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AutoAnnotate
查找聚类并使用标签和组进行可视化注释。
AutoAnnotate
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clusterMaker2
适用于 Cytoscape 的多算法聚类应用
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(28) 178232 次下载
ClustnSee 3
聚类、模块探索和注释
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CyCommunityDetection
集成多尺度社区检测和功能富集用于网络分析。CDAPS
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集成多尺度社区检测和功能富集用于网络分析。CDAPS
(1) 10362 次下载
cytoHubba
通过多种拓扑算法预测并探索给定网络中的重要节点和子网络。
cytoHubba
通过多种拓扑算法预测并探索给定网络中的重要节点和子网络。
(171) 212914 次下载
DyNetViewer
Cytoscape 3.0 中动态网络的构建、分析和可视化
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GIANT
一个用于网络制图的 Cytoscape 插件
GIANT
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MCODE
基于拓扑结构对给定网络进行聚类，以发现密集连接的区域。
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基于拓扑结构对给定网络进行聚类，以发现密集连接的区域。
(32) 249958 次下载
MSClustering
一个用于复杂网络的分层聚类和系统发育分析的高效应用
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(55) 4711 次下载
Omics Analysis Collection
用于促进组学数据网络分析的应用程序集合。安装此应用将安装一系列应用。
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(1) 25962 次下载
PEPPER
使用多目标优化，在 PPI 网络中寻找连接蛋白质组的有效通路/复合物
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使用多目标优化，在 PPI 网络中寻找连接蛋白质组的有效通路/复合物
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ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能交互网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
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(23) 139158 次下载
SenseNet
生物分子结构系综的原子相互作用网络分析
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YoshikoStandalone
用于加权 (k) 聚类编辑的启发式算法。适用于 Cytoscape 3.7。
YoshikoStandalone
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cdtReader
将 Cluster 3 输出文件读取到 Cytoscape 中
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ClusterViz
基于 FAG-EC、EAGLE 或 MCODE 的聚类。找到的聚类可进行 GO 富集分析。
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CONAN
生物分子结构系综的原子相互作用网络分析
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CytoCluster
一个用于网络聚类分析和可视化的 Cytoscape 应用
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CytoMOBAS
识别并分析与疾病相关的、高度连接的子网络。
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识别并分析与疾病相关的、高度连接的子网络。
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EClerize
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Mass Spec Collection
用于促进质谱数据网络分析的应用程序集合。安装此应用将安装一系列应用。
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ModuLand 2.0
模块化方法家族，提供模块化层次结构和可调整的重叠
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NCMine
通过近团挖掘（Near-Clique Mining）查找基因网络中的功能模块
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PEmeasure
计算链接权重并评估网络中链接的可靠性（例如蛋白质-蛋白质相互作用）
PEmeasure
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PEWCC
检测网络（如 PPI/基因网络）中的密集子网络（如蛋白质/基因复合物）
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SCODE
这是用于通过监督图聚类识别蛋白质复合物的 Cytoscape 应用实现
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TiCoNE
时程网络富集器（Time Course Network Enricher）是一种用于时间序列数据的交互式聚类方法
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(73) 61704 次下载
Cytoscape 2.x 不支持的插件
APCluster
使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。
APCluster
使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。
(5)
clusterMaker
对给定网络中紧密连接的节点和节点属性进行聚类。
clusterMaker
对给定网络中紧密连接的节点和节点属性进行聚类。
(22)
CommFinder
基于 QCUT、HQCUT、MCL、MCODE 的聚类。
CommFinder
基于 QCUT、HQCUT、MCL、MCODE 的聚类。
(5)
CytoKavosh
允许发现网络基序
CytoKavosh
允许发现网络基序
(4)
MINE
基于网络拓扑结构对网络进行聚类，使用类似于 MCODE 的修改版凝聚聚类算法。
MINE
基于网络拓扑结构对网络进行聚类，使用类似于 MCODE 的修改版凝聚聚类算法。
(4)
NeMo
识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。
NeMo
识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。
(3)
clusterExplorerPlugin
探索给定的相似性图。
clusterExplorerPlugin
探索给定的相似性图。
(2)
ClustnSee
对大型网络中的簇进行识别、可视化和分析
ClustnSee
对大型网络中的簇进行识别、可视化和分析
(14)
CyClus3D
基于三节点基序（three-node motifs）对网络进行聚类。
CyClus3D
基于三节点基序（three-node motifs）对网络进行聚类。
(1)
CytoSeVis
通过语义相似性可视化网络。
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通过语义相似性可视化网络。
(0)
ModuLand
提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列
ModuLand
提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列
(10)
TransClust
对给定相似性图进行聚类。
TransClust
对给定相似性图进行聚类。
(12)
