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AutoAnnotate
查找聚类并通过标签和组对其进行可视化注释。
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查找聚类并通过标签和组对其进行可视化注释。
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ClueGO
创建并可视化功能性分组的术语/通路网络
ClueGO
创建并可视化功能性分组的术语/通路网络
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ClusterViz
基于 FAG-EC、EAGLE 或 MCODE 进行聚类。找到的聚类可进行 GO 富集分析。
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cyTransFinder
信号转导通路搜索工具
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EnrichmentMap
将通路富集结果可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。
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将通路富集结果可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。
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EnrichmentTable
创建一个新表格，用于执行、存储和查看功能富集分析
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Functional Enrichment Collection
用于促进功能富集分析的应用集合。安装此应用后，您将安装一系列应用。
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GOlorize
使用基因本体论 (GO) 类别来指导网络图形布局过程，并强调节点的生物学功能。
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JEPETTO
基于交互网络执行人类基因集富集和拓扑分析。
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MetScape
将人类、小鼠和大鼠的代谢组学和基因表达数据映射到人类代谢网络，并实现通路和相关性分析。
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PINBPA
基于蛋白质相互作用网络的通路分析
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SAFE
功能富集的空间分析
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stringApp
从 STRING 导入并增强 Cytoscape 网络
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UFO
一个用于统一生物医学本体论的语义相似度计算、富集分析和可视化的工具
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BiNGO
计算网络中过度表示的 GO 术语，并将其显示为显著 GO 术语的网络。
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(78) 203231 次下载
CluePedia
CluePedia：一个 ClueGO 插件，利用综合实验数据和计算机模拟数据提供通路见解
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(104) 230509 次下载
ClustnSee 3
聚类、模块探索和注释
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DAPath
疾病相关通路分析仪
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EnrichmentMap Pipeline Collection
作为 EnrichmentMap 管线工作流程一部分的应用集合
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ENViz
富集分析和可视化 - 在系统性注释的背景下，对多个样本匹配数据集进行整合分析
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GeneMANIA
从公共数据库中导入交互网络，以及基因列表及其注释和推测功能。
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iRegulon
检测主调控因子和顺式调控相互作用
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(12) 39262 次下载
MetDisease
用 MeSH 疾病术语注释代谢网络，并链接到相关参考文献。
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MGG
执行 microbetag 工作流程并可视化 microbetag 注释的网络
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ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能交互网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
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(23) 139158 次下载
scNetViz
在 Cytoscape 中进行单细胞 RNASeq 分析
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TiCoNE
时间过程网络富集器 (Time Course Network Enricher) 是一种针对时间序列数据的交互式聚类方法
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
CytoSaddleSum
基于权重和分数（sum-of-weight scores）查找富集功能。
CytoSaddleSum
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HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
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STOP
本体短语的统计跟踪
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DvD
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NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
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网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
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