Cytoscape 应用商店 - ClueGO - Cytoscape 应用商店

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分类：自动化, 数据可视化, 富集分析, 功能模块检测, GO 注释, 热图可视化, 本体分析

ClueGO 是一个 Cytoscape 插件，旨在将大型基因簇的非冗余生物学术语可视化为功能分组的网络。标识符可以通过文本文件上传，或从 Cytoscape 网络中交互式获取。支持的标识符类型可由用户轻松扩展。ClueGO 可执行单个簇分析及多个簇（基因列表）的比较。根据所使用的本体来源，通过不同的过滤标准选择术语。共享相似关联基因的相关术语可以融合以减少冗余。ClueGO 网络通过 kappa 统计量创建，反映了基于关联基因相似性的术语间关系。在网络上，节点颜色可以在功能组和簇分布之间切换。ClueGO 图表揭示了生物学角色的特异性和共同方面。术语和组的显著性会自动计算。ClueGO 可以轻松使用来自 Gene Ontology、KEGG、WikiPathways 和 Reactome 的最新文件进行更新。若要扩展其功能，请同时获取 CluePedia。ClueGO 还能将其他富集分析结果中的术语和通路可视化为功能分组的网络。Cytoscape 自动化（Cytoscape Automation）通过 CyREST 支持使用多种语言编写的科学工作流。ClueGO 功能现已支持 REST，允许将 ClueGO 集成到分析管道中。*注意：ClueGO 不会将结果保存在 Cytoscape 会话 (.cys) 文件中。**请务必在关闭 Cytoscape 前导出结果。***

作者

2.5.10

兼容 Cytoscape 3.8

发布说明

* 添加新生物物种 * 修复以适配 Cytoscape 3.10

2.5.9

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

修复： - 修复 Arabidopsis（拟南芥）植物本体 PO 相关问题

2.5.8

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

更新： - 添加了来自 EBI 的新资源“COMPLEX PORTAL”。 - 修复了 Wikipathways 更新。一些小错误修复。

2.5.7

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

更新： - 添加了创建 GO 源文件的新选项：默认情况下，GO 源文件是通过将所有子关联添加到其父项创建的，调节术语 (Regulating Terms) 被视为父项，建议参考此处：http://geneontology.org/docs/ontology-relations/。可以通过在每个生物物种的 Organism.properties 文件中添加以下选项来**关闭**这些选项：1. enable.add.all.child.genes.to.parent=**false** 2. allow.relations.as.parents=**false**。这些更改仅在更新 GO 注释后生效。错误修复： - 修复了保存 xls 结果文件的问题。

2.5.6

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

错误修复版本

2.5.5

兼容 Cytoscape 3.5

发布说明

* ClueGO cyRest 更新，现包含自定义参考集选项。 * 添加了新的帮助图标以解释参考集的工作原理。一些错误修复。

2.5.4

兼容 Cytoscape 3.5

依赖此版本的应用

CluePedia 1.5.4

发布说明

ClueGO cyRest 更新发布。错误修复： * 更改了基因本体论 OBO 文件源位置。

2.5.3

兼容 Cytoscape 3.5

依赖此版本的应用

CluePedia 1.5.3

发布说明

* 添加了新的分析选项，用于可视化来自其他富集分析的 GO 术语列表。一些错误修复。

2.5.2

兼容 Cytoscape 3.5

依赖此版本的应用

CluePedia 1.5.2

发布说明

错误修复版本： * 修复了 WikiPathway 更新 * 修复了 CORUM 更新 * Bug：当选择 p 值选项时，日志文件丢失了相关信息 * 回归 Bug：从网络中选择基因不再起作用，从 EnsemblMart 服务中移除了 UniGene

2.5.1

兼容 Cytoscape 3.5

依赖此版本的应用

CluePedia 1.5.1

发布说明

错误修复版本： * QuickGO REST 服务已终止，切换回使用 EBI-Uniprot GO 注释进行 GO 更新。

2.5.0

兼容 Cytoscape 3.5

依赖此版本的应用

CluePedia 1.5.0

发布说明

新版本，仅适用于 Java 1.8 和 Cytoscape 3.5+。为了获得良好的布局效果，请确保已安装 yFilesLayout：https://apps.cytoscape.cn/download/yfileslayoutalgorithms/1.0。新功能： * ClueGO 升级以适配最新的 3.6.0 版本。 * ClueGO 现在支持通过 cyREST API 进行自动化。 * Reactome 现在有一个关联的 .obo 文件来显示通路关系。 * 将带有 MIPS FunCat（功能分类 .obo）的 CORUM 添加到主要本体论中。 * Interpro 现在也有一个关联的 .obo 文件。一些常规改进和修复。

2.3.5

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.3.5

发布说明

针对 REACTOME 更新的错误修复。

2.3.4

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.3.4

发布说明

错误修复版本。

2.3.3

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.3.3

发布说明

错误修复： - 添加了重大修复，在更新 ClueGO 文件时默认排除具有“NOT”限定符的 GO 基因关联。 - 一些小的可视化错误。改进： - 为了更完整地集成 EntrezGene 到 Ensembl 的注释，现在同时使用 EnsemblMart 和 NCBI 数据。 - Unigene 现在可以通过 EnsemblMart + NCBI 更新。 - 额外的帮助按钮以提供更清晰的解释。 - 应要求添加了新的生物物种。 - 添加了 GO 证据代码 IBA、IBD 和 IKR。

2.3.2

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.3.2

发布说明

错误修复： - 更正了 ClueGO 日志中显示的统计数据。未找到基因的百分比现在基于唯一基因报告，而不是基于最初上传的 ID - 概览图计算。重叠术语在组中被多次包含 - OpenCL 双精度浮点问题。在某些显卡驱动程序版本中，需要更严格的数据类型使用 - 由于源数据链接更改，InterPro 下载无法工作 - Reactome 数据源更改。改进： - 针对大型网络的额外功能组迭代合并 - 改进了网络更新行为和速度 - 包含新的分析建议和帮助按钮说明 - 应用户要求包含新的生物物种 - 新物种包含创建日期 - 将 Metazoa mart 添加到 ClueGO 属性中 - 具有独立 OBO 文件的多重本体 - Reactome 数据拆分为 Reaction 和 Pathways - 启用染色体位置映射。染色体位置可以自动更新（NCBI）。映射时请确保选择 0 到 3 级！

2.3.1

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.3.1

2.3.0

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.3.0

2.2.6

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.2.6

发布说明

* 修复因数据格式更改导致的注释更新问题。 * 修复因数据位置更改导致的 Wikipathways 问题。

2.2.5

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.2.5

发布说明

* 修复 REACTOME 通路更新错误。REACTOME 格式已更改，但现在应该可以再次工作了。 * 修复以适配 Cytoscape 3.4.0

2.2.4

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.2.4

发布说明

* 修复重命名 ClueGO 网络时的 Bug。保存项目时未保留新的网络名称，并在再次打开项目时造成问题。此外，从默认名称中删除了“:”，以免干扰 json 导出。 * 添加了 ensembl biomart 更新镜像以使其恢复工作。

2.2.3

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.2.3

发布说明

修复更新非人类或小鼠 GO 本体的问题。自 2.2.0 版本以来，可以选择使用常规注释文件或 QuickGO（直接数据库访问）。要使用 QuickGO，必须在生物物种属性文件中取消注释以下三行：#obo.ids = GO #obo.urls = http://www.geneontology.org/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo #association.urls = http://www.geneontology.org/gene-associations/submission/gene_association.goa_human.gz 然后 QuickGO 将默认启用。

2.2.2

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.2.2

发布说明

项目保存功能的修复。

2.2.1

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.2.1

发布说明

WikiPathways 更新修复。Ensembl Mart 目前处于离线状态，因此 Ensembl 和 Interpro 本体更新将无法工作。

2.2.0

兼容版本 Cytoscape 3.2

依赖此版本的应用

CluePedia 1.2.0

发布说明

常规更新及用于动画布局和相关性计算的 OpenCL 实现。改进了 Ensembl（使用 Mart）、Uniprot 注释和 InterPro 结构域本体的更新。

2.1.7

兼容 Cytoscape 3.0

依赖此版本的应用

CluePedia 1.1.7

发布说明

为了保持插件体积较小，仅包含鼠标和人类文件。其他生物物种的数据可以通过下载选项请求或下载。一些错误修复和新生物物种。

2.1.6

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

针对 Cytoscape 3.2.1 的更新，但也应适用于所有旧版本。一些错误修复和新生物物种。

2.1.5

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

针对 Cytoscape 3.2.0 的更新，但也应适用于所有旧版本。

2.1.4

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

修复 Bug： * 在 ClueGO 结果表中，有时某些术语显示的符号名称多于实际关联的基因。此 Bug 未影响任何计算。 * 在日志文件中，术语的最终数量与网络上实际显示的术语数量不一致。这是因为术语可以在不同的组中重复出现。现在日志显示正确显示的唯一术语数量。新功能： * 添加了新生物物种。 - Pseudovibrio sp. FO-BEG1

2.1.3

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

新功能： * 添加了 CluePedia 选项以允许更快的 ClueGO 分析（为 CluePedia 添加更少的基因）。 * GUI 改进 * 添加了新生物物种。 - Anopheles Gambiae（冈比亚按蚊）

2.1.2

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

新功能： * 添加了新生物物种。 - Crassostrea Gigas（长牡蛎） - Medicago Truncatula（蒺藜苜蓿） - Anas Platyrhynchos（绿头鸭） - Theobroma Cacao（可可） - Ovis Aries（绵羊） - Xanthomonas Axonopodis（黄单胞菌） - Populus Trichocarpa（毛果杨） - Meleagris Gallopavo（火鸡） - Plasmodium Falciparum 3D7（恶性疟原虫 3D7） - Mycobacterium Tuberculosis H37Rv（结核分枝杆菌 H37Rv）。修复 Bug： * 具有旧注释（entrez 基因 ID 已删除/替换）的基因在重新打开保存的 ClueGO 会话文件时会导致问题。

2.1.1

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

新功能： * ClueGO 组颜色现在即使在分析后也可以更改 * 现在可以通过在 ClueGO 结果面板中勾选来隐藏或放大较小（不显著）的术语/通路标签。修复了一些关于新的 ClueGO 会话保存选项的 Bug。

2.1.0

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

主要功能： * 所有 ClueGO/CluePedia 分析都可以使用“*.cluego”压缩格式**保存和恢复**。 * 用户界面重组，使其更加用户友好。次要功能： * 错误修复 * 结果面板已重组

2.0.8

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

* 关于节点颜色的各种错误修复。 * 改进的可视化：现在每个选定的本体都有不同的形状可用 * 可以直接从主要的 ClueGO 选择面板访问新的生物物种或 ID 文件。 * 加载注释和本体文件时的速度提高（多线程） * 添加了几个新的生物物种

2.0.7

兼容 Cytoscape 3.0

发布说明

ClueGO 库文件从“.cluegoplugin”文件夹移动到可见文件夹“ClueGOConfiguration”（在用户主目录下），以便于访问。ClueGO 现在可以对**超过 2 个基因列表进行功能分析**。默认情况下分析一个基因列表。用户可以添加（“Add Cluster”）或移除（“Remove Cluster”）额外的基因列表。此新功能取代了以前的分析类型（单个或比较）。请参阅 **[http://www.ici.upmc.fr/cluego/ClueGO_newFeatures_207.pdf 此处]** 获取文档。ClueGO 可视化功能得以保留： * 基因分布：每个基因列表特有的术语及其显著性。 * 组视图：基于共同基因的功能分组术语/通路 * 显著性视图：与术语关联的基因数量及其显著性。