.0
	模块化方法系列，提供模块层次结构和可调整的重叠

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	(2) 10572 次下载

	NCMine
	通过近团挖掘（Near-Clique Mining）查找基因网络中的功能模块

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	(3) 4657 次下载

	NetworkAnalyzer
	计算网络的拓扑属性（度分布、聚类系数、中心性等）

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	(12) 80924 次下载

	OCSANA+
	基于网络分析的信号传导网络最优控制与模拟

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	(27) 3456 次下载

	PathLinker
	从蛋白质相互作用网络中重建信号传导通路

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	(14) 32288 次下载

	PEPPER
	利用多目标优化在蛋白质相互作用（PPI）网络中寻找连接蛋白质集合成员的有意义通路/复合物

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	(44) 31778 次下载

	PSFC
	通路信号流计算器：基于基因表达/代谢物丰度和通路拓扑计算通路活性。

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	(1) 24866 次下载

	RWRMTN
	一种基于微小核糖核酸（miRNA）-靶基因网络预测疾病相关 miRNA 的工具

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	(4) 3724 次下载

	SenseNet
	生物分子结构系综的原子相互作用网络分析

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	(1) 6805 次下载

	XlinkCyNET
	在蛋白质相互作用网络中生成 XL-MS 提供的残基间连接

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	(4) 28804 次下载

	CentiScaPe
	查找网络中最关键的节点，计算每个节点的中心性参数。

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	(40) 72931 次下载

	CONAN
	生物分子结构系综的原子相互作用网络分析

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	(1) 4947 次下载

	CountTriplets
	计算图三元组并绘制显著性概况

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	(1) 2817 次下载

	CyLinkPredictor
	基于共同邻居的链接预测器

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	(3) 3099 次下载

	CytoCopteR
	一个用于训练逻辑模型的 Cytoscape 插件

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	(29) 13858 次下载

	CytoMOBAS
	识别并分析疾病相关和高度连接的子网络。

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	(0) 4122 次下载

	Cytoscape RedisGraph 插件

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	(1) 4247 次下载

	GASOLINE
	用于蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络多重局部比对的 Cytoscape 应用

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	(13) 13964 次下载

	HGPEC
	HGPEC 可以有效预测新的疾病-基因和疾病-疾病关联，并支持基于网络和排名的可视化

	HGPEC
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	(2) 4392 次下载

	jActiveModules
	查找成员节点在表达水平上表现出显著变化的聚类。

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	MCODE
	基于拓扑结构对给定网络进行聚类，以查找密集连接的区域。

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	(32) 249958 次下载

	Motif-Discovery
	它允许用户以快速且友好的方式进行“网络基序发现”。它使用了最快的 G-Tries 算法。

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	(15) 13802 次下载

	NetMatchStar
	一款增强型的 Cytoscape 网络查询应用

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	(3) 10933 次下载

	Network Coherence Calculator
	计算网络内差异表达基因的网络连贯性。

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	(3) 3417 次下载

	PathExplorer
	查找路径，根据节点和边属性过滤它们并保存。

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	(41) 15832 次下载

	PEmeasure
	计算链接权重并评估网络中链接（例如蛋白质-蛋白质相互作用）的可靠性

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	(10) 4070 次下载

	PEWCC
	在网络（例如 PPI/基因网络）中检测密集子网络（例如蛋白质/基因复合物）

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	(8) 3987 次下载

	ReactomeFIPlugIn
	使用 Reactome 功能相互作用网络探索 Reactome 通路，并搜索疾病相关通路和网络模式

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	(23) 139158 次下载

	SCODE
	这是通过监督图聚类进行蛋白质复合物识别的 Cytoscape 应用实现

	SCODE
	这是通过监督图聚类进行蛋白质复合物识别的 Cytoscape 应用实现
	(0) 13361 次下载

	ThematicMap
	ThematicMap 可视化节点属性之间的关系。它可以帮助简化复杂的网络并突出显示隐藏的关系。

	ThematicMap
	ThematicMap 可视化节点属性之间的关系。它可以帮助简化复杂的网络并突出显示隐藏的关系。
	(0) 5406 次下载

	ZDOG

	ZDOG

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Cytoscape 2.x 不支持的插件

	APCluster
	使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。

	APCluster
	使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。
	(5)

	clusterMaker
	对给定网络中紧密连接的节点和节点属性进行聚类。

	clusterMaker
	对给定网络中紧密连接的节点和节点属性进行聚类。
	(22)

	CommFinder
	基于 QCUT、HQCUT、MCL、MCODE 的聚类。

	CommFinder
	基于 QCUT、HQCUT、MCL、MCODE 的聚类。
	(5)

	CytoKavosh
	允许发现网络基序

	CytoKavosh
	允许发现网络基序
	(4)

	Interference
	评估节点移除后的拓扑影响，如辐射度、紧密度、中介中心性、质心值和离心率。

	Interference
	评估节点移除后的拓扑影响，如辐射度、紧密度、中介中心性、质心值和离心率。
	(12)

	ModuLand
	提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列

	ModuLand
	提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列
	(10)

	NetDS
	网络动力学与结构分析

	NetDS
	网络动力学与结构分析
	(1)

	Randomnetworks
	生成随机网络或随机化已加载的网络。

	Randomnetworks
	生成随机网络或随机化已加载的网络。
	(12)

	ShortestPath
	查找两个所选节点之间的最短通路。

	ShortestPath
	查找两个所选节点之间的最短通路。
	(3)

	CalculatenodeDegree
	简单地计算所选节点的度数。

	CalculatenodeDegree
	简单地计算所选节点的度数。
	(0)

	ClustnSee
	对大型网络中的簇进行识别、可视化和分析

	ClustnSee
	对大型网络中的簇进行识别、可视化和分析
	(14)

	CyClus3D
	基于三节点基序（three-node motifs）对网络进行聚类。

	CyClus3D
	基于三节点基序（three-node motifs）对网络进行聚类。
	(1)

	GraphletCounter
	计算“图元”（graphlet，小型连接的非同构子图）度分布。

	GraphletCounter
	计算“图元”（graphlet，小型连接的非同构子图）度分布。
	(1)

	MINE
	基于网络拓扑结构对网络进行聚类，使用类似于 MCODE 的修改版凝聚聚类算法。

	MINE
	基于网络拓扑结构对网络进行聚类，使用类似于 MCODE 的修改版凝聚聚类算法。
	(4)

	NeMo
	识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。

	NeMo
	识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。
	(3)

	NetMatch
	在给定网络中查找用户定义的网络基序。可以使用原始 GUI 创建和编辑网络基序。

	NetMatch
	在给定网络中查找用户定义的网络基序。可以使用原始 GUI 创建和编辑网络基序。
	(2)

	RemainingDegreeDistribution
	计算剩余度（多余度）分布。

	RemainingDegreeDistribution
	计算剩余度（多余度）分布。
	(1)

	SubnetworkCreator
	为断开连接的图创建子网络。

	SubnetworkCreator
	为断开连接的图创建子网络。
	(2)