Cytoscape 应用商店 - CluePedia - Cytoscape 应用商店

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分类：富集分析, 基因表达, 整合分析, 网络生成, 在线数据导入, 本体论分析

* 请注意，**CluePedia** 依赖于 **[https://apps.cytoscape.cn/apps/cluego ClueGO]** 插件！CluePedia Cytoscape 插件是一种用于搜索可能与通路相关的新标记物的工具。CluePedia 可根据实验数据计算线性和非线性统计依赖关系。基于计算机模拟和/或实验信息关联的基因、蛋白质和 miRNA 被整合到含有 ClueGO 术语/通路的网络中。研究人员可以调查每条通路内的相互关系，并通过基因/miRNA 富集揭示潜在的新关联。可以使用 Cerebral 插件布局创建类似通路的视觉效果。结合所有这些功能对于数据解释和新假设的生成至关重要。CluePedia Cytoscape 插件用户友好，具有富有表现力且直观的可视化功能。

作者

1.5.10

兼容 Cytoscape 3.8

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* 修复以支持 Cytoscape 3.10

1.5.9

兼容 Cytoscape 3.5

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轻微错误修复

1.5.8

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

更新：- 更新了 PSICQUIC 资源，轻微错误修复

1.5.7

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

更新发布

1.5.6

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

错误修复版本。

1.5.5

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

错误修复版本

1.5.4

兼容 Cytoscape 3.5

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* 添加了来自 Ensembl 的基因来源信息。 * 更新至 STRING 11.0

1.5.3

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

错误修复版本

1.5.2

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

错误修复版本

1.5.1

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

错误修复版本

1.5.0

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

新版本，仅适用于 Java 1.8 和 Cytoscape 3.5+。新功能：* String 数据文件升级至 10.5 版本。

1.3.5

兼容版本 Cytoscape 3.2

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错误修复版本。

1.3.4

兼容版本 Cytoscape 3.2

发布说明

信息完善中...

1.3.3

兼容版本 Cytoscape 3.2

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改进：- 除了 Kappa 分数链接外，还显示本体树关系 - 从选定术语向上重构至根节点的本体关系（最短路径）。

1.3.2

兼容版本 Cytoscape 3.2

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错误修复：- 嵌套网络样式未更新 - OpenCL 双精度浮点问题。在某些显卡驱动程序版本中，需要更严格的数据类型使用。- 多个标记列表的基因形状选择仅应用于第一个和最后一个聚类/列表。- 由于 NCBI 链接协议从 http 更改为 https，GEO 直接搜索无法工作。改进：- 除了 Kappa 分数边之外，现在还可以在 GO 术语之间显示来自 .obo 文件的本体层次结构边（在 CluePedia 工具栏中添加了新按钮作为功能） - 改进了网络更新行为和速度 - 现在可以自定义负相关或正相关的边类型和颜色 - 包含新的分析建议和解释作为帮助按钮 - 改进了从 GEO 加载的组，以显示更多特性

1.2.6

兼容版本 Cytoscape 3.2

发布说明

* 错误修复

1.2.5

兼容版本 Cytoscape 3.2

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* 修复以支持 Cytoscape 3.4.0

1.2.4

兼容版本 Cytoscape 3.2

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一些小的更改和修复，以适配 ClueGO 2.2.4。

1.2.3

兼容版本 Cytoscape 3.2

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STRING 文件现在可以直接通过 CluePedia 更新。Biomart 目前处于离线状态，因此暂时无法自动更新 Ensembl ID。由于 STRING 主要使用 Ensembl ID，我们必须等到 Biomart 恢复服务。

1.2.2

兼容版本 Cytoscape 3.2

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项目保存功能的修复。

1.2.1

兼容版本 Cytoscape 3.2

发布说明

Wiki Pathways 更新修复。

1.2.0

兼容版本 Cytoscape 3.2

发布说明

常规更新。一些修复。

1.1.7

兼容 Cytoscape 3.0

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添加了 GEO 搜索/下载支持（目前仅限人类）。将 STRING 更新至 v10.0。为了保持插件小巧，仅包含小鼠和人类文件。其他生物体的数据可通过 ClueGO 请求或下载。一些错误修复。

1.1.6

兼容 Cytoscape 3.0

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针对 Cytoscape 3.2.1 的更新，但仍应适用于所有旧版本。一些错误修复。

1.1.5

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

针对 Cytoscape 3.2.0 的更新，但仍应适用于所有旧版本。

1.1.4

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

新功能：* CluePedia 布局选项的 GUI 改进，现已组织到工具栏中。* 添加了一个新的布局按钮，用于隐藏与其他基因没有任何相互作用的基因。* 新工具栏中添加了一个帮助图标，以解释 CluePedia 的布局功能。

1.1.3

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

新功能：* 每个术语/通路的可见基因百分比（在当前网络中）现在可以作为饼图显示在术语/通路节点上；如果“视图样式设置”设置为“聚类”，还可以显示来自不同聚类的基因对术语/通路的贡献百分比。* 现在有一个新选项可以显示所有术语/通路之间的共享基因，但前提是 ClueGO 网络创建时 CluePedia 的“每个术语的基因阈值” > 0（最好是 100 到 500，但这会减慢 Cytoscape 的速度）。默认情况下，此阈值设置为 0（关闭），以获得 Cytoscape 的最佳性能。

1.1.2

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

新功能：* 基因/术语组现在可以保存，并作为“组”添加到本体选择表（ClueGO）中。* 链接组现在可以保存，并作为“CluePedia_EdgeGroup”添加到边链接文件表（CluePedia）中。* CluePedia 现在无需初始聚类基因即可启动（空网络） -> 可用于创建自定义的基因/术语网络。* 增加了两个额外的可视化复选按钮。一个用于显示术语/通路之间的共享基因，另一个用于显示所有可见基因之间的选定链接。* CluePedia 现在可以计算选定组的 t 检验/曼-惠特尼 U 检验。为此，必须加载包含组信息的附加文件。

1.1.1

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

* 一些错误修复。

1.1.0

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

* CluePedia 结果可以通过 ClueGO **保存和恢复**。* 现在可以将未在任何术语或通路中找到的 ClueGO 输入基因添加到网络中。* 一些错误修复。

1.0.9

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

* 关于基因节点着色的各种错误修复（在嵌套网络中同样适用）。* 改进的可视化：现在每个基因输入聚类都有不同的形状。* 提高了术语选择、基因间相互关系计算和富集的计算速度（多线程）。* 可以通过节点菜单（在术语/通路节点上点击鼠标右键）显示或隐藏术语/通路中的所有基因。

1.0.8

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

CluePedia 已根据 ClueGO 2.0.7 进行调整。

1.0.7

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

错误修复：当（右键）点击手动添加的节点（包括 ClueGO 和 CluePedia 之外的节点）时，弹出菜单未显示。为了在手动添加的节点之间添加链接，过去必须卸载 CluePedia。此错误现已修复！

1.0.6

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

一些错误修复。

1.0.5

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

CluePedia（必须与 ClueGO 2.0.5 一起使用！）现在支持 PSICQUIC 服务。可以按照 ./cluegoplugin/v2.0.5 文件夹中 psicquic-services.props 文件的说明手动添加其他服务。PSICQUIC 相互作用可以为所有基因/蛋白质下载，也可以仅为网络中选定的基因下载。只需选择感兴趣的基因并点击刷新按钮。然后选择 PSICQUIC 服务并点击“获取”以下载相应的相互作用。

1.0.4

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

CluePedia 已验证可与 Cytoscape 3.0.1 协同工作，并且改进了相关性图表布局。

1.0.3

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

一些错误修复。添加了一个刷新按钮，以避免在外部向 CluePedia 添加新文件时重启 Cytoscape。当加载数据时，相关性图表可以显示在边上。CluePedia 应始终与其对应的 ClueGO 版本一起使用！

1.0.2

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

ClueGO 2.0.2 和 Cytoscape 3.0.0 版本。CluePedia 现在再次支持由 [http://www.pathogenomics.ca/cerebral/index.html Cerebral] 提供的 Cerebral 布局功能。一些错误修复和改进。外部网络文件现在可以直接导入到 CluePedia 中。