# *核心应用*：cyREST __重要提示：此应用现已随 Cytoscape v3.3 及更高版本自动分发！__ 您可以通过 Cytoscape 应用管理器中的“检查更新”选项卡将 CyREST 更新到最新版本。 ---- ## 概述 CyREST 是驱动 Cytoscape 自动化的技术，使您能够创建完全在 Cytoscape 内部或通过外部工具（例如 Jupyter、R、GenomeSpace 等）执行的可重现工作流。这使得 Cytoscape 能够扩展处理大型数据集集合，以及比通过键盘和鼠标操作更复杂的工作流。 ## 使用 cyREST，您可以... * 自动化您的数据分析和可视化工作流 * 使用 [python](https://pythonlang.cn/)、[Jupyter Notebook](https://jupyter.org.cn/) 或 [RStudio](http://www.rstudio.com/) 操作 Cytoscape * 用您选择的编程语言和库将您的服务连接到 Cytoscape，例如： * Python + NumPy + SciPy，用于实现布局算法 * R + igraph，用于编写网络分析工具 要了解有关 Cytoscape 自动化的更多信息，请访问我们的 [Wiki](https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/wiki)。 ---- ## cyREST 论文 请引用我们的论文以支持项目的可持续性： __Ono, Keiichiro, et al. "[CyREST: Turbocharging Cytoscape Access for External Tools via a RESTful API](http://f1000research.com/articles/4-478/v1)." F1000Research 4 (2015).__ ---- ## REST API 文档 CyREST API 文档可通过 Cytoscape 主菜单中的 __帮助__ → __自动化__ 子菜单获取。 ---- ## 相关包、应用和模块 * Cytoscape 自动化 Wiki 包含供脚本编写者使用 python 或 R 访问 CyREST 的资源，[点击此处](https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/tree/master/for-scripters)，包括旨在简化通过 CyREST 访问并大幅减少样板代码的封装库。 * [RCyjs 包](http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCyjs.html) 是一个独立但相关的资源，可用于在 R 会话中通过 Web 浏览器显示类似 Cytoscape 的图形。 ---- ## 使用 cyREST 和 R/Python 生成的示例  图 1：使用 cyREST、igraph 和 R 进行图形结构感知可视化。代码可在 [此处](https://github.com/idekerlab/cy-rest-R/blob/develop/workflow1_structure_based_visualization.R) 获取。  图 2：从人类相互作用组 (HumanNet v1) 到子图的染色体名称标注 ---- ## 新闻： * __2017/6/9__：发布 3.5.0 版本。CyREST API 文档现已集成在 Cytoscape 帮助菜单中。 * __2016/5/8__：发布 3.4.0 版本。应用现在可以创建 REST 端点。示例可在 [Cytoscape 自动化](https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/tree/master/for-app-developers) GitHub 仓库中找到。 * __2016/9/13__：发布 3.3.7 版本。发现 3.3.6 中的关键错误，此版本包含修复程序。 * __2016/9/8__：发布 3.3.6 版本。小错误修复版本。 * __2016/9/1__：发布 3.3.5 版本。包含新的 _/collections_ API。 * __2016/6/22__：发布错误修复版本。您可以直接按“升级”按钮安装新版本。 * __2015/11/16__：迁移为核心应用。现在 cyREST 是 Cytoscape 核心发行版的一部分。如果您使用的是 Cytoscape 3.3 或更高版本，则无需安装此应用。 * __2015/9/2__：发布 2.0.2 版本。与 Command REST 模块合并。命令功能可在 /v1/commands 下使用。这只是现有核心代码库的直接移植，命令 API 尚未实现 RESTful 化。 * __2015/7/28__：发布 1.1.1 版本。添加了以文件形式获取网络的 API（及一些错误修复）。 * __2015/6/26__：发布 1.1.0 版本。支持 SVG 和 PDF 导出功能！__ * __2015/6/14__：发布 0.9.17 版本。支持布局属性和本地表格列。 * __2015/6/9__：发布 0.9.16 版本。现在可以通过 API 访问布局参数。 * __2015/6/5__：Python 封装库 (py2cytoscape) 发布。
