ReactomeFIPlugIn

利用 Reactome 功能交互 (FI) 网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路及网络模式。
分类: 自动化, 布尔网络, 癌症数据分析, 聚类, 疾病, 富集分析, 因子图, 功能分析, 功能模块检测, 模糊逻辑, 基因共表达, GO 注释, 图分析, 相互作用数据库, 交互式搜索, 微阵列, 突变分析, 网络分析, 网络生成, 网络分割, 通路数据库, 概率图模型, 预后网络模块, R, 生存分析, 系统生物学
ReactomeFIViz（也称为 Reactome Cytoscape 插件或 ReactomeFIPlugIn）旨在发现与癌症及其他疾病相关的通路和网络模式。该插件可访问数据库中存储的 Reactome 通路，帮助您对一组基因进行通路富集分析，直接在 Cytoscape 中使用手动布局的通路图可视化命中通路，并研究命中通路中基因之间的功能关系。该插件还可以访问 Reactome 功能交互 (FI) 网络——这是一个高度可靠、人工审校且基于通路的蛋白质功能交互网络，覆盖了超过 50% 的人类蛋白质。它允许您基于一组基因构建 FI 子网络、查询 FI 数据源以获取潜在的相互作用证据、构建并分析高度交互的基因模块、执行功能富集分析以对模块进行注释、通过寻找与实验数据集相关的基因来扩展网络、显示通路图，并叠加各种信息源（如癌症基因索引注释）。
作者

8.0.11

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

新增一项功能：利用 OpenAI 的大语言模型 (LLM) 总结通路富集结果。此功能已在 Reactome 通路富集、Reactome GSEA 分析和通路网络分析中启用。

8.0.10

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

本次 ReactomeFIViz 更新发布了 2025 版 Reactome FI 网络。

8.0.9

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

Bug 修复：版本 8.0.8 中的 2024 版 FI 网络错误地指向了 2022 版。现已修复。

8.0.8

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

此版本更新了 ReactomeFIViz 以支持 Java 17，该版本已与最新版 Cytoscape (3.10.2) 捆绑。

8.0.7

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

本次 ReactomeFIViz 更新发布了 2024 版 Reactome FI 网络。由于许可问题，不再包含来自 KEGG 的 FI 数据。不过，通路富集分析仍保留 KEGG 通路，以便为您上传的基因集构建的 FI 网络提供更多功能洞察。

8.0.6

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

本次 ReactomeFIViz 更新发布了 2022 版 Reactome FI 网络。FI 网络构建工作流已进行重大改进，用基于 106 种蛋白质/基因对特征训练的随机森林分类器取代了原有的朴素贝叶斯分类器。有关此新工作流的更多信息，请参考：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.05.543335v1。

8.0.5

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

这是一个维护版本，修复了选择药物后设置药物靶点以进行通路药物影响分析时的 Bug（有关此功能，请参阅：https://reactome.org/userguide/reactome-fiviz#Simulate_Impact_of_Cancer_Drugs_on_Pathway_Activities）。

8.0.4

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

1. 增加了对 Reactome FI 网络 2021 版和 Reactome 78 版的支持。 2. 仅限 Mac OS：增加了使用 AUCell 和 ssGSEA 对单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据进行通路和转录因子活性分析的新功能。Windows 版本支持即将发布。

8.0.3

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

Bug 修复：通路富集分析后，转换为 FI 网络视图时因类转换异常而失败的问题现已修复。

8.0.2

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

Bug 修复：使用连接子 (linkers) 时，类转换异常导致网络构建挂起的问题现已修复。

8.0.1

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

此版本将 Reactome FI 网络更新至 2020 最新版，Reactome 通路更新至 2020 年 12 月发布的第 75 版。用于概览 Reactome 通路的 Reacfoam 视图已更新为授权版本，移除了右下角的商业徽标。

8.0.0

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

此版本增加了许多新功能，供用户在 Cytoscape 内使用图形界面进行 scRNA-seq 数据分析和可视化：1). 支持小鼠的 Reactome 通路和 FI 网络。 2). 一套用于 scRNA-seq 数据分析和可视化的新功能。详情请参阅：https://reactome.org/userguide/reactome-fiviz#scRNA_seq。

7.2.3

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

增加了在 **Reactome Reacfoam** 视图中可视化所有 Reactome 通路的新功能。用户可以通过原始通路或基于富集分析高亮显示的通路树中的弹出菜单“*Open Reactome Reacfoam*”打开此视图。用户还可以将此视图从浏览器下载为图像文件。

7.2.2

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

此版本支持基于 Reactome 第 71 版构建的 2019 版 Reactome FI 网络。代码已更新以支持即将推出的 Cytoscape 3.8.0。

7.2.1

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

这是一个维护版本，修复了两个 Bug：1). 包含化学药物的通路图无法打开。 2). 在 GSEA 分析中，通路大小截止值（即最小值和最大值）未生效。

7.2.0

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

此版本提供以下新功能：1). 支持新版 Reactome FI 网络：2018 版。 2). Reactome 数据库已更新至 2018 年 12 月发布的第 67 版。 3). 对于基于布尔网络的约束模糊逻辑模拟，用户可以选择传递函数，并在选择 Hill 函数时指定参数。 4). 基因评分分布图得到改进，速度显著提升。 5). 后端服务器已迁移至 Amazon AWS，以提供更快、不间断的服务。 6). 用户指南 (https://reactome.org/tools/reactome-fiviz) 已更新。

7.1.0

兼容版本 Cytoscape 3.6

依赖此版本的应用

发布说明

此版本提供以下新功能：1). 支持新版 Reactome FI 网络：2017 版。 2). Reactome 数据库已更新至 2017 年 12 月发布的第 63 版。 3). 支持可视化 DrugCentral 数据库中收集的药物在 Reactome 通路和 FI 网络中的作用。药物/靶点相互作用基于从 DrugCentral 网站下载的文件 drug.target.interaction.08292017.tsv。 4). 现已支持流行的 GSEA 通路富集分析，但数据仅限于基因评分文件。 5). 用户现在可以从文件中将基因评分叠加到打开的通路图上。详情请参阅我们更新的用户指南：https://reactome.org/tools/reactome-fiviz。

7.0.2

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

这是一个维护版本，修复了 ReactomeFIViz CyREST API 中一组基因的 Reactome 通路富集分析相关的 Bug：如果没有任何基因能映射到 Reactome 通路，系统会错误地返回之前成功分析的结果。

7.0.1

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

这是一个维护版本，修复了与生存分析结果显示相关的 Bug。

7.0.0

兼容版本 Cytoscape 3.6

发布说明

增加了以下新功能：1). 支持基于 CyREST 的自动化。提供以下 API：
a). 获取 FI 网络版本列表。
b). 构建 FI 子网络。
c). 执行网络聚类分析。
d). 对显示的 FI 网络或网络模块执行功能富集分析。
e). 加载 Reactome 通路。
f). 对一组基因执行通路富集分析。
g). 导出通路图。
2). 针对药物执行基于 Reactome 通路的批量通路影响分析。
3). 可以通过更改背景颜色来高亮显示通路图中的一组选定对象。
4). 新的绘图视图，显示所选药物的所有靶点。
5). 在通路的 FI 网络视图中，增加了一个选项，以便仅显示从选定反应或复合物转换而来的 FI。
6). ReactomeFIViz Web 服务器端口的首选项设置，以避免某些组织的防火墙问题。
Bug 修复：1). 转换通路图后无法显示 FI 网络。 2). 构建 FI 网络后无法应用自动布局。

6.1.0

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

发布说明

在此版本中，我们进行了以下更改：1). 实现了一种基于布尔网络模拟计算实体活动差异或扰动的新方法。 2). 增加了新的图形界面，用于控制时间序列表中显示布尔网络模拟结果的总列数。 3). 使用一种新方法来生成布尔网络模拟的初始值。您可能会在模拟设置表中看到一些 0。 4). 吸引子值不再显示在模拟设置表中，用户应将注意力集中在时间序列表上。

6.0.0

兼容版本 Cytoscape 3.2

发布说明

此版本引入了以下两个新功能：1). 基于布尔网络的通路建模。详情请参阅：[https://wiki.reactome.org/index.php/ReactomeFIViz#Boolean_Network_based_Pathway_Analysis] 2). 在 Reactome 通路及其功能交互网络的背景下可视化 FDA 批准的癌症药物。详情请参阅：[https://wiki.reactome.org/index.php/ReactomeFIViz#Visualize_Cancer_Drugs_in_Contexts_of_Reactome_Pathways_and_FI_Network]

5.2.0.beta

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

发布说明

此版本的 ReactomeFIViz 旨在支持最新版的 Reactome FI 网络（2016 版）。无新功能发布。

5.1.0.beta

兼容版本 Cytoscape 3.2

发布说明

在此次小版本更新中，我们提供了以下新功能：1). 支持 Cytoscape 3.4.0 的通路图视图（之前因 Cytoscape 3.4.0 中网络视图实现变更而失效）。 2). 增加了一个新功能，用于比较两个选定样本的 PGM 推理结果和观测数据。 3). 修复了与基因列表、通路高亮相关的若干 Bug，并进行了性能调优。

5.0.0.beta

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

发布说明

在此重大版本中，我们提供以下新功能：1). 开发了一种基于 MRF（马尔可夫随机场）的 PGM 模型，用于 Reactome FI 网络，以基于多种组学数据类型执行功能影响分析。 2). 实现了可视化功能，供用户调查来自 PGM 的单个样本的通路和 FI 网络推理结果与组学数据。这些新功能将帮助用户进行个人基因组数据分析。 3). 增加了一种无需通过文件即可进行基因集分析的方法：用户可以直接输入或复制/粘贴基因列表到 ReactomeFIVz 中。 4). 实现了对网络视图中显示的基因集进行基因富集分析的快捷方式：用户可以选择显示的基因，然后使用弹出菜单分析其功能。 5). 在此版本中，我们选择了 Benjamini-Hochberg 方法来计算功能富集分析的 FDR 值，以实现极快的性能并易于理解结果。 6). 修复了许多 Bug。详情请参阅我们的教程页面：[http://wiki.reactome.org/index.php/ReactomeFIViz]

4.2.0.beta

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

我们在此版本中完全重新实现了基于概率图模型 (PGM) 的通路分析相关功能。有关这些新功能，请参阅我们更新的用户指南：http://wiki.reactome.org/index.php/Reactome_FI_Cytoscape_Plugin#Probabilistic_Graphical_Model_based_Pathway_Analysis。此外，在此版本中，我们引入了最新版的 Reactome 功能交互网络，即 2014 版。

4.1.1.beta

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

此版本中的更改主要与概率图模型 (PGM) 相关：1). 在从 Reactome 通路转换而来的因子图中使用实体名称，原先使用的是交互 DB_ID。 2). 当通路被转换为因子图时，增强了 BlackBoxEvents 对基因调控相互作用的输出，以用于观测数据。 3). Bug 修复：功能富集分析结果的注释导出功能已修复。

4.1.0.beta

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

增加了一个使用概率图模型进行通路分析的新功能。详情请参阅：[http://wiki.reactome.org/index.php/Reactome_FI_Cytoscape_Plugin#Probabilistic_Graphical_Model_based_Pathway_Analysis]。

4.0.1.beta

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

1). Bug 修复：在 Windows 系统上，无法通过加载的 Reactome 通路树中的弹出菜单加载用于通路富集分析的文本文件。 2). 新功能：获取通路图中选定实体的 FI；内置 Cytoscape Reactome 源视图，避免从不稳定的 Reactome 开发服务器加载 Reactome 网页。

4.0.0.beta

兼容 Cytoscape 3.0

3.0.2.beta

兼容 Cytoscape 3.0

3.0.1.beta

兼容 Cytoscape 3.0

3.0.0.beta

兼容 Cytoscape 3.0

CYTOSCAPE 3

版本 8.0.11

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发布日期 2026年3月29日

兼容 Cytoscape 3.8

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