分类：自动化, 核心应用, 数据库, 数据集成, 网络仓库, 在线数据导入, 系统生物学

## *核心应用*：CyNDEx-2 ### 注意：此应用已预装在 Cytoscape 3.9 或更高版本中 **_你不应自行_ 从商店下载此应用。如果 Cytoscape 检测到 App Store 中有新版本，它会在启动时通知你，并让你有机会直接下载。** **如果你的 Cytoscape 版本低于 3.9，_你不应下载此应用_。你的 Cytoscape 中已预装了该应用的早期版本，此应用无法替换它。** # 欢迎使用 CyNDEx-2！ *** 我们强烈建议你始终使用最新的 Cytoscape 版本以及所有“核心”应用的最新版本，包括 CyNDEx-2。 *** **虽然我们一直在努力改进应用并修复下述部分小问题，但我们强烈鼓励你使用 CyNDEx-2，提供反馈并报告问题，以帮助我们改进产品并更好地服务科研社区** *** ###[http://chianti.ucsd.edu/cyto_web/bugreport/bugreport.php 点击此处报告 CyNDEx-2 的错误] *** ## 已知问题和局限性 - 如果你运行的是 Cytoscape 3.7.x，请使用 **CyNDEx-2 v3.0.1**。 - 如果你运行的是 Cytoscape 3.6.x，请使用 **CyNDEx-2 v2.2.3**。 - 如果你运行的 Cytoscape 版本早于 3.6.0，请改用 [https://apps.cytoscape.cn/apps/cyndex **CyNDEx 应用**]。 *** *** ## 查找和加载网络 安装后，Cytoscape 的网络控制面板中的搜索小部件将增加一个新的搜索栏。要激活它，请拉下数据源列表并选择“NDEx 数据库”选项。你可以直接在相邻的文本框中输入查询；查询可以是关键字、公共网络的 UUID、基因符号或私有网络的“可共享 URL”。搜索栏还提供了一个包含搜索提示的弹出面板，如下所示： <a href="http://home.ndexbio.org/img/sshot1.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/sshot1.png"></a> 或者，你可以使用 Cytoscape 工具栏中便捷的 NDEx 按钮： <a href="http://home.ndexbio.org/img/sshot2.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/sshot2.png"></a> 点击搜索按钮后，将出现 CyNDEx-2 查找器窗口，允许你将一个或多个网络导入 Cytoscape。 <a href="http://home.ndexbio.org/img/Cyndex2-browser.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/Cyndex2-browser.png"></a> *** ## 保存网络 将网络保存到 NDEx 非常简单：与加载网络一样，你可以使用 Cytoscape 工具栏中的 NDEx 按钮，如下所示： <a href="http://home.ndexbio.org/img/sshot3.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/sshot3.png"></a> 或者，你可以打开“文件”菜单，->“导出”->“网络至 NDEx”。 <a href="http://home.ndexbio.org/img/exportmenu.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/exportmenu.png"></a> 最后，你可以简单地右键点击你的网络，并使用新的上下文菜单项将网络保存到 NDEx。当你右键点击合集（Collection）时，也会出现类似的上下文菜单项。 <a href="http://home.ndexbio.org/img/sshot4.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/sshot4.png"></a> 选择合适的导出选项后，将打开 CyNDEx-2 保存窗口：你可以在此处填写网络元数据，并决定是要保存网络的新副本还是更新现有副本。从 CyNDEx-2 v3.3.0 开始，即使在打开会话文件或中断 Cytoscape 工作会话后，也可以更新目标网络。要手动指定要更新的目标网络 UUID，请点击红箭头所示的图标。为了更新 NDEx 中的目标网络，用户必须拥有该网络的编辑权限。 **重要说明：为了将网络保存到 NDEx，你必须使用位于查找器和保存窗口右上角的内置“账户管理器”登录你的 NDEx 账户，如下方红圈所示： <a href="http://home.ndexbio.org/img/export-browser.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/export-browser.png"></a> *** ## 管理你的 NDEx 配置文件 CyNDEx-2 自带一个简单的账户管理器。CyNDEx-2 的查找器和保存窗口右上角都有一个按钮，可用于为你希望保存和加载网络的任何 NDEx 服务器添加用户 ID/密码。只需点击右上角的账户管理器框（如下图所示），账户管理器就会打开。你可以添加多个配置文件，点击账户管理器按钮时，这些配置文件将以列表形式显示。一旦创建并选择了配置文件，右下角的“导出”按钮（红圈）将被启用，允许你将网络保存到 NDEx。 <a href="http://home.ndexbio.org/img/accountmanager.png"> <img src="http://home.ndexbio.org/img/accountmanager.png"></a> *** ***

作者

• David Otasek (加州大学圣地亚哥分校)
• Rudolf T. Pillich (加州大学圣地亚哥分校)
• Jing Chen (加州大学圣地亚哥分校)
• Keiichiro Ono (加州大学圣地亚哥分校)
• Eric Sage
• Brett Settle