EnrichmentMap

将通路富集结果可视化为富集图（Enrichment Map），这是一种展示富集通路间重叠关系的网络图。
分类: 自动化, 富集分析, 富集图, GO 注释, 本体分析
*此应用是 [https://apps.cytoscape.cn/apps/enrichmentmappipelinecollection EnrichmentMap Collection] 的一部分。* EnrichmentMap Cytoscape 应用允许您将基因集富集的结果可视化为网络。它不仅适用于通用的富集结果，也专门支持基因集富集分析 (GSEA) 的结果。节点代表基因集，边代表基因集间的重叠；通过这种方式，高度冗余的基因集会被聚类在一起，从而极大地提高了导航和解读富集结果的能力。基因集富集是一种数据分析技术，其输入包括：* 来自基因组实验的（排序的）基因列表；* 基于先验知识（如基因本体论 GO）或实验数据（如共表达模块）对基因进行分组的基因集。输出则是富集基因集的列表，即总结基因列表的最佳集合。通常将基因集富集称为功能富集，因为功能分类（如基因本体论）常被用作基因集。链接：* [https://enrichmentmap.readthedocs.io 用户指南] * [https://enrichmentmap.readthedocs.io/en/latest/Automating.html 自动化指南] * [https://github.com/BaderLab/EnrichmentMapApp 代码仓库]
作者

3.5.0

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

* 热图（Heat Map）面板可用性改进。* 在 EnrichmentMap 创建对话框中增加运行 AutoAnnotate 的新选项。* 错误修复。

3.4.0

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

* 新增 -log10(pvalue) 的列、样式映射和图表。* 对最新版 AutoAnnotate 提供更好的支持。* 默认布局现在更改为 yFiles 有机布局（yFiles organic layout）。* EnrichmentMap 创建对话框的 UI 变更。* 错误修复。

3.3.6

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

* 修复了热图中前缘（leading edge）渲染不正确的问题。

3.3.5

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

- 热图现在适用于由 EnrichmentMap 网络创建的 AutoAnnotate 摘要网络。- 为多数据集网络设置边颜色的新选项。- 错误修复。

3.3.4

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

* 在数据集列表旁创建了一个选项菜单，并将以前位于数据集列表旁的所有按钮移入该菜单。* 增加了将数据集列表与网络选择同步的功能。* 错误修复。

3.3.3

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

* 从 EnrichmentMap 网络创建子网络时，会将 EnrichmentMap 数据复制到子网络。* 错误修复。

3.3.2

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

* 错误修复。

3.3.1

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

* 增强了 'build-table' 命令，以提高应用间的互操作性。* 错误修复。

3.3.0

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

EnrichmentMap 3.3 新特性：* 'Color by DataSet' 图表中的颜色可以自定义。* 当 GMT 文件中缺少基因集时，不再报错，用户可以选择跳过缺失的基因集继续创建网络。* 热图面板可以根据前缘（leading edge）自动排序。* 热图面板可以基于节点/边选择过滤数据集。* 支持在创建 EnrichmentMap 网络时导入 Enrichr 文件。* "创建 Enrichment Map" 对话框中新增“创建命令”按钮，显示用于自动化的等效命令。* "创建 Enrichment Map" 对话框新增“入门”部分，为新用户提供帮助。* 现在可以从 STRING 或 GeneMania 网络创建 EnrichmentMap 网络。* 错误修复。

3.2.1

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

小功能更新和错误修复。- 热图面板现在与控制面板中的数据集列表同步。当数据集被禁用时，该数据集中的基因/表达数据将在热图中隐藏，这与数据集列表与网络的交互方式一致。- 为命令增加了更好的文档（可通过命令行或 swagger 访问）。- 为 mastermap 命令增加了 'pattern' 参数。- 错误修复。

3.2.0

兼容 Cytoscape 3.7

发布说明

- 与其他工具集成：GeneMANIA、STRING、Pathway Commons。- 新命令：导出 PDF、设置图表选项、显示/隐藏数据集、从表中数据创建 EM（允许从 STRING 创建 EM）。- 新的列名加前缀（EnrichmentMap::name）。- 使用 Cytoscape 3.7 引入的新列命名空间（Column Namespace）功能。- 主面板中增加滚动条。- 空排序总是排在热图底部。- 可将文件拖放到创建对话框中。- 大量错误修复。- 需要 Cytoscape 3.7。

3.1.0

兼容 Cytoscape 3.5

依赖此版本的应用

发布说明

* 重新设计了后分析（Post-Analysis）UI。* 在导入前预览特征基因集的功能。* 从网页 (download.baderlab.org) 导入 GMT 文件的功能。* 新图表：按数据集着色（Color by DataSet）。* 支持 g:profiler 双表型分析。* 热图：按类别压缩表达数据。* 将图例导出为 PDF。* 将热图导出为 PDF。* 可指定 EnrichmentMap 网络名称。* 可将文件夹拖放到创建 EnrichmentMap 对话框中。* 多项错误修复 (https://github.com/BaderLab/EnrichmentMapApp/milestone/7?closed=1)。* 需要 Cytoscape 3.5.1。

3.0.0

兼容 Cytoscape 3.4

发布说明

EnrichmentMap 3.0 是一个重大版本，包含以下新特性：* EnrichmentMap 网络现在可以从任意数量的富集数据集创建（2.0 版本最多支持 2 个数据集）。* 节点上新增图表可视化功能，用于显示 NES 分数、p 值或 q 值。提供三种新图表：径向热图、线性热图和热带（heat-strips）。* 新的网络创建对话框可以扫描文件夹以识别属于每个数据集的文件，在大多数情况下无需手动输入所需文件。* 新的控制面板允许动态更新网络和图表的内容及样式。* 新的图例对话框。* 新的精简版热图面板，具有总结表达数据的能力。* 新增多项命令，允许通过外部脚本和 CyREST 对 EnrichmentMap 进行自动化控制。

2.2.1

兼容性 Cytoscape 3.3

依赖此版本的应用

发布说明

错误修复版本。

2.2.0

兼容性 Cytoscape 3.3

发布说明

错误修复与特性：* 错误修复列表：https://github.com/BaderLab/EnrichmentMapApp/issues?q=is%3Aissue+is%3Aclosed+milestone%3A2.2_release。特性：* 网络样式的新配色方案。* 更新了 UI，使其更简洁、更现代。* 提高了基因集相似性计算的性能，并使任务可取消。

2.1.0

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

发布说明

### 2.1.0 版本中的错误修复和新增特性：错误修复：- 详细修复列表请见：https://github.com/BaderLab/EnrichmentMapApp/issues?q=is%3Aissue+is%3Aclosed+milestone%3A2.1_release 特性：- 改进了后分析接口和功能。- 后分析可以在“已知特征模式（known signature mode）”或“特征发现模式（signature discovery mode）”下运行。“已知特征模式”为一小部分集合计算后分析边；“特征发现模式”允许过滤大量潜在特征，以帮助找出最可能的集合。- 后分析边可以使用 Mann-Whitney 检验（双侧或单侧）计算，并分别使用数据集 1 或数据集 2 的排序文件。例如，这允许用户仅寻找包含显著上调的 miR 靶标通路的基因集。- 更新 g:profiler 支持，不再强制要求指定 GMT 文件。- 增加了在通用富集文件中指定与基因集相关的基因集的功能。- 在图例面板增加了“出版级（publication ready）”按钮，以便用户可以轻松在图表就绪视图和正常视图之间切换。

2.0.1

兼容性 Cytoscape 3.1

发布说明

### 2.0.1 版本中的错误修复和新增特性<BR> **错误修复**<BR> * 修复了使用 edb 或 rpt 构建双数据集网络时，因缺少对 GMT 文件的引用而产生的问题。<BR> * 修复了通过热图面板加载排序文件的问题。<BR> * 增加了 PDF 导出目前不可用的错误提示。<BR> * 修复了某些数据类型无法创建分层聚类热图的问题。<BR> * 允许用户在关闭输入面板后重新打开。<BR> 修复了 GREAT 文件导入问题（如果某行缺少基因，它会截断加载，仅加载该行之前的结果）。<BR> * GREAT 导出从 TSV 文件加载，而不是从下载的 TXT 版本加载。<BR> * 启用仅 GMT 的 EM 创建。<BR> * 修复了如果没有通过阈值的基因集，无法创建 EM 的问题。<BR><BR> **特性**<BR> * 启用从 Bingo 3.0 输出文件创建 EM。<BR> * P 值和 Q 值现在可以设置 10-12 的精度，或使用科学计数法（科学计数法无限制）。<BR> * 增加了指定用于过滤 GREAT 结果的 p 值类型（超几何、二项式、两者或其一）的功能。<BR> * 启用滑动条以支持高于 10-3 的精度。现在支持任意截止值，并在截止值基础上增加 10-3 的精度范围。<BR>

2.0.0

兼容性 Cytoscape 3.1

CYTOSCAPE 3

版本 3.5.0

发布于 2024年10月7日

兼容版本 Cytoscape 3.7

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