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AutoAnnotate
查找聚类并使用标签和分组对其进行可视化注释。
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cddApp
在 Cytoscape 和 NCBI 保守域数据库之间进行集成
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cy3sabiork
SABIO-RK 网络服务访问
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功能富集集合
用于促进功能富集分析的应用程序集合。安装此应用程序，即会安装一组相关应用程序。
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Legend Creator (图例创建器)
一种向您的图表中添加离散和连续映射图例的方法
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MetDisease
使用 MeSH 疾病术语和参考文献链接注释代谢网络。
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NDB Reader
用于读取 Genomica NDB 文件的 Cytoscape 应用程序
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(0) 2793 次下载
PathInsight
一个开源应用程序，以系统生物学图形符号 (SBGN) 对途径中的小分子结合效应进行建模
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RWRMTN
基于微小 RNA-靶基因网络预测疾病相关微小 RNA 的工具
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stringApp
从 STRING 导入并增强 Cytoscape 网络
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(34) 387515 次下载
XlinkCyNET
在蛋白质相互作用网络中生成由 XL-MS 提供的残基间连接
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(4) 28804 次下载
BridgeDb
使用 BridgeDb 和其他公共或自定义数据库源执行 ID 映射。
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ClustnSee 3
聚类、模块探索和注释
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FunCoup
从 FunCoup 导入并分析 Cytoscape 网络
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Highlighter (高亮显示器)
基于共享的自定义节点注释高亮并选择节点。
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质谱分析集合
用于促进质谱数据网络分析的应用程序集合。安装此应用程序，即会安装一组相关应用程序。
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MGG
执行 microbetag 工作流程并可视化 microbetag 注释的网络
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组学分析集合
用于促进组学数据网络分析的应用程序集合。安装此应用程序，即会安装一组相关应用程序。
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RenoDoI
一种用于集成数据-知识网络的视觉分析方法。
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SAFE
功能富集的空间分析 (Spatial Analysis for Functional Enrichment)
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UFO
一个用于统一生物医学本体语义相似度计算、富集分析和可视化的工具
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
CySBML
SBML 的 Cytoscape 插件
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NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
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EnhancedSearch
基于属性对网络执行搜索
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