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aMatReader
用于读取邻接矩阵（.mat, .adj）文件的应用
aMatReader
用于读取邻接矩阵（.mat, .adj）文件的应用
(2) 17050 次下载
autoHGPEC
HGPEC 的升级版本，增加了自动化功能，用于预测新型疾病-基因和疾病-疾病关联
autoHGPEC
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(6) 8386 次下载
cddApp
实现 Cytoscape 与 NCBI 保守域数据库（Conserved Domain Database）之间的集成
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实现 Cytoscape 与 NCBI 保守域数据库（Conserved Domain Database）之间的集成
(0) 15931 次下载
ClueGO
创建并可视化功能分组的术语/通路网络
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(317) 402326 次下载
copycatLayout
通过映射节点列值来克隆网络视图布局
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(1) 13968 次下载
cyBrowser
核心应用：向 Cytoscape 添加 HTML 浏览器
cyBrowser
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(1) 52125 次下载
CyNDEx-2
核心应用：CyNDEx-2 是一个用户友好的应用，用于在 NDEx 服务器上浏览、导入和导出网络。
CyNDEx-2
核心应用：CyNDEx-2 是一个用户友好的应用，用于在 NDEx 服务器上浏览、导入和导出网络。
(4) 68550 次下载
cyPlot
一个用于显示数据图表的工具
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(1) 49610 次下载
CyTargetLinker
灵活的网络扩展应用
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(40) 51763 次下载
Diffusion
使用网络传播算法扩展节点选择
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使用网络传播算法扩展节点选择
(35) 40076 次下载
EnrichmentMap
将通路的富集可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。
EnrichmentMap
将通路的富集可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。
(29) 167804 次下载
EnrichmentTable
创建一个新表，用于执行、存储和查看功能富集分析
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(7) 21223 次下载
FunCoup
从 FunCoup 导入并分析 Cytoscape 网络
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(10) 2675 次下载
ID Mapper
BridgeDB 服务的插件，提供标识符查询。右键单击列标题即可使用“映射列”（Map Column）命令。
ID Mapper
BridgeDB 服务的插件，提供标识符查询。右键单击列标题即可使用“映射列”（Map Column）命令。
(1) 19843 次下载
Largest Subnetwork
选择网络中最大的连通分量
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(4) 10896 次下载
MGG
执行 microbetag 工作流程并可视化 microbetag 注释的网络
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Omics Visualizer
为同一个节点导入并可视化多种数据
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(10) 23423 次下载
PSFC
通路信号流计算器：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑结构计算通路活性。
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(1) 24866 次下载
RINalyzer
提供许多用于分析和可视化残基相互作用网络（RIN）的重要方法。
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(9) 8936 次下载
RWRMTN
一种基于微小RNA-靶基因网络预测疾病相关微小RNA的工具
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(4) 3724 次下载
setsApp
保存并操作节点和边的集合
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structureViz2
用于在网络环境中可视化大分子结构的应用
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(4) 16925 次下载
WikiPathways
WikiPathways 网络服务客户端和 GPML 文件格式导入器
WikiPathways
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(11) 108486 次下载
WordCloud
将交互集群的功能概括为标签云，其中标签的大小代表这些功能的频率。
WordCloud
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(2) 75062 次下载
AutoAnnotate
查找集群并用标签和组对其进行可视化注释。
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(37) 77808 次下载
BridgeDb
使用 BridgeDb 和其他公共或自定义数据库源执行 ID 映射。
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(20) 21327 次下载
chemViz2
Cytoscape 的化学信息学应用
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clusterMaker2
Cytoscape 的多算法聚类应用
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CyAnimator
Cytoscape 的简单关键帧动画
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cyChart
一个用于定义过滤器的交互式工具
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(1) 50703 次下载
Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推断工具箱汇集了多种允许从生物数据推断网络的工具（适用于 Cytoscape 3.1+）
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Cyrface
连接 Cytoscape 与 R
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(7) 6203 次下载
CytoCopteR
用于训练逻辑模型的 Cytoscape 插件
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(29) 13858 次下载
enhancedGraphics
用于图表和渐变的直通映射器
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(11) 167583 次下载
EnrichmentMap Pipeline Collection
作为 EnrichmentMap 管道工作流程一部分的应用集合
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(3) 30339 次下载
eXamine
一种用于注释模块的面向集合的视觉分析方法，在节点-链路布局之上以轮廓形式显示集合成员关系。
eXamine
一种用于注释模块的面向集合的视觉分析方法，在节点-链路布局之上以轮廓形式显示集合成员关系。
(34) 24724 次下载
GeneMANIA
从包含注释和假定功能的基因列表中，从公共数据库导入相互作用网络。
GeneMANIA
从包含注释和假定功能的基因列表中，从公共数据库导入相互作用网络。
(80) 142940 次下载
KEGGscape
用于 KEGG XML（KGML）文件的文件读取器和通路可视化工具
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用于 KEGG XML（KGML）文件的文件读取器和通路可视化工具
(4) 110117 次下载
MCODE
根据拓扑结构对给定网络进行聚类，以寻找密集连接的区域。
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根据拓扑结构对给定网络进行聚类，以寻找密集连接的区域。
(32) 249958 次下载
Motif-Discovery
它允许用户以快速且友好的方式进行“网络基序发现”（Network Motif Discovery）。它使用 G-Tries 算法，这是最快的算法。
Motif-Discovery
它允许用户以快速且友好的方式进行“网络基序发现”（Network Motif Discovery）。它使用 G-Tries 算法，这是最快的算法。
(15) 13802 次下载
PathLinker
从蛋白质相互作用网络中重建信号传导通路
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从蛋白质相互作用网络中重建信号传导通路
(14) 32288 次下载
ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能交互网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
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使用 Reactome 功能交互网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
(23) 139158 次下载
RINspector
将残基相互作用网络（RIN）的中心性分析与 DynaMine 灵活性预测相结合
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scNetViz
Cytoscape 中的单细胞 RNASeq 分析
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(1) 17733 次下载
stringApp
从 STRING 导入并增强 Cytoscape 网络
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(34) 387515 次下载
Synapse Client
在 Cytoscape 中访问你在 Synapse.org 上的数据
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(1) 6509 次下载
wk-shell-decomposition
执行加权 k-shell 分解
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执行加权 k-shell 分解
(1) 3781 次下载
XlinkCyNET
在蛋白质相互作用网络中生成由 XL-MS 提供的残基间连接
XlinkCyNET
在蛋白质相互作用网络中生成由 XL-MS 提供的残基间连接
(4) 28804 次下载
Cytoscape 2.x 不支持的插件
