安装完成后，该应用会在 Cytoscape 现有的 CyREST HTTP 服务器内发布一个 MCP 端点。智能体（Agents）可以连接到 CyREST 上的 MCP URL 作为远程 HTTP 传输，然后调用 MCP 工具来驱动 Cytoscape 桌面显示界面上的活动。[用户手册](https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp/blob/main/docs/UserManual.md) [教程](https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp/blob/main/docs/Tutorial.md) [MCP 工具清单](https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp/blob/1.0.0/MCPManifest.md) - 用于激活 MCP 工具的示例智能体提示词： - `> open a network using cytoscape desktop` (使用 cytoscape 桌面打开网络) - `> analyze the network in cytoscape` (在 cytoscape 中分析网络) - `> change the network layout` (更改网络布局) - `> switch network style` (切换网络样式) - `> increase the network edge width by 1` (将网络边宽度增加 1) - `> change the network node color to green` (将网络节点颜色更改为绿色) - `> change node label to courier new` (将节点标签更改为 courier new 字体) - `> lock node width and height on network` (锁定网络上的节点宽度和高度) - `> import new attributes into the node table of my network in cytoscape` (在 cytoscape 中将新属性导入到我的网络节点表中) - 映射 - `> map edge shape to interaction` (将边形状映射到交互) - `> map weight to node size` (将权重映射到节点大小) - `> generate green colors on edges based on discrete values of confidence` (根据置信度的离散值生成边的绿色) - `> set color gradient on nodes from blue to red based on eccentricity` (根据离心率设置从蓝色到红色的节点颜色渐变) - `> set node label to gene1` (将节点标签设置为 gene1) **MCP 工具栏按钮**：左下角状态栏中一个加粗的 MCP 按钮。当 MCP 服务器运行时，标签显示为绿色；未运行时显示为红色。点击该按钮会打开“智能体配置”对话框，其中显示了完整的 MCP URL 以及所有受支持智能体的连接说明。 **任务历史记录条目**：每一次 MCP 工具的调用都会记录在 Cytoscape 的“任务历史”面板中（视图 > 显示任务历史），因此您可以准确查看智能体调用了哪些工具以及调用时间。 **智能体 MCP 配置**：请参阅 [教程](https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp/blob/main/docs/AgentConfiguration.md) 以获取有关如何配置 Claude Desktop、Claude Code、GitHub Copilot CLI 和 OpenAI Codex CLI 等各种智能体并将其连接到作为 MCP 服务器的 Cytoscape 桌面的分步说明。
