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autoHGPEC
HGPEC 的升级版本，增加了自动化功能，用于预测新型疾病-基因和疾病-疾病关联
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causalpath-cytoscape-app
在 Cytoscape 中可视化 CausalPath (causalpath.org) 结果
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CHAT
识别生物网络中具有语境相关性的枢纽 (hubs)
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clusterMaker2
Cytoscape 的多算法聚类应用
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cyBrowser
核心应用：为 Cytoscape 添加 HTML 浏览器
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CyDataSeries
为您的网络添加时间序列等数据。
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CyLineUp
在网络小倍数中可视化数据
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CySpanningTree
生成树计算和用于旅行商问题的 MST 启发式算法
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cyTransFinder
信号转导通路查找器
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DeDaL
数据驱动布局 (PCA...)、网络对齐、网络变形。
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dot-app
在 Cytoscape 中导入/导出 Graphviz 文件
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enhancedGraphics
用于图表和渐变的直通映射器 (passthrough mapper)
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gexf-app
导入图交换 XML 格式 (GEXF) 文件
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IDARE
多组学数据的数据可视化
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用于 KEGG XML (KGML) 文件的文件读取器和通路可视化工具
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MetaNetter_2
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MGG
执行 microbetag 工作流程并可视化 microbetag 注释的网络
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Omics Visualizer
导入并可视化同一节点的多个数据
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为 Cytoscape 实现 Petri 网，允许创建、加载、导出和模拟 Petri 网
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PTMOracle
PTM 和 PPI 数据的共可视化和共分析
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RenoDoI
一种用于集成数据知识网络的可视化分析方法。
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RNA
调控网络分析器 (Regulatory Network Analyzer) 生成/分析调控网络和状态转换网络，并计算信息熵等指标。
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ScyNet
群落代谢模型的可视化
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SemScape
可视化语义数据景观
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stringApp
从 STRING 导入并增强 Cytoscape 网络
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TieDIE
通过交互事件进行束缚扩散 (Tied Diffusion Through Interacting Events)
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Venn and Euler Diagrams
提供用于同时比较两个或多个 Cytoscape 组的图表视图和详细视图。
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Worm Plot
序列自相似性有向图可视化。
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用于排列网络的极其复杂的算法。
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
BiNoM
系统生物学文件格式（BioPAX 3 级、SBML、CellDesigner）的导入/导出。生物网络的分析与操作。
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ChartPlugin
根据所选节点或边的数值属性创建图表。
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clusterMaker
对给定网络中紧密连接的节点和节点属性进行聚类。
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CytoHiCPlugin
CytoHiC：Hi-C 网络的可视化比较
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CyFluxViz - 可视化通量分布
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GoogleChartFunctions
使用 Google Chart API 根据属性值 (URL) 创建图像。
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IDARE [idare]
多组学可视化和网络解缠
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MetaNetter
基于高分辨率代谢组学数据推断代谢网络。
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nodeCharts
在节点上绘制条形图、折线图或饼图。
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OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
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STOP
本体短语的统计跟踪
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