所有应用

分类
Cytoscape MCP 服务器
Cytoscape MCP 服务器
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Cytoscape 的 SAP HANA 插件
连接 Cytoscape 和 SAP HANA，实现存储在 SAP HANA 中的图数据的导入、导出和可视化。
Cytoscape 的 SAP HANA 插件
连接 Cytoscape 和 SAP HANA，实现存储在 SAP HANA 中的图数据的导入、导出和可视化。
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yFiles 布局算法
用于排列网络的极其复杂的算法。
yFiles 布局算法
用于排列网络的极其复杂的算法。
(30)  253,578 次下载
cy3sbml
cy3sbml 用于可视化 SBML 模型（系统生物学标记语言）
cy3sbml
cy3sbml 用于可视化 SBML 模型（系统生物学标记语言）
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Orthoscape
Orthoscape 旨在分析基因网络和基因集中的进化信息
Orthoscape
Orthoscape 旨在分析基因网络和基因集中的进化信息
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XlinkCyNET
在蛋白质相互作用网络中生成由 XL-MS 提供的残基间连接
XlinkCyNET
在蛋白质相互作用网络中生成由 XL-MS 提供的残基间连接
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WebbyMcSearch
在 Google、PubMed 或其他常用搜索引擎上对所选节点的一个节点属性执行网络查询
WebbyMcSearch
在 Google、PubMed 或其他常用搜索引擎上对所选节点的一个节点属性执行网络查询
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ProteoVisualizer
基于质谱 (MS) 的蛋白质组学数据的功能分析：从蛋白质组到网络
ProteoVisualizer
基于质谱 (MS) 的蛋白质组学数据的功能分析：从蛋白质组到网络
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AutoAnnotate
查找聚类并使用标签和组对它们进行可视化注释。
AutoAnnotate
查找聚类并使用标签和组对它们进行可视化注释。
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FunCoup
从 FunCoup 导入和分析 Cytoscape 网络
FunCoup
从 FunCoup 导入和分析 Cytoscape 网络
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KEGGscape
用于 KEGG XML (KGML) 文件的文件读取器和通路可视化工具
KEGGscape
用于 KEGG XML (KGML) 文件的文件读取器和通路可视化工具
(4)  110,117 次下载
CX Support
核心应用：CX JSON 文件读取器和编写器
CX Support
核心应用：CX JSON 文件读取器和编写器
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WikiPathways
WikiPathways Web 服务客户端和 GPML 文件格式导入器
WikiPathways
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(11)  108,486 次下载
cyPlot
显示数据图表的实用工具
cyPlot
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CytoDiVR
在虚拟现实中深入探索您的 Cytoscape 网络
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在虚拟现实中深入探索您的 Cytoscape 网络
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ScyNet
社区代谢模型的可视化
ScyNet
社区代谢模型的可视化
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Legend Creator
一种向您的图表添加离散和连续映射图例的方法
Legend Creator
一种向您的图表添加离散和连续映射图例的方法
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NetworkAnalyzer
计算网络的拓扑属性（度分布、聚类系数、中心性等）
NetworkAnalyzer
计算网络的拓扑属性（度分布、聚类系数、中心性等）
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CyEnGNet
CyEnGNet: Cytoscape 集成基因网络
CyEnGNet
CyEnGNet: Cytoscape 集成基因网络
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BioGateway Cytoscape 插件
一个与 BioGateway 三元组存储协同工作的探索性网络构建插件
BioGateway Cytoscape 插件
一个与 BioGateway 三元组存储协同工作的探索性网络构建插件
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NeDRex
查找药物重定位候选药物和疾病模块。构建自定义异构分子网络并允许进行探索
NeDRex
查找药物重定位候选药物和疾病模块。构建自定义异构分子网络并允许进行探索
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ClueGO
创建并可视化功能分组的术语/通路网络
ClueGO
创建并可视化功能分组的术语/通路网络
(317)  402,326 次下载
mapSourceAndTarget
mapSourceAndTarget
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DynDiffNet
一个用于动态差异网络构建、分析和可视化的 Cytoscape 应用
DynDiffNet
一个用于动态差异网络构建、分析和可视化的 Cytoscape 应用
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clusterMaker2
Cytoscape 的多算法聚类应用
clusterMaker2
Cytoscape 的多算法聚类应用
(28)  178,232 次下载
Arena3DwebApp
在 Arena3Dweb 中将 2D 网络可视化为多层 3D 网络
Arena3DwebApp
在 Arena3Dweb 中将 2D 网络可视化为多层 3D 网络
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cyNeo4j
一个连接到 Neo4j 数据库并执行 Neo4j 数据库扩展的 Cytoscape 应用。
cyNeo4j
一个连接到 Neo4j 数据库并执行 Neo4j 数据库扩展的 Cytoscape 应用。
(11)  10,086 次下载
FileTransfer
用于远程 Jupyter Notebooks 的文件系统代理
FileTransfer
用于远程 Jupyter Notebooks 的文件系统代理
(1)  36,600 次下载
CoExpNetViz
在基因子集与 1 个或多个物种的所有其他基因之间创建共表达网络，按基因家族对节点进行分组。
CoExpNetViz
在基因子集与 1 个或多个物种的所有其他基因之间创建共表达网络，按基因家族对节点进行分组。
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ANIMO
ANIMO（交互式建模网络分析）允许您对生物网络进行建模，并将它们的动态与实验数据进行比较。
ANIMO
ANIMO（交互式建模网络分析）允许您对生物网络进行建模，并将它们的动态与实验数据进行比较。
(1)  48,105 次下载
Network Coherence Calculator
计算网络内差异表达基因的网络连贯性。
Network Coherence Calculator
计算网络内差异表达基因的网络连贯性。
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CyFinder
CyFinder
(3)  5,113 次下载
PSFC
通路信号流计算器：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑计算通路活性。
PSFC
通路信号流计算器：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑计算通路活性。
(1)  24,866 次下载
Diffusion
使用网络传播算法扩展节点选择
Diffusion
使用网络传播算法扩展节点选择
(35)  40,076 次下载
Signor App
SIGNORApp 是一个 Cytoscape 3 应用，它提供了对 SIGNOR 资源中注释的因果相互作用数据的访问。它构建网络
Signor App
SIGNORApp 是一个 Cytoscape 3 应用，它提供了对 SIGNOR 资源中注释的因果相互作用数据的访问。它构建网络
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GFD-Net
基于基因本体论 (GO) 分析基因网络并计算其功能差异的定量衡量标准
GFD-Net
基于基因本体论 (GO) 分析基因网络并计算其功能差异的定量衡量标准
(55)  19,741 次下载
Inbreeding
Inbreeding 应用，给定一个交配网络，计算网络中所有个体的近亲繁殖和亲缘关系系数。
Inbreeding
Inbreeding 应用，给定一个交配网络，计算网络中所有个体的近亲繁殖和亲缘关系系数。
(4)  2,163 次下载
aMatReader
用于读取邻接矩阵 (.mat, .adj) 文件的应用
aMatReader
用于读取邻接矩阵 (.mat, .adj) 文件的应用
(2)  17,050 次下载
PiNGO
在网络中查找与用户定义的靶 GO 术语相关联的候选基因。
PiNGO
在网络中查找与用户定义的靶 GO 术语相关联的候选基因。
(4)  6,333 次下载
cyChart
用于定义过滤器的交互式工具
cyChart
用于定义过滤器的交互式工具
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PhageCocktail
PhageCocktail 应用查找裂解指定细菌的最佳噬菌体组合。
PhageCocktail
PhageCocktail 应用查找裂解指定细菌的最佳噬菌体组合。
(4)  2,322 次下载
Network Merge
核心应用：提供 Cytoscape 的网络合并工具
Network Merge
核心应用：提供 Cytoscape 的网络合并工具
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CyCL
核心应用：提供 Cytoscape 的 OpenCL 支持
CyCL
核心应用：提供 Cytoscape 的 OpenCL 支持
(0)  31,732 次下载
TMM
从基因表达数据评估端粒维持机制的活性。为改进 TMM 通路做出贡献
TMM
从基因表达数据评估端粒维持机制的活性。为改进 TMM 通路做出贡献
(0)  13,722 次下载
Largest Subnetwork
选择网络中最大的连通分量
Largest Subnetwork
选择网络中最大的连通分量
(4)  10,896 次下载
DKernel
DKernel 使用扩散核算法传播子网络，用于通路分析、疾病邻近性、社交网络等。
DKernel
DKernel 使用扩散核算法传播子网络，用于通路分析、疾病邻近性、社交网络等。
(1)  7,863 次下载
CONAN
生物分子结构系综的原子相互作用网络分析
CONAN
生物分子结构系综的原子相互作用网络分析
(1)  4,947 次下载
TimeNexus
构建、管理和可视化时间多层网络，以及提取活跃的多层子网络。
TimeNexus
构建、管理和可视化时间多层网络，以及提取活跃的多层子网络。
(1)  2,421 次下载
PathLinker
从蛋白质相互作用网络中重建信号通路
PathLinker
从蛋白质相互作用网络中重建信号通路
(14)  32,288 次下载
FileWatcher
一个将网络与 Excel 文件链接的应用
FileWatcher
一个将网络与 Excel 文件链接的应用
(0)  4,802 次下载
BNMatch2
BNMatch 在考虑节点信息和拓扑相似性的同时，提供了网络之间可靠且优化的映射
BNMatch2
BNMatch 在考虑节点信息和拓扑相似性的同时，提供了网络之间可靠且优化的映射
(3)  9,576 次下载
Pathway Studio Importer
导入 Pathway Studio 输出的关系表 CSV 文件
Pathway Studio Importer
导入 Pathway Studio 输出的关系表 CSV 文件
(1)  3,897 次下载
UFO
用于统一基于生物医学本体论的语义相似度计算、富集分析和可视化的工具
UFO
用于统一基于生物医学本体论的语义相似度计算、富集分析和可视化的工具
(2)  4,544 次下载
Propagate
Propagate
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PSICQUIC Web Service Client
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 PSICQUIC Web 服务的支持
PSICQUIC Web Service Client
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 PSICQUIC Web 服务的支持
(1)  9,858 次下载
ID Mapper
一个用于 BridgeDB 服务的插件，提供标识符查找。右键单击列标题以使用“映射列”命令。
ID Mapper
一个用于 BridgeDB 服务的插件，提供标识符查找。右键单击列标题以使用“映射列”命令。
(1)  19,843 次下载
BioPAX Reader
核心应用：在 Cytoscape 中提供对读取 BioPAX 文件的支持
BioPAX Reader
核心应用：在 Cytoscape 中提供对读取 BioPAX 文件的支持
(41)  16,766 次下载
ZDOG
ZDOG
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EnrichmentMap Pipeline Collection
作为 EnrichmentMap 管线工作流程一部分的应用集合
EnrichmentMap Pipeline Collection
作为 EnrichmentMap 管线工作流程一部分的应用集合
(3)  30,339 次下载
DAPath
疾病相关通路分析器
DAPath
疾病相关通路分析器
(0)  4982 次下载
CyTargetLinker
灵活的网络扩展应用
CyTargetLinker
灵活的网络扩展应用
(40)  51763 次下载
RWRMTN
基于微小RNA-靶基因网络的疾病相关微小RNA预测工具
RWRMTN
基于微小RNA-靶基因网络的疾病相关微小RNA预测工具
(4)  3724 次下载
TiCoNE
Time Course Network Enricher 是用于时间序列数据的交互式聚类方法
TiCoNE
Time Course Network Enricher 是用于时间序列数据的交互式聚类方法
(73)  61704 次下载
Highlighter
基于共享的自定义节点注释高亮并选择节点。
Highlighter
基于共享的自定义节点注释高亮并选择节点。
(1)  3633 次下载
ModuLand 2.0
提供模块化层次结构和可调重叠的模块化方法家族
ModuLand 2.0
提供模块化层次结构和可调重叠的模块化方法家族
(2)  10572 次下载
FlyScape
用于黑腹果蝇的 MetScape 代谢网络可视化
FlyScape
用于黑腹果蝇的 MetScape 代谢网络可视化
(1)  4267 次下载
组学分析合集
旨在促进组学数据网络分析的应用合集。安装此应用将安装一系列应用。
组学分析合集
旨在促进组学数据网络分析的应用合集。安装此应用将安装一系列应用。
(1)  25962 次下载
质谱分析合集
旨在促进质谱数据网络分析的应用合集。安装此应用将安装一系列应用。
质谱分析合集
旨在促进质谱数据网络分析的应用合集。安装此应用将安装一系列应用。
(3)  18385 次下载
boundaryLayout
带有自定义边界约束的力导向网络布局
boundaryLayout
带有自定义边界约束的力导向网络布局
(2)  13768 次下载
Jesse
计算图中所有节点的图谱度（graphlet degree）
Jesse
计算图中所有节点的图谱度（graphlet degree）
(1)  4523 次下载
CyDataSeries
为您的网络添加时间序列等数据。
CyDataSeries
为您的网络添加时间序列等数据。
(1)  8853 次下载
欢迎屏幕
核心应用：提供 Cytoscape 欢迎屏幕
欢迎屏幕
核心应用：提供 Cytoscape 欢迎屏幕
(0)  13663 次下载
CountTriplets
计算图中的三元组并绘制显著性概况
CountTriplets
计算图中的三元组并绘制显著性概况
(1)  2817 次下载
CyNDEx
CyNDEx 允许用户在 NDEx 和 Cytoscape 之间无缝传输网络，以及在 NDEx 中执行网络更新。
CyNDEx
CyNDEx 允许用户在 NDEx 和 Cytoscape 之间无缝传输网络，以及在 NDEx 中执行网络更新。
(8)  10873 次下载
JGF App
导入/导出 OpenBEL 网络。JSON 图格式网络应用处理更严格的 BEL 模式。
JGF App
导入/导出 OpenBEL 网络。JSON 图格式网络应用处理更严格的 BEL 模式。
(1)  9162 次下载
MORO
MORO
(1)  2448 次下载
命令行实现
核心应用：提供 Cytoscape 的命令行对话框工具
命令行实现
核心应用：提供 Cytoscape 的命令行对话框工具
(1)  10440 次下载
cy3sabiork
SABIO-RK 网络服务访问
cy3sabiork
SABIO-RK 网络服务访问
(1)  11691 次下载
EntOptLayout
基于相对熵优化的布局插件
EntOptLayout
基于相对熵优化的布局插件
(6)  14222 次下载
GNC
具有直接和间接关系的基因网络相干性
GNC
具有直接和间接关系的基因网络相干性
(60)  8714 次下载
polyLayout
简单的 n 分区布局算法，沿正多边形的边组织类别
polyLayout
简单的 n 分区布局算法，沿正多边形的边组织类别
(1)  5044 次下载
cyTransFinder
信号转导通路查找器
cyTransFinder
信号转导通路查找器
(3)  29327 次下载
CyLinkPredictor
基于共同邻居的链接预测器
CyLinkPredictor
基于共同邻居的链接预测器
(3)  3099 次下载
CyKEGGParser
KEGG 通路调节器：准确的、组织特异性及蛋白质-蛋白质相互作用特异性的通路
CyKEGGParser
KEGG 通路调节器：准确的、组织特异性及蛋白质-蛋白质相互作用特异性的通路
(14)  64792 次下载
CytoCtrlAnalyser
网络控制问题的集成算法
CytoCtrlAnalyser
网络控制问题的集成算法
(4)  2890 次下载
Rene
调控网络增强插件 - ReNE 允许用户增强标准的 KEGG/Reactome 通路
Rene
调控网络增强插件 - ReNE 允许用户增强标准的 KEGG/Reactome 通路
(12)  40877 次下载
CytoMCS
计算多个大型网络的最大公共边子图。
CytoMCS
计算多个大型网络的最大公共边子图。
(8)  6725 次下载
CentiScaPe
寻找网络中最核心的节点，并计算每个节点的中心性参数。
CentiScaPe
寻找网络中最核心的节点，并计算每个节点的中心性参数。
(40)  72931 次下载
setsApp
保存和操作节点与边的集合
setsApp
保存和操作节点与边的集合
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EClerize
EClerize
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SAFE
功能富集的空间分析
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功能富集的空间分析
(0)  8471 次下载
cytoHubba
通过多种拓扑算法预测并探索给定网络中的重要节点和子网络。
cytoHubba
通过多种拓扑算法预测并探索给定网络中的重要节点和子网络。
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Color Cast
将 Brewer 配色方案应用于网络节点
Color Cast
将 Brewer 配色方案应用于网络节点
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netIMP
可视化 IMP 通路模型
netIMP
可视化 IMP 通路模型
(0)  2322 次下载
SiGNetApp
一个用于生成网络推理基准测试数据的 Cytoscape 应用
SiGNetApp
一个用于生成网络推理基准测试数据的 Cytoscape 应用
(0)  2490 次下载
ISMAGS
枚举图中基序（motif）的所有实例，充分利用基序的对称性。
ISMAGS
枚举图中基序（motif）的所有实例，充分利用基序的对称性。
(1)  13655 次下载
WikiDataScape
Cytoscape 的 WikiData 探索器
WikiDataScape
Cytoscape 的 WikiData 探索器
(3)  11086 次下载
PINBPA
基于蛋白质相互作用网络的通路分析
PINBPA
基于蛋白质相互作用网络的通路分析
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SCODE
这是用于通过监督图聚类进行蛋白质复合物识别的 Cytoscape 应用实现
SCODE
这是用于通过监督图聚类进行蛋白质复合物识别的 Cytoscape 应用实现
(0)  13361 次下载
Adj Exporter
启用有向和无向网络邻接矩阵导出格式的 Cytoscape 应用
Adj Exporter
启用有向和无向网络邻接矩阵导出格式的 Cytoscape 应用
(12)  14584 次下载
DyNet
比较两个或多个网络，并识别最“重连”的节点。
DyNet
比较两个或多个网络，并识别最“重连”的节点。
(7)  15200 次下载
CycleDetector
检测 Cytoscape 网络中的循环
CycleDetector
检测 Cytoscape 网络中的循环
(0)  4151 次下载
PEmeasure
计算链接权重并评估网络中链接（例如蛋白质-蛋白质相互作用）的可靠性
PEmeasure
计算链接权重并评估网络中链接（例如蛋白质-蛋白质相互作用）的可靠性
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DeDaL
数据驱动布局（PCA...）、网络对齐、网络变形。
DeDaL
数据驱动布局（PCA...）、网络对齐、网络变形。
(1)  6011 次下载
核心应用
核心应用：随常规 Cytoscape 发行版打包的应用集。无需单独安装。
核心应用
核心应用：随常规 Cytoscape 发行版打包的应用集。无需单独安装。
(1)  4480 次下载
RNA
调控网络分析器（Regulatory Network Analyzer）生成/分析调控网络和状态转移网络，并计算熵等信息。
RNA
调控网络分析器（Regulatory Network Analyzer）生成/分析调控网络和状态转移网络，并计算熵等信息。
(2)  14144 次下载
structureViz2
在网络上下文中可视化大分子结构的应用
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在网络上下文中可视化大分子结构的应用
(4)  16925 次下载
CyLineUp
在网络小倍数（small multiples）中可视化数据
CyLineUp
在网络小倍数（small multiples）中可视化数据
(2)  8465 次下载
CyIsomorphism
所有可能的子图同构
CyIsomorphism
所有可能的子图同构
(4)  5952 次下载
Diffany
微分网络计算
Diffany
微分网络计算
(4)  4263 次下载
SIREN
调控网络的签名
SIREN
调控网络的签名
(3)  4182 次下载
layoutSaver
将节点位置从一个网络映射到另一个网络
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将节点位置从一个网络映射到另一个网络
(1)  5515 次下载
Bisogenet
检索与输入 ID 相关的相互作用。复杂的界面提供指向 GO、KEGG 等的链接。
Bisogenet
检索与输入 ID 相关的相互作用。复杂的界面提供指向 GO、KEGG 等的链接。
(15)  83051 次下载
SLiMScape
Cytoscape 的蛋白质短线性基序分析插件
SLiMScape
Cytoscape 的蛋白质短线性基序分析插件
(12)  15187 次下载
Pesca3.0
Pesca3.0
(9)  5955 次下载
ncINetView
ncINetView
(0)  3233 次下载
iRegulon
检测主调控因子和顺式调控相互作用
iRegulon
检测主调控因子和顺式调控相互作用
(12)  39263 次下载
GASOLINE
用于蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络多重局部对齐的 Cytoscape 应用
GASOLINE
用于蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络多重局部对齐的 Cytoscape 应用
(13)  13964 次下载
ThematicMap
ThematicMap 可视化节点属性之间的关系。它可以帮助简化复杂的网络并突出隐藏的关系。
ThematicMap
ThematicMap 可视化节点属性之间的关系。它可以帮助简化复杂的网络并突出隐藏的关系。
(0)  5406 次下载
D3.js Exporter
用于 D3.js 的网络和表格数据导出器
D3.js Exporter
用于 D3.js 的网络和表格数据导出器
(1)  15365 次下载
CytoNCA
为加权和未加权网络的多种中心性提供计算、评估和可视化分析。
CytoNCA
为加权和未加权网络的多种中心性提供计算、评估和可视化分析。
(9)  133720 次下载
ARACNE
通过 Cyni 提供用于解决多种网络反卷积问题的网络推理算法。
ARACNE
通过 Cyni 提供用于解决多种网络反卷积问题的网络推理算法。
(10)  13075 次下载
AgilentLiteratureSearch
通过挖掘科学文献寻找与搜索词相关的出版物，并根据搜索结果创建交互网络。
AgilentLiteratureSearch
通过挖掘科学文献寻找与搜索词相关的出版物，并根据搜索结果创建交互网络。
(28)  72573 次下载
Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推理工具箱，汇集了多种允许从生物数据中推断网络的工具（适用于 Cytoscape 3.1+ 版本）
Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推理工具箱，汇集了多种允许从生物数据中推断网络的工具（适用于 Cytoscape 3.1+ 版本）
(25)  23404 次下载
Synapse Client
在 Cytoscape 内部访问您在 Synapse.org 上的数据
Synapse Client
在 Cytoscape 内部访问您在 Synapse.org 上的数据
(1)  6509 次下载
Worm Plot
序列自相似性有向图可视化。
Worm Plot
序列自相似性有向图可视化。
(0)  12381 次下载
Variation
在生物网络中整合变异及其后果数据。
Variation
在生物网络中整合变异及其后果数据。
(0)  4171 次下载
GenomeSpace
启用与 GenomeSpace 的通信
GenomeSpace
启用与 GenomeSpace 的通信
(5)  9129 次下载
bayelviraApp
贝叶斯网络的学习与生成。
bayelviraApp
贝叶斯网络的学习与生成。
(1)  5130 次下载
Pathway Scoring Application
评估通路中基因和过程的生物学活性
Pathway Scoring Application
评估通路中基因和过程的生物学活性
(2)  10450 次下载
ClusterViz
基于 FAG-EC、EAGLE 或 MCODE 的聚类。发现的聚类可进行 GO 富集分析。
ClusterViz
基于 FAG-EC、EAGLE 或 MCODE 的聚类。发现的聚类可进行 GO 富集分析。
(13)  25899 次下载
Cy3 Performance Reporter
用于收集 Cytoscape 3 性能信息的诊断工具。需要 Cy3 beta2-SNAPSHOT 或更高版本。不适用于 beta1。
Cy3 Performance Reporter
用于收集 Cytoscape 3 性能信息的诊断工具。需要 Cy3 beta2-SNAPSHOT 或更高版本。不适用于 beta1。
(0)  6438 次下载

Cytoscape 2.x 不支持的插件
IDARE [idare]
多组学可视化和网络解缠
IDARE [idare]
多组学可视化和网络解缠
(1)
MONET
根据生物学注释和表达数据预测基因调控网络。
MONET
根据生物学注释和表达数据预测基因调控网络。
(0)
DomainGraph
可视化连接相互作用蛋白质对的结构域-结构域相互作用。
DomainGraph
可视化连接相互作用蛋白质对的结构域-结构域相互作用。
(7)
CytoSQL
通过调用查询命令从 SQL 数据库检索属性。
CytoSQL
通过调用查询命令从 SQL 数据库检索属性。
(0)
DroID
从果蝇相互作用数据库 (DroID) 导入蛋白质相互作用网络。
DroID
从果蝇相互作用数据库 (DroID) 导入蛋白质相互作用网络。
(3)
MiMIplugin
从 MiMI 检索分子相互作用和相互作用属性，并显示相互作用网络和属性。
MiMIplugin
从 MiMI 检索分子相互作用和相互作用属性，并显示相互作用网络和属性。
(9)
ConsensusPathDBplugin
检索给定基因或蛋白质对的相互作用证据
ConsensusPathDBplugin
检索给定基因或蛋白质对的相互作用证据
(4)
bioCycPlugin
加载 bioCyc 数据库中的任何通路。原始面板为每个节点提供有用的信息。
bioCycPlugin
加载 bioCyc 数据库中的任何通路。原始面板为每个节点提供有用的信息。
(1)
ReConn
从 Reactome 服务器加载通路数据并整合表达数据。
ReConn
从 Reactome 服务器加载通路数据并整合表达数据。
(0)
Pathintegrator
Pathintegrator 在单个网络中搜索并整合给定基因或蛋白质所参与的通路。
Pathintegrator
Pathintegrator 在单个网络中搜索并整合给定基因或蛋白质所参与的通路。
(11)
PhosphositePlus Web Service Client Module
将磷酸化相关信息整合到网络中。
PhosphositePlus Web Service Client Module
将磷酸化相关信息整合到网络中。
(2)
SessionForWeb
以 Web 格式保存 Cytoscape 会话。
SessionForWeb
以 Web 格式保存 Cytoscape 会话。
(0)
PICRClient
PICRClient
(0)
FunNetViz
整合并可视化共表达网络并测量中心性。
FunNetViz
整合并可视化共表达网络并测量中心性。
(5)
HyperEdgeEditor
使用户能够通过 Cytoscape 编辑器创建超边。
HyperEdgeEditor
使用户能够通过 Cytoscape 编辑器创建超边。
(0)
PythonScriptingEngine
对 Python (Jython) 的脚本语言支持
PythonScriptingEngine
对 Python (Jython) 的脚本语言支持
(0)
ScriptEngineManager
所有脚本引擎所需的管理器插件
ScriptEngineManager
所有脚本引擎所需的管理器插件
(1)
CyGoose
提供 Gaggle Boss，用于将数据从一个应用程序路由到另一个应用程序。
CyGoose
提供 Gaggle Boss，用于将数据从一个应用程序路由到另一个应用程序。
(1)
ClojureEngine
对 Clojure 脚本的实验性支持
ClojureEngine
对 Clojure 脚本的实验性支持
(0)
IgraphPlugin
将 Igraph 的部分功能（如布局）引入 Cytoscape。仅限 Mac。
IgraphPlugin
将 Igraph 的部分功能（如布局）引入 Cytoscape。仅限 Mac。
(4)
SPNConverter
将图转换为 GraphML 格式的工具
SPNConverter
将图转换为 GraphML 格式的工具
(0)
CommFinder
基于 QCUT、HQCUT、MCL、MCODE 的聚类。
CommFinder
基于 QCUT、HQCUT、MCL、MCODE 的聚类。
(5)
NeMo
识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。
NeMo
识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。
(3)
CalculatenodeDegree
简单地计算所选节点的度数。
CalculatenodeDegree
简单地计算所选节点的度数。
(0)
Randomnetworks
生成随机网络或随机化已加载的网络。
Randomnetworks
生成随机网络或随机化已加载的网络。
(12)
ShortestPath
查找两个所选节点之间的最短通路。
ShortestPath
查找两个所选节点之间的最短通路。
(3)
ExprEssence
使用多组表达数据搜索给定网络中差异改变的链接。
ExprEssence
使用多组表达数据搜索给定网络中差异改变的链接。
(1)
OmicsAnalyzer
将组学数据（如表达数据、蛋白质组数据等）整合到网络上
OmicsAnalyzer
将组学数据（如表达数据、蛋白质组数据等）整合到网络上
(3)
PinnacleZ
根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络
PinnacleZ
根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络
(0)
dynamicXpr
像电影一样，根据节点在多种条件下的表达水平动态改变其颜色。
dynamicXpr
像电影一样，根据节点在多种条件下的表达水平动态改变其颜色。
(2)
SimTrek
评估给定基因及其邻近基因的基因本体相似性。所有文件必须安装在插件文件夹中。
SimTrek
评估给定基因及其邻近基因的基因本体相似性。所有文件必须安装在插件文件夹中。
(0)
CABIN
整合来自不同资源的相互作用数据集，以探索和评估所得网络
CABIN
整合来自不同资源的相互作用数据集，以探索和评估所得网络
(0)
OrthoNets
能够同时比较两个物种的相互作用网络。可以可视化蛋白质结构域信息。
OrthoNets
能够同时比较两个物种的相互作用网络。可以可视化蛋白质结构域信息。
(5)
Reactome FIs
访问 Reactome 功能相互作用 (FI) 网络以执行通路分析。
Reactome FIs
访问 Reactome 功能相互作用 (FI) 网络以执行通路分析。
(4)
structureViz
使用户能够从生物网络遍历到其结构的详细视图。
structureViz
使用户能够从生物网络遍历到其结构的详细视图。
(4)
TransClust
对给定相似性图进行聚类。
TransClust
对给定相似性图进行聚类。
(12)
APID2NET
从 APID 下载 PPI 数据并执行各种分析和可视化。
APID2NET
从 APID 下载 PPI 数据并执行各种分析和可视化。
(13)
HiderSlider
提供用户滑块，可以隐藏连续属性低于滑块指定阈值的节点。
HiderSlider
提供用户滑块，可以隐藏连续属性低于滑块指定阈值的节点。
(0)
CyOog
CyOog
(0)
GroupTool
使用户能够定义节点组并显示有关组的信息。
GroupTool
使用户能够定义节点组并显示有关组的信息。
(0)
edgeLengthPlugin
计算主网络视图窗口中的边长度，并将其存储为边属性“length”。
edgeLengthPlugin
计算主网络视图窗口中的边长度，并将其存储为边属性“length”。
(0)
BiLayout
为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。
BiLayout
为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。
(8)
GoogleChartFunctions
使用 Google Chart API 根据属性值 (URL) 创建图像。
GoogleChartFunctions
使用 Google Chart API 根据属性值 (URL) 创建图像。
(1)
nodeCharts
在节点上绘制条形图、折线图或饼图。
nodeCharts
在节点上绘制条形图、折线图或饼图。
(2)
PhyloTree
读取系统发育树格式（Phylip 或 phyloXML）的文件并将其可视化为网络。
PhyloTree
读取系统发育树格式（Phylip 或 phyloXML）的文件并将其可视化为网络。
(0)
CytoSEED
使用户能够查看、操作和分析由 Model SEED 创建的代谢模型。
CytoSEED
使用户能够查看、操作和分析由 Model SEED 创建的代谢模型。
(3)
Mosaic
系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。
Mosaic
系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。
(19)
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
(0)
SubnetworkCreator
为断开连接的图创建子网络。
SubnetworkCreator
为断开连接的图创建子网络。
(2)
CARLSBAD
可视化并探索化学模式生物活性网络。
CARLSBAD
可视化并探索化学模式生物活性网络。
(1)
MultiLevelLayout
用于分层生物网络的布局算法。
MultiLevelLayout
用于分层生物网络的布局算法。
(2)
CySBML
SBML 的 Cytoscape 插件
CySBML
SBML 的 Cytoscape 插件
(7)
ChartPlugin
根据所选节点或边的数值属性创建图表。
ChartPlugin
根据所选节点或边的数值属性创建图表。
(4)
MultiColoredNodes
使用饼图同时可视化多个节点属性。
MultiColoredNodes
使用饼图同时可视化多个节点属性。
(11)
NetTwo
测量两个子网络之间的功能关系
NetTwo
测量两个子网络之间的功能关系
(0)
CyTableReaderPlugin
CyTable 属性文件阅读器
CyTableReaderPlugin
CyTable 属性文件阅读器
(0)
NetDS
网络动力学与结构分析
NetDS
网络动力学与结构分析
(1)
BiNoM
系统生物学文件格式（BioPAX 3 级、SBML、CellDesigner）的导入/导出。生物网络的分析与操作。
BiNoM
系统生物学文件格式（BioPAX 3 级、SBML、CellDesigner）的导入/导出。生物网络的分析与操作。
(17)
MostHighlyConnectedSubgraphPlugin
MostHighlyConnectedSubgraphPlugin
(0)
HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
(0)
ModuLand
提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列
ModuLand
提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列
(10)
NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
(20)
ContigScape
用于微生物基因组缺口闭合的交互式引导工具
ContigScape
用于微生物基因组缺口闭合的交互式引导工具
(2)
SimBoolNet
SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件
SimBoolNet
SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件
(2)