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CHAT
识别生物网络中具有语境相关性的枢纽
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clusterMaker2
用于 Cytoscape 的多算法聚类应用
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CyNetSVM
一个利用网络约束支持向量机进行癌症生物标志物识别的 Cytoscape 应用
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GRNCOP2
无模型组合优化算法，用于从全基因组时间序列数据集中推断具有时间延迟的基因调控网络。
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KDDN
知识融合差异依赖网络
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Network Coherence Calculator
计算网络中差异表达基因的网络一致性。
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PSFC
途径信号流计算器：根据基因表达/代谢物丰度和途径拓扑结构计算途径活性。
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SDP Model Builder
与 Selventa 开发平台接口的 Cytoscape 3 应用
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TETRAMER
用于预测主调节因子的时间转录调控建模器
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CluePedia
CluePedia：一个利用整合实验数据和计算机模拟数据进行途径深入分析的 ClueGO 插件
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CoExpNetViz
在一组基因与一种或多种物种的所有其他基因之间创建共表达网络，按基因家族对节点进行分组。
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DeDaL
数据驱动布局（PCA 等）、网络比对、网络变形。
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InsituNet
从空间共表达的角度分析原位基因表达数据。
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NDB Reader
用于读取 Genomica NDB 文件的 Cytoscape 应用
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PhenomeScape
利用已知的疾病关联从基因表达数据中识别差异调节的子网络
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scNetViz
在 Cytoscape 中进行单细胞 RNASeq 分析
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SIREN
调控网络的符号化
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
DvD
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