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ClueGO
创建并可视化功能性分组的术语/通路网络
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DAPath
疾病相关通路分析器
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jActiveModules
查找成员节点在表达水平上表现出显著变化的聚类。
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PhenomeScape
利用已知疾病关联，从基因表达数据中识别差异调控的子网络
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SAFE
功能富集的空间分析
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ClustnSee 3
聚类、模块探索和注释
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iRegulon
检测主调节因子和顺式调控相互作用
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PEPPER
使用多目标优化，在 PPI 网络中查找连接蛋白质集合成员的有意义通路/复合物
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ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能相互作用网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
