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aMatReader
用于读取邻接矩阵 (.mat, .adj) 文件的应用
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BioPAX Reader
核心应用:在 Cytoscape 中提供读取 BioPAX 文件的支持
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Core Apps
核心应用:随 Cytoscape 标准发行版一同打包的一系列应用。无需单独安装。
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cyBrowser
核心应用:为 Cytoscape 添加 HTML 浏览器
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CyCL
核心应用:为 Cytoscape 提供 OpenCL 支持
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cyREST
核心应用:与语言无关的 RESTful API
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enhancedGraphics
用于图表和渐变的直通映射器(Passthrough Mapper)
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FileTransfer
用于远程 Jupyter Notebook 的文件系统代理
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JSON Support
核心应用:在 Cytoscape 中提供读取/写入 Cytoscape.js JSON 文件的支持
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mapSourceAndTarget
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Network Merge
核心应用:提供 Cytoscape 的网络合并(Network Merge)工具
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PSICQUIC Web Service Client
核心应用:在 Cytoscape 中提供对 PSICQUIC Web 服务的支持
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SBML Reader
核心应用:在 Cytoscape 中提供读取 SBML 文件的支持
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Biomart Web Service Client
核心应用:在 Cytoscape 中提供对 Biomart Web 服务的支持
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copycatLayout
通过映射节点列值来克隆网络视图布局
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CX Support
核心应用:CX JSON 文件读取器和写入器
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cyChart
一个用于定义过滤器的交互式工具
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CyNDEx-2
核心应用:CyNDEx-2 是一款用户友好的应用,用于在 NDEx 服务器上浏览、导入和导出网络。
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Diffusion
使用网络传播算法扩展节点选择
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EnrichmentTable
创建一个用于执行、存储和查看功能富集分析的新表
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ID Mapper
BridgeDB 服务的插件,提供标识符查找功能。右键点击列标题以使用“映射列”(Map Column)命令。
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Largest Subnetwork
选择网络中最大的连通分量
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NetworkAnalyzer
计算网络的拓扑属性(度分布、聚类系数、中心性等)
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OpenCL Prefuse Layout
核心应用:提供更快、基于 OpenCL 的 Cytoscape Prefuse 布局版本
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PSI-MI Reader
核心应用:在 Cytoscape 中提供读取 PSI-MI 文件的支持
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Cytoscape 2.x 不支持的插件