我们推出了一款用于 **Cytoscape 3.x** 的新插件 **cytoHubba**，可通过网络特征对网络中的节点进行排序。CytoHubba 提供了 11 种拓扑分析方法，包括：度（Degree）、边缘渗透成分（EPC）、最大邻域成分（MNC）、最大邻域成分密度（DMNC）、最大团中心性（MCC）以及六种基于最短路径的中心性（瓶颈、离心率、紧密度、径向度、介数和压力）。在这 11 种方法中，新提出的 **MCC** 方法表现优于其他方法。MCC 在高度和低度蛋白质中都能在排名靠前的列表中捕获到更多关键蛋白质。另一种方法 **DMNC** 则能捕捉到一组不同的关键蛋白质，这意味着它以不同的方式对网络进行评分。由于生物网络具有异质性，使用多种方法来捕获关键蛋白质是合理的。我们希望这个实用的工具能够为寻找新疗法以及理解控制正常细胞过程和疾病病理的基础机制提供良好的切入点。