- 修复了在 Cytoscape 3.10 上聚类图像以错误的网络样式渲染的问题。 - 聚类图像现在在高分辨率显示器上具有更好的分辨率——MCODE 现在使用新的 Cytoscape API 来生成缩略图，该 API 也可用于生成高分辨率缩略图。

- 修复了一个构建问题，该问题导致 MCODE (v2.0.1) 的旧版本无法被 Cytoscape 3.9.x 或更低版本加载——除此之外，此版本具有与 2.0.1 版本相同的功能和错误修复。

**注意：** 请勿在 **Cytoscape 3.9.x** 或更低版本上使用此版本。请改用 ``2.0.2`` 版本。 - 修复了所有聚类都被命名为“Cluster 0”的错误。 - 更新了 ``pax-logging-api`` 依赖项的版本至 ``1.11.13``，以防止与 _Log4J_ 漏洞相关的安全警告。

- 重命名了 MCODE 的 **节点 (Node)** 列。 - 为列添加了 ``MCODE`` 命名空间。 - 该应用现在为每次分析创建一组列，并以 _结果编号_ (``n``) 作为后缀： - **MCODE::Score (``n``)** - **MCODE::Node Status (``n``)** - **MCODE::Clusters (``n``)** - MCODE 列现在是 _本地的_（而非 _共享的_），这应该能在某些情况下提高性能。 - 当对应的结果被丢弃时，相关的 MCODE 列会被移除。 - 在 MCODE 的溢出菜单中添加了 **应用 MCODE 样式 (Apply MCODE Style)** 选项。 - 它现在为每个结果创建 1 个样式（仅在选中此选项时），并且当关联结果被丢弃时，该样式也会被移除。 - 在选择另一个结果时，会自动应用正确的 MCODE 样式——前提是另一个 MCODE 样式已应用于同一个被分析的网络视图。 - 现在确保在运行 ``cluster`` 命令时 MCODE 面板处于打开状态。 - 修复了自动化问题：在 ``cluster`` 命令之后立即调用 ``view`` 命令可能会导致错误，因为 UI 尚未准备就绪。 - 修复了在所有结果（或最后一个结果）被移除后，无法再次执行具有相同参数的分析的错误（“参数未更改”消息）。 - 它现在会检查所有现有结果，错误消息会提示哪一个结果已经使用相同的参数执行过。 - 修复了 MCODE 列值在 _探索 (Explore)_ 面板中不显示的问题。 - 在为 100+ 个聚类的结果创建聚类图像时，显著提高了性能。

- 修复了 MCODE _节点_ 列（例如“MCODE_Score”）在分析后没有立即创建，而是在用户选择另一个 MCODE 结果后才创建的错误。 - 修复了在选择另一个 MCODE 结果时聚类 _探索_ 表格未更新的错误。 - 修复了导致 `mcode cluster` 命令无法返回成功 JSON 响应的错误。

- 改进了用户界面，减少了杂乱感，更好地利用了可用空间，并为用户提供了几个新的实用功能（例如“丢弃所有结果”）。 - 修复了聚类网络无法获得正确样式的错误。 - 修复了销毁源网络后 MCODE 结果未被移除的错误。 - 修复了每次首次分析后都会弹出“参数未更改”消息的错误。 - 修复了在 Cytoscape 3.8 中无法显示聚类图像的问题。 - 其他小错误修复。

- 修复了通过 *命令* 或 *CyREST* 首次运行 MCODE 时可能导致聚类图像无法生成的问题。 - 修复了从一个 *MCODE 结果* 面板切换到另一个时可能发生的死锁。

- MCODE 现在通过提供以下两个命令支持 *Cytoscape 自动化*： - `mcode cluster` - `mcode view` - 结果面板已得到改进。 - 一些小的错误修复。

- 修复了在大规模网络上运行分析时可能导致 Cytoscape 内存溢出并冻结的问题。 - MCODE 算法现在已实现并行化，这应该能提高在多核计算机上分析大规模网络的速度。 - 修复了在 Cytoscape 3.4 中对没有视图的网络执行分析时出现的错误。 - UI 的微小改进。

- 修复了在存在多条边时改变 k-core 计算的错误——MCODE 现在只计算“合并后”的边以获取节点的度数。 - 如果该选项为 false，聚类网络（和聚类图像）将不再包含环。 - 修复了当 MCODE 显示“未找到聚类”消息对话框时发生的 AWT 线程死锁。 - 现在在 MCODE 结果之间切换时不再清除聚类选择。 - MCODE 面板现在在卸载应用或安装其他版本后会被处理掉。 - UI 改进。

- 修复了影响网络密度计算的错误。