Cytoscape 应用商店 - stringApp - Cytoscape 应用商店

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分类: 注释, 自动化, 数据可视化, 疾病, 富集分析, 基因-疾病关联, 基因功能预测, 导入, 交互数据库, 网络生成, 在线数据导入, PPI 网络, 可视化

*stringApp* 可将来自 [https://string-db.org/ STRING]、[http://viruses.string-db.org/ Viruses.STRING]、[http://stitch.embl.de/ STITCH]、[http://diseases.jensenlab.org/ DISEASES] 以及 PubMed 文本挖掘的功能关联或蛋白质-蛋白质/蛋白质-化学物质对的物理相互作用导入 Cytoscape。用户提供一个或多个基因、蛋白质、化合物、疾病名称或 PubMed 查询词、物种、网络类型及置信度分数，*stringApp* 即可查询数据库并返回匹配的网络。目前支持五种查询方式：- STRING: 蛋白质查询 -- 输入蛋白质名称列表（例如基因符号或 UniProt 标识符/登录号）以获取蛋白质的 STRING 网络 - STRING: PubMed 查询 -- 输入 PubMed 查询词，利用文本挖掘获取与该查询最相关的 N 个蛋白质的 STRING 网络 - STRING: 疾病查询 -- 输入疾病名称，检索与该疾病最相关的 N 个蛋白质的 STRING 网络 - STITCH: 蛋白质/化合物查询 -- 输入蛋白质或化合物名称列表，从 STITCH 获取网络 - STRING: 跨物种查询 -- 选择两个物种，获取这些物种蛋白质之间及内部的 STRING 网络。对于每次查询，用户都可以选择检索*完整的 STRING 功能关联网络*或*物理子网络*。*stringApp* 还允许用户更改置信度分数、交互类型，并通过添加任意数量的节点来扩展结果网络；这些节点可以是来自同一生物体的蛋白质、参与病毒-宿主相互作用的蛋白质或化学化合物。所有 STRING 网络都使用新的“String Style”自定义图形进行可视化，这与 STRING 网站上的网络非常相似。此外，*stringApp* 可以根据用户指定的显著性阈值检索基因本体论 (GO)、KEGG、Reactome 和 WikiPathways、DISEASES、COMPARTMENTS、TISSUES 以及蛋白质结构域的功能富集结果，并在表板 (Table Panel) 的新表格中显示。也可以针对聚类等产生的多组节点自动执行富集分析。为了可视化富集结果，该应用提供了多种图表来展示富集项。请注意，您需要安装 [https://apps.cytoscape.cn/apps/enhancedgraphics enhancedGraphics] 应用才能显示这些图表。*stringApp* 支持通过命令和 CyREST 进行自动化操作。

作者

2.2.0

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

此版本确保 stringApp 在 2024 年 12 月 31 日之后仍能正常工作。由于必要的服务器重组，stringApp 现在通过直接从 STRING API 获取所有蛋白质-蛋白质相互作用，从而更有效地利用了该 API。蛋白质-化合物、化合物-化合物、跨物种相互作用以及包括组织和细胞区室分数在内的额外节点信息仍将通过 Jensenlab API 检索。除了多项错误修复外，stringApp v2.2 的一项新功能是 STITCH 化合物网络的创建和扩展方式。即，如果您仅查询一种蛋白质，返回的网络将包含该蛋白质以及与之相互作用置信度最高的 10 种化合物。同样，如果您查询一种化合物，您将获得该化合物与置信度最高的 10 种蛋白质相互作用的网络。为了扩展蛋白质-化合物网络，您需要选择是从网络中的蛋白质集还是化合物集进行扩展，其操作方式与从选定的蛋白质或化合物节点进行扩展相同。

2.1.1

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

修复了将 STRING 网络从 Web 界面发送到 Cytoscape 时，某些物种报错的错误。

2.1.0

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

新功能：- 新的边缘面板，显示子分数（不同证据渠道的分数）并包含指向 STRING 边缘页面的链接，以便进一步探索证据 - 能够为用户使用“添加生物体”功能上传到 STRING 的自定义物种创建网络 - 用于解析化合物和病毒蛋白质标识符的新后端。错误修复与小改进：- 修复了指向 UniProtKB 的链接。- 化合物和病毒蛋白质现在有了描述 - 增加了指向结构图像来源（如 PDB 或 AlphaFold）的链接。

2.0.3

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

修复了导致 STRING 疾病查询命令意外移除的错误。

2.0.2

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

此版本针对 STRING v12 的发布进行了一些修改，包括新的平面节点设计、更新了用于切换不同节点样式的结果面板、动态获取 3D 蛋白质结构以及更新了内部物种文件。

2.0.1

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

这是一个错误修复版本，旨在改进 *string filter enrichment* 命令以及与 Omics Visualizer 应用的连接性。还添加了一个新命令 *string list selected species*。

2.0.0

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

此次更新的主要新功能：- 用于宿主-寄生虫和病毒-宿主相互作用的新 STRING:跨物种查询类型 - 支持 STRING 10.5 中所有物种的新物种 GUI 输入 - 组间富集功能 - 将富集项添加到网络中 - 改进了 STRINGify 功能

1.7.1

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

这是一个错误修复版本，重点改进了富集面板、支持新的网络类型（物理相互作用）以及来自 STRING v11.5 的扩展物种列表。

1.7.0

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

此版本包含以下几个新功能：- 启用了来自 STRING v11.5 的物理相互作用网络查询 - 增加了在*完整 STRING 网络*和*物理子网络*之间切换网络类型的选项 - 由于 STRING 更新，提供了新的富集类别：WikiPathways, DISEASES, TISSUES, COMPARTMENTS - 富集面板：在网络视图中选择一个节点，会自动选择注释该节点的富集项 - 边缘结果面板：添加了滑块和按钮，以便根据置信度隐藏/删除或显示/获取边缘，并更改网络类型 - 将显示/隐藏菜单替换为复选框菜单 - 添加了命令文档并修复了命令中的一些错误 - 修复了节点/边缘过滤初始化，使其基于属性值。

1.6.0

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

此版本除了修复一些错误外，还包括以下新功能：- 改进了 _stringify_ 功能：支持同时包含 string 和非 string 节点的网络 - 与 _EnrichmentMap_ 集成：支持从 STRING 富集结果创建 EM 网络 - 与 _clusterMaker_ 集成：从 STRING 结果面板内启动 MCL 聚类。

1.5.1

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

此版本解决了几个错误并进行了小改进，包括：* 富集表中显示富集项的数量 * 用户可以导出过滤后的富集表 * stringify 现在也能检测化合物标识符 * 改进了对无边缘网络的处理 * 更好的错误处理和用户提示信息 * 为 3.8 版本面板使用了新图标。

1.5.0

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

除了修复错误和改进外，此版本还包括以下新功能：- 结果面板中新增 STRING 面板，带有快速访问按钮以及交互式节点和边缘过滤器 - 自定义富集检索背景（会话中任何已加载的网络） - 新的富集出版物结果面板 - 支持列命名空间 - 改进了对用户定义代理的支持 - 用于高亮显示所选节点第一邻居的复选框。

1.4.2

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

此版本为错误修复版本，并根据 STRING v11 更新了应用中的生物体列表和富集类别。

1.4.1

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

这主要是错误修复版本。请注意，您需要此版本以确保应用在 STRING v11 上线后正常运行。- 移除了富集分析中 2000 个节点的限制 - 添加了包含 URL 和用户提示的全局配置文件 - 修复了“score”分数的计算 - 更改了“扩展网络”后新节点的布局选项 - 修复了与富集、用户界面和命令相关的几个小错误。

1.4.0

兼容版本 Cytoscape 3.6

依赖此版本的应用

发布说明

除了一些错误修复和对富集及命令的改进外，此版本还包括以下新功能：* 支持来自 http://viruses.string-db.org/ 的病毒-宿主相互作用 * 全局 stringApp 设置 * 启用/禁用玻璃球效果的选项 * 自动加载富集数据的选项 * 用于查询额外节点和更改置信度的新命令 * 所有命令返回 JSON 格式。

1.3.2

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

这是一个错误修复版本：* *移除冗余项*功能可移除与任何所选术语的 Jaccard 相似度高于用户指定*冗余截止值*的术语。* 在网络间切换时保留富集项的过滤状态。* 新选项*使用智能分隔符*允许在输入查询时自动识别除换行符以外的分隔符（制表符、逗号、分号）。

1.3.1

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

这主要是一个错误修复版本：* 得益于内置的批处理查询功能，解析蛋白质名称和标识符现在支持超过 2000 个条目的列表。

1.3.0

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

此版本修复了多个错误，并为功能富集添加了多项新功能，包括在显示富集项的节点上绘制图表、按来源（GO, KEGG 等）过滤富集项，以及移除重复项（基于 Jaccard 相似度）的功能。

1.2.2

兼容版本 Cytoscape 3.6

依赖此版本的应用

发布说明

修复了疾病网络搜索面板的一个错误，该错误导致用户即使在不需要解析的情况下也必须与解析对话框进行交互。

1.2.1

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

这主要是一个错误修复版本：* 在网络搜索栏中输入蛋白质或化合物时，会弹出一个文本区域。这允许输入包含空格或逗号的基因和化合物名称。* 对物种组合框进行了修复，使搜索功能在 Windows 上正常工作。* 修复了在物种组合框中输入缺失或不完整的物种名称导致无法获取正确物种的错误。* 修复了已保存会话中富集结果的加载问题。

1.2.0

兼容版本 Cytoscape 3.6

依赖此版本的应用

发布说明

此版本的 stringApp 在修复大量错误的同时引入了多项新功能。新功能包括：* 与新的 Cytoscape 3.6 网络搜索界面集成 * 新的物种搜索框 * 支持导出富集结果（参见文件->导出->STRING Enrichment） * Expand by 中的选择性参数 * 默认情况下，仅在扩展网络时重新布局新节点 * 新的 displayName 列 * 新命令及现有命令支持新的 3.6 REST 界面 * 能够为特定物种导入所有基因/蛋白质。

1.1.1

兼容性 Cytoscape 3.3

发布说明

处理 Stitch API 变更的小版本更新。

1.1.0

兼容性 Cytoscape 3.3

依赖此版本的应用

功能富集集合 3.0
AgilentLiteratureSearch (安捷伦文献搜索) 3.1.1

发布说明

**stringApp v1.1** 提供了两项主要新功能：- 查询 STITCH 获取同时包含蛋白质及其相互作用化合物的网络。- 能够按用户指定的显著性阈值检索基因本体论 (GO)、KEGG 通路和蛋白质结构域的功能富集信息，并在表板中显示结果。如果加载了 *chemViz2* 和 *enhancedGraphics*，**stringApp v1.1** 还将利用它们分别显示化合物的 2D 结构和更美观的标签。

1.0.5

兼容性 Cytoscape 3.3

依赖此版本的应用

发布说明

此版本添加了命令行/REST 支持，并更改了网络命名约定，将查询信息包含在网络名称中。我们还更优雅地处理了重复的网络名称。

1.0.4

兼容性 Cytoscape 3.3

发布说明

处理 String API 即将变更的小版本更新。

1.0.3

兼容性 Cytoscape 3.3

发布说明

另一次更新，支持在合并两个网络后，通过设置置信度值来重新建立网络的“string-ness”（STRING属性）。还修复了重新加载会话时侧边面板无法工作的错误。

1.0.2

兼容性 Cytoscape 3.3

发布说明

修复了为非人类物种显示 GeneCards 链接的微小问题（GeneCards 仅包含人类基因）。

1.0.1

兼容性 Cytoscape 3.3

发布说明

此版本修复了术语解析面板的一个简单错误，该错误要求用户在启用“导入”按钮之前至少取消选择并重新选择一个术语。

1.0.0

兼容性 Cytoscape 3.3

发布说明

stringApp 现在支持两种新的查询样式：查询疾病相关网络和查询文本相关网络（基于 PubMed 查询）。每一项都作为“从公共数据库导入网络”对话框中的独立“数据源”提供。此版本还包含一个新侧边面板（应用->STRING->显示结果面板），并为拥有相关信息的节点提供了指向细胞区室、组织和疾病信息的链接。