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分类
ClueGO
创建并可视化功能分组的术语/通路网络
ClueGO
创建并可视化功能分组的术语/通路网络
(317)  402326 次下载
yFiles Layout Algorithms
用于排列网络的极其复杂的算法。
yFiles Layout Algorithms
用于排列网络的极其复杂的算法。
(30)  253578 次下载
CluePedia
CluePedia：一个利用整合的实验和计算机模拟数据获取通路见解的 ClueGO 插件
CluePedia
CluePedia：一个利用整合的实验和计算机模拟数据获取通路见解的 ClueGO 插件
(104)  230509 次下载
BiNGO
计算网络中过度代表的 GO 术语，并将其显示为显著 GO 术语的网络。
BiNGO
计算网络中过度代表的 GO 术语，并将其显示为显著 GO 术语的网络。
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EnrichmentMap
将通路富集可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。
EnrichmentMap
将通路富集可视化为富集图，这是一种表示富集通路之间重叠的网络。
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cyREST
核心应用：与语言无关的 RESTful API
cyREST
核心应用：与语言无关的 RESTful API
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ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能交互网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能交互网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
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KEGGscape
用于 KEGG XML (KGML) 文件的文件读取器和通路可视化工具
KEGGscape
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CX Support
核心应用：CX JSON 文件读取器和写入器
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NetworkAnalyzer
计算网络的拓扑属性（度分布、聚类系数、中心性等）
NetworkAnalyzer
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WordCloud
将交互集群的功能概括为标识，标识的大小代表这些功能的频率。
WordCloud
将交互集群的功能概括为标识，标识的大小代表这些功能的频率。
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CentiScaPe
找出网络中最重要的节点，为每个节点计算中心性参数。
CentiScaPe
找出网络中最重要的节点，为每个节点计算中心性参数。
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CyNDEx-2
核心应用：CyNDEx-2 是一个用户友好的应用程序，用于浏览、导入和导出网络到 NDEx 服务器。
CyNDEx-2
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jActiveModules
查找成员节点在表达水平上显示显著变化的集群。
jActiveModules
查找成员节点在表达水平上显示显著变化的集群。
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TiCoNE
时间过程网络富集器是一种用于时间序列数据的交互式聚类方法
TiCoNE
时间过程网络富集器是一种用于时间序列数据的交互式聚类方法
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CyTargetLinker
灵活的网络扩展应用
CyTargetLinker
灵活的网络扩展应用
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cyChart
定义过滤器的交互式工具
cyChart
定义过滤器的交互式工具
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ANIMO
ANIMO（具有交互式建模的生物网络分析）允许您模拟生物网络并将其动态与实验数据进行比较。
ANIMO
ANIMO（具有交互式建模的生物网络分析）允许您模拟生物网络并将其动态与实验数据进行比较。
(1)  48105 次下载
CoNet
CoNet 是一个 Cytoscape 插件，用于检测存在/缺失和丰度矩阵中的显著关联。
CoNet
CoNet 是一个 Cytoscape 插件，用于检测存在/缺失和丰度矩阵中的显著关联。
(22)  44627 次下载
CytoCluster
用于网络集群分析和可视化的 Cytoscape 应用程序
CytoCluster
用于网络集群分析和可视化的 Cytoscape 应用程序
(12)  42643 次下载
Rene
调节网络增强插件 - ReNE 允许用户增强标准的 KEGG/Reactome 通路
Rene
调节网络增强插件 - ReNE 允许用户增强标准的 KEGG/Reactome 通路
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Diffusion
使用网络传播算法扩展节点选择
Diffusion
使用网络传播算法扩展节点选择
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Functional Enrichment Collection
用于促进功能富集分析的应用程序集合。安装此应用后，您将安装一组应用程序。
Functional Enrichment Collection
用于促进功能富集分析的应用程序集合。安装此应用后，您将安装一组应用程序。
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Legend Creator
一种为您的图表添加离散和连续映射图例的方法
Legend Creator
一种为您的图表添加离散和连续映射图例的方法
(5)  34779 次下载
PEPPER
使用多目标优化在 PPI 网络中查找连接蛋白质集成员的有意义的通路/复合物
PEPPER
使用多目标优化在 PPI 网络中查找连接蛋白质集成员的有意义的通路/复合物
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chemViz2
用于 Cytoscape 的化学信息学应用程序
chemViz2
用于 Cytoscape 的化学信息学应用程序
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OpenCL Prefuse Layout
核心应用：提供更快、基于 OpenCL 的 Cytoscape Prefuse 布局版本
OpenCL Prefuse Layout
核心应用：提供更快、基于 OpenCL 的 Cytoscape Prefuse 布局版本
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PhosphoPath
定量蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据集的可视化和分析
PhosphoPath
定量蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据集的可视化和分析
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Venn and Euler Diagrams
提供图表视图和详细视图，用于一次比较两个或多个 Cytoscape 组。
Venn and Euler Diagrams
提供图表视图和详细视图，用于一次比较两个或多个 Cytoscape 组。
(36)  27819 次下载
DynNetwork
在 Cytoscape 3.0 中可视化动态网络
DynNetwork
在 Cytoscape 3.0 中可视化动态网络
(13)  27022 次下载
ClusterViz
基于 FAG-EC、EAGLE 或 MCODE 的聚类。找到的集群可以进行 GO 富集分析。
ClusterViz
基于 FAG-EC、EAGLE 或 MCODE 的聚类。找到的集群可以进行 GO 富集分析。
(13)  25899 次下载
PSFC
通路信号流计算器：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑结构计算通路活动。
PSFC
通路信号流计算器：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑结构计算通路活动。
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Cy3D
简单的 3D 网络渲染器应用程序
Cy3D
简单的 3D 网络渲染器应用程序
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Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推理工具箱汇集了多种工具，允许从生物数据中推断网络（适用于 Cytoscape 3.1+）
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Cytoscape 网络推理工具箱汇集了多种工具，允许从生物数据中推断网络（适用于 Cytoscape 3.1+）
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setsApp
保存和操作节点和边集合
setsApp
保存和操作节点和边集合
(3)  22688 次下载
CHAT
识别生物网络中与上下文相关的枢纽
CHAT
识别生物网络中与上下文相关的枢纽
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EnrichmentTable
创建一个新表，用于执行、存储和查看功能富集分析
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创建一个新表，用于执行、存储和查看功能富集分析
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dot-app
在 Cytoscape 中导入/导出 Graphviz 文件
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(31)  20205 次下载
GFD-Net
基于基因本体论 (GO) 分析基因网络并计算其功能差异的定量指标
GFD-Net
基于基因本体论 (GO) 分析基因网络并计算其功能差异的定量指标
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Mass Spec Collection
用于促进质谱数据网络分析的应用程序集合。安装此应用后，您将安装一组应用程序。
Mass Spec Collection
用于促进质谱数据网络分析的应用程序集合。安装此应用后，您将安装一组应用程序。
(3)  18385 次下载
JSON Support
核心应用：在 Cytoscape 中提供对读取/写入 Cytoscape.js JSON 文件的支持
JSON Support
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PINBPA
基于蛋白质相互作用网络的通路分析
PINBPA
基于蛋白质相互作用网络的通路分析
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aMatReader
用于读取邻接矩阵 (.mat, .adj) 文件的应用程序
aMatReader
用于读取邻接矩阵 (.mat, .adj) 文件的应用程序
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structureViz2
在网络上下文中可视化大分子结构的应用程序
structureViz2
在网络上下文中可视化大分子结构的应用程序
(4)  16925 次下载
GOlorize
使用基因本体论 (GO) 类别来指导网络图布局过程，并强调节点的生物学功能。
GOlorize
使用基因本体论 (GO) 类别来指导网络图布局过程，并强调节点的生物学功能。
(2)  16564 次下载
cddApp
Cytoscape 与 NCBI 保守结构域数据库之间的整合
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Cytoscape 与 NCBI 保守结构域数据库之间的整合
(0)  15931 次下载
D3.js Exporter
用于 D3.js 的网络和表数据导出器
D3.js Exporter
用于 D3.js 的网络和表数据导出器
(1)  15365 次下载
SocialNetwork
通过建立网络来概括个人如何关联，其中节点代表作者，边代表出版物。
SocialNetwork
通过建立网络来概括个人如何关联，其中节点代表作者，边代表出版物。
(5)  15300 次下载
SLiMScape
Cytoscape 的蛋白质短线性基序分析插件
SLiMScape
Cytoscape 的蛋白质短线性基序分析插件
(12)  15187 次下载
PhenomeScape
使用已知的疾病关联从基因表达数据中识别差异调节的子网络
PhenomeScape
使用已知的疾病关联从基因表达数据中识别差异调节的子网络
(4)  14820 次下载
EntOptLayout
基于相对熵优化的布局插件
EntOptLayout
基于相对熵优化的布局插件
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copycatLayout
通过映射节点列值来克隆网络视图布局
copycatLayout
通过映射节点列值来克隆网络视图布局
(1)  13968 次下载
Cytoscape Neo4j Plugin
Cytoscape Neo4j Plugin
(5)  13872 次下载
Motif-Discovery
它允许用户以快速且友好的方式进行“网络基序发现”。它使用 G-Tries 算法，这是最快的算法。
Motif-Discovery
它允许用户以快速且友好的方式进行“网络基序发现”。它使用 G-Tries 算法，这是最快的算法。
(15)  13802 次下载
TMM
根据基因表达数据评估端粒维持机制的活动。为改进 TMM 通路做出贡献
TMM
根据基因表达数据评估端粒维持机制的活动。为改进 TMM 通路做出贡献
(0)  13722 次下载
ISMAGS
枚举图中基序的所有实例，充分利用基序的对称性。
ISMAGS
枚举图中基序的所有实例，充分利用基序的对称性。
(1)  13655 次下载
ExpressionCorrelation
建立一个相似性网络，其中节点是基因，边表示高度相关的基因。
ExpressionCorrelation
建立一个相似性网络，其中节点是基因，边表示高度相关的基因。
(5)  13380 次下载
BioGRID Data Source
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 BioGRID 数据的支持
BioGRID Data Source
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 BioGRID 数据的支持
(2)  13227 次下载
ARACNE
网络推理算法，旨在解决通过 Cyni 可用的广泛网络去卷积问题
ARACNE
网络推理算法，旨在解决通过 Cyni 可用的广泛网络去卷积问题
(10)  13075 次下载
Worm Plot
序列自相似性有向图可视化。
Worm Plot
序列自相似性有向图可视化。
(0)  12381 次下载
Biomart Web Service Client
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 Biomart Web 服务的支持
Biomart Web Service Client
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 Biomart Web 服务的支持
(0)  11937 次下载
Vital AI Graph Visualization
使用 Vital AI 软件连接到数据库、服务器和 Hadoop/Spark
Vital AI Graph Visualization
使用 Vital AI 软件连接到数据库、服务器和 Hadoop/Spark
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WikiDataScape
用于 Cytoscape 的 WikiData 探索器
WikiDataScape
用于 Cytoscape 的 WikiData 探索器
(3)  11086 次下载
PSI-MI Reader
核心应用：在 Cytoscape 中提供对读取 PSI-MI 文件的支持
PSI-MI Reader
核心应用：在 Cytoscape 中提供对读取 PSI-MI 文件的支持
(0)  11021 次下载
Largest Subnetwork
选择网络中最大的连通分量
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选择网络中最大的连通分量
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Strongest Path
一个用于蛋白质-蛋白质相互作用分析的应用程序
Strongest Path
一个用于蛋白质-蛋白质相互作用分析的应用程序
(25)  10621 次下载
Pathway Scoring Application
评估通路中基因和过程的生物活性
Pathway Scoring Application
评估通路中基因和过程的生物活性
(2)  10450 次下载
CyCommunityDetection
集成了多尺度社群检测和功能富集分析用于网络分析。CDAPS
CyCommunityDetection
集成了多尺度社群检测和功能富集分析用于网络分析。CDAPS
(1)  10362 次下载
cyNeo4j
一个用于连接 Neo4j 数据库并执行 Neo4j 数据库扩展的 Cytoscape 应用程序。
cyNeo4j
一个用于连接 Neo4j 数据库并执行 Neo4j 数据库扩展的 Cytoscape 应用程序。
(11)  10086 次下载
BNMatch2
BNMatch 提供了一种在考虑节点信息和拓扑相似性的前提下，网络之间可靠且优化的映射。
BNMatch2
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(3)  9576 次下载
GenomeSpace
支持与 GenomeSpace 进行通信
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支持与 GenomeSpace 进行通信
(5)  9129 次下载
CyDataSeries
为你的网络添加时间序列数据等。
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(1)  8853 次下载
GNC
具有直接和间接关系的基因网络连贯性分析
GNC
具有直接和间接关系的基因网络连贯性分析
(60)  8714 次下载
CyLineUp
以网络小倍数形式可视化数据
CyLineUp
以网络小倍数形式可视化数据
(2)  8465 次下载
Color Cast
为网络节点应用 Brewer 配色方案
Color Cast
为网络节点应用 Brewer 配色方案
(7)  8357 次下载
DKernel
DKernel 使用扩散核算法传播子网络，用于通路分析、疾病邻近性、社交网络等。
DKernel
DKernel 使用扩散核算法传播子网络，用于通路分析、疾病邻近性、社交网络等。
(1)  7863 次下载
gexf-app
导入图交换 XML 格式 (GEXF) 文件
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(1)  7773 次下载
Obfuscator
用随机名称替换一个或多个网络中的节点名称，同时保留网络间的对应关系。
Obfuscator
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(1)  7487 次下载
GIANT
一个用于网络制图的 Cytoscape 插件
GIANT
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(1)  7451 次下载
Assembly
导入图形片段组装 (GFA) 格式 1.0 和 2.0 版本的序列图
Assembly
导入图形片段组装 (GFA) 格式 1.0 和 2.0 版本的序列图
(2)  7259 次下载
MCDS
近似计算有向网络的最小连通支配集 (MCDS)。
MCDS
近似计算有向网络的最小连通支配集 (MCDS)。
(14)  6742 次下载
CytoGTA
基于基因表达的 PPI 网络模块（聚类）检测
CytoGTA
基于基因表达的 PPI 网络模块（聚类）检测
(31)  6588 次下载
Cy3 Performance Reporter
用于收集 Cytoscape 3 性能信息的诊断工具。需要 Cy3 beta2-SNAPSHOT 或更高版本。不适用于 beta1。
Cy3 Performance Reporter
用于收集 Cytoscape 3 性能信息的诊断工具。需要 Cy3 beta2-SNAPSHOT 或更高版本。不适用于 beta1。
(0)  6438 次下载
MetaNetter_2
MetaNetter_2
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HyperModules
用于分析基因突变和临床数据的交互网络算法
HyperModules
用于分析基因突变和临床数据的交互网络算法
(1)  6232 次下载
DeDaL
数据驱动的布局 (PCA...)，网络对齐，网络变形。
DeDaL
数据驱动的布局 (PCA...)，网络对齐，网络变形。
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CyIsomorphism
所有可能的子图同构
CyIsomorphism
所有可能的子图同构
(4)  5952 次下载
cdtReader
将 Cluster 3 输出文件读取到 Cytoscape 中
cdtReader
将 Cluster 3 输出文件读取到 Cytoscape 中
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layoutSaver
将节点位置从一个网络映射到另一个网络
layoutSaver
将节点位置从一个网络映射到另一个网络
(1)  5515 次下载
CyGraphSpace
将 Cytoscape 网络上传到 GraphSpace
CyGraphSpace
将 Cytoscape 网络上传到 GraphSpace
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bayelviraApp
贝叶斯网络的学习与生成。
bayelviraApp
贝叶斯网络的学习与生成。
(1)  5130 次下载
Signor App
SIGNORApp 是一个 Cytoscape 3 应用程序，提供对 SIGNOR 资源中注释的因果相互作用数据的访问。它构建网络
Signor App
SIGNORApp 是一个 Cytoscape 3 应用程序，提供对 SIGNOR 资源中注释的因果相互作用数据的访问。它构建网络
(2)  5045 次下载
DAPath
疾病相关通路分析器
DAPath
疾病相关通路分析器
(0)  4982 次下载
FileWatcher
一个将网络与 Excel 文件关联的应用程序
FileWatcher
一个将网络与 Excel 文件关联的应用程序
(0)  4802 次下载
causalpath-cytoscape-app
在 Cytoscape 中可视化 CausalPath (causalpath.org) 结果
causalpath-cytoscape-app
在 Cytoscape 中可视化 CausalPath (causalpath.org) 结果
(2)  4672 次下载
NCMine
通过近团挖掘（Near-Clique Mining）查找基因网络中的功能模块
NCMine
通过近团挖掘（Near-Clique Mining）查找基因网络中的功能模块
(3)  4657 次下载
CompleteGraph
创建一个给定大小的新全连接 Cytoscape 网络
CompleteGraph
创建一个给定大小的新全连接 Cytoscape 网络
(6)  4625 次下载
Jesse
计算图中所有节点的图谱度（graphlet degrees）
Jesse
计算图中所有节点的图谱度（graphlet degrees）
(1)  4523 次下载
HGPEC
HGPEC 可以有效预测新的疾病-基因和疾病-疾病关联，并支持基于网络和排名的可视化
HGPEC
HGPEC 可以有效预测新的疾病-基因和疾病-疾病关联，并支持基于网络和排名的可视化
(2)  4392 次下载
Diffany
差异网络计算
Diffany
差异网络计算
(4)  4263 次下载
SIREN
调控网络的符号化（Signing of Regulatory Networks）
SIREN
调控网络的符号化（Signing of Regulatory Networks）
(3)  4182 次下载
CycleDetector
检测 Cytoscape 网络中的循环
CycleDetector
检测 Cytoscape 网络中的循环
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PetriScape
PetriScape 执行 Petri 网的离散模拟，并将 SBML 文件转换为 Petri 网形式。
PetriScape
PetriScape 执行 Petri 网的离散模拟，并将 SBML 文件转换为 Petri 网形式。
(29)  4095 次下载
PEWCC
在网络（如 PPI/基因网络）中检测稠密子网络（如蛋白质/基因复合物）
PEWCC
在网络（如 PPI/基因网络）中检测稠密子网络（如蛋白质/基因复合物）
(8)  3987 次下载
PathInsight
一个开源应用程序，用系统生物学图形符号 (SBGN) 模拟小结合分子对通路的影响
PathInsight
一个开源应用程序，用系统生物学图形符号 (SBGN) 模拟小结合分子对通路的影响
(1)  3931 次下载
wk-shell-decomposition
执行加权 k-shell 分解
wk-shell-decomposition
执行加权 k-shell 分解
(1)  3781 次下载
CyNetSVM
一个用于使用网络约束支持向量机进行癌症生物标志物识别的 Cytoscape 应用程序
CyNetSVM
一个用于使用网络约束支持向量机进行癌症生物标志物识别的 Cytoscape 应用程序
(3)  3739 次下载
Highlighter
基于共享的自定义节点注释来高亮和选择节点。
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(1)  3633 次下载
OCSANA+
基于网络分析的信号网络优化控制与模拟
OCSANA+
基于网络分析的信号网络优化控制与模拟
(27)  3456 次下载
CytoAsp
CytoAsp
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TETRAMER
一个用于预测主调节因子的时间转录调控模型器
TETRAMER
一个用于预测主调节因子的时间转录调控模型器
(26)  3293 次下载
AOPXplorer
AOPXplorer
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YoshikoStandalone
用于加权 (k) 聚类编辑的启发式算法。适用于 Cytoscape 3.7。
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(4)  3145 次下载
PCM
组装预测的簇以实现更好的蛋白质聚类检测
PCM
组装预测的簇以实现更好的蛋白质聚类检测
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CytoCtrlAnalyser
用于网络控制问题的集成算法
CytoCtrlAnalyser
用于网络控制问题的集成算法
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NDB Reader
用于读取 Genomica NDB 文件的 Cytoscape 应用程序
NDB Reader
用于读取 Genomica NDB 文件的 Cytoscape 应用程序
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CyPathia
用于组学数据解释和分析的通路机制模型
CyPathia
用于组学数据解释和分析的通路机制模型
(3)  2692 次下载
ProteoVisualizer
基于质谱的蛋白质组学数据的功能分析：从蛋白质组到网络
ProteoVisualizer
基于质谱的蛋白质组学数据的功能分析：从蛋白质组到网络
(1)  2658 次下载
Propagate
Propagate
(0)  2560 次下载
MORO
MORO
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Arena3DwebApp
在 Arena3Dweb 中将二维网络可视化为多层三维网络
Arena3DwebApp
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(2)  2402 次下载
PhageCocktail
PhageCocktail 应用程序用于寻找裂解特定细菌的最佳噬菌体组合。
PhageCocktail
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InformationAnalyzer
InformationAnalyzer
(14)  2262 次下载
ZDOG
ZDOG
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cyTRON
cyTRON
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CodeNetVis
交互式探索你的软件系统依赖图
CodeNetVis
交互式探索你的软件系统依赖图
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mapSourceAndTarget
mapSourceAndTarget
(2)  1901 次下载
DynDiffNet
一个用于动态差异网络构建、分析和可视化的 Cytoscape 应用程序
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一个用于动态差异网络构建、分析和可视化的 Cytoscape 应用程序
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CytoDiVR
在虚拟现实中深入探索你的 Cytoscape 网络
CytoDiVR
在虚拟现实中深入探索你的 Cytoscape 网络
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CyArangoDB
CyArangoDB
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OpenCytoscapeWeb
在浏览器中打开 web.cytoscape.org 上的当前网络视图
OpenCytoscapeWeb
在浏览器中打开 web.cytoscape.org 上的当前网络视图
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Cytoscape MCP Server
Cytoscape MCP Server
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Cytoscape 2.x 不支持的插件
IDARE [idare]
多组学可视化和网络解缠
IDARE [idare]
多组学可视化和网络解缠
(1)
MetaNetter
基于高分辨率代谢组学数据推断代谢网络。
MetaNetter
基于高分辨率代谢组学数据推断代谢网络。
(1)
CyThesaurus-ID-Mapping
使用 BridgeDb 和其他公共或自定义数据库源执行 ID 映射。
CyThesaurus-ID-Mapping
使用 BridgeDb 和其他公共或自定义数据库源执行 ID 映射。
(10)
BiogridPlugin
将 Biogrid 数据库中的相互作用数据加载到 Cytoscape
BiogridPlugin
将 Biogrid 数据库中的相互作用数据加载到 Cytoscape
(4)
iRefScape
检索与输入 ID 相关的相互作用，以及相互作用详情和 iRefIndices。
iRefScape
检索与输入 ID 相关的相互作用，以及相互作用详情和 iRefIndices。
(0)
PSICQUICUniversalClient
用于从公共数据库导入相互作用的 PSICQUIC Web 服务客户端
PSICQUICUniversalClient
用于从公共数据库导入相互作用的 PSICQUIC Web 服务客户端
(16)
GraphMLReader
用于 GraphML 格式 XML 网络文件的阅读器插件
GraphMLReader
用于 GraphML 格式 XML 网络文件的阅读器插件
(0)
KGMLReader
KEGG XML (KGML) 文件的文件阅读器和通路可视化器
KGMLReader
KEGG XML (KGML) 文件的文件阅读器和通路可视化器
(61)
Superpathways-Plugin
从 Wikipathways 下载并整合多个通路。
Superpathways-Plugin
从 Wikipathways 下载并整合多个通路。
(0)
GPML-Plugin
通过导入菜单启用 GPML 文件导入。
GPML-Plugin
通过导入菜单启用 GPML 文件导入。
(10)
SFLDLoader
在 Cytoscape 上通过图表示结构蛋白质家族及其同源物。
SFLDLoader
在 Cytoscape 上通过图表示结构蛋白质家族及其同源物。
(0)
Genoscape
将来自 GenoScript 的基因表达数据集和 KEGG 通路可视化整合到网络中。
Genoscape
将来自 GenoScript 的基因表达数据集和 KEGG 通路可视化整合到网络中。
(12)
Commonattributes
查找所选节点之间共享的属性。
Commonattributes
查找所选节点之间共享的属性。
(0)
FluxViz
CyFluxViz - 可视化通量分布
FluxViz
CyFluxViz - 可视化通量分布
(6)
JavaScriptEngine
对 JavaScript 编程语言的脚本支持
JavaScriptEngine
对 JavaScript 编程语言的脚本支持
(0)
RubyScriptingEngine
Ruby (JRuby) 编程语言的脚本支持模块
RubyScriptingEngine
Ruby (JRuby) 编程语言的脚本支持模块
(0)
MiSink
为支持 MiSink 的网站（包括 DIP）提供网络接口。
MiSink
为支持 MiSink 的网站（包括 DIP）提供网络接口。
(0)
CytoscapeRPC
允许用户通过 XML-RPC 连接查询和修改网络。
CytoscapeRPC
允许用户通过 XML-RPC 连接查询和修改网络。
(13)
GroovyEngine
对 Groovy 编程语言的支持
GroovyEngine
对 Groovy 编程语言的支持
(0)
Interference
评估节点移除后的拓扑影响，如辐射度、紧密度、中介中心性、质心值和离心率。
Interference
评估节点移除后的拓扑影响，如辐射度、紧密度、中介中心性、质心值和离心率。
(12)
APCluster
使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。
APCluster
使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。
(5)
MINE
基于网络拓扑结构对网络进行聚类，使用类似于 MCODE 的修改版凝聚聚类算法。
MINE
基于网络拓扑结构对网络进行聚类，使用类似于 MCODE 的修改版凝聚聚类算法。
(4)
CyClus3D
基于三节点基序（three-node motifs）对网络进行聚类。
CyClus3D
基于三节点基序（three-node motifs）对网络进行聚类。
(1)
GraphletCounter
计算“图元”（graphlet，小型连接的非同构子图）度分布。
GraphletCounter
计算“图元”（graphlet，小型连接的非同构子图）度分布。
(1)
RemainingDegreeDistribution
计算剩余度（多余度）分布。
RemainingDegreeDistribution
计算剩余度（多余度）分布。
(1)
NetMatch
在给定网络中查找用户定义的网络基序。可以使用原始 GUI 创建和编辑网络基序。
NetMatch
在给定网络中查找用户定义的网络基序。可以使用原始 GUI 创建和编辑网络基序。
(2)
ExprEssence
使用多组表达数据搜索给定网络中差异改变的链接。
ExprEssence
使用多组表达数据搜索给定网络中差异改变的链接。
(1)
OmicsAnalyzer
将组学数据（如表达数据、蛋白质组数据等）整合到网络上
OmicsAnalyzer
将组学数据（如表达数据、蛋白质组数据等）整合到网络上
(3)
PinnacleZ
根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络
PinnacleZ
根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络
(0)
dynamicXpr
像电影一样，根据节点在多种条件下的表达水平动态改变其颜色。
dynamicXpr
像电影一样，根据节点在多种条件下的表达水平动态改变其颜色。
(2)
SimTrek
评估给定基因及其邻近基因的基因本体相似性。所有文件必须安装在插件文件夹中。
SimTrek
评估给定基因及其邻近基因的基因本体相似性。所有文件必须安装在插件文件夹中。
(0)
CABIN
整合来自不同资源的相互作用数据集，以探索和评估所得网络
CABIN
整合来自不同资源的相互作用数据集，以探索和评估所得网络
(0)
OrthoNets
能够同时比较两个物种的相互作用网络。可以可视化蛋白质结构域信息。
OrthoNets
能够同时比较两个物种的相互作用网络。可以可视化蛋白质结构域信息。
(5)
Reactome FIs
访问 Reactome 功能相互作用 (FI) 网络以执行通路分析。
Reactome FIs
访问 Reactome 功能相互作用 (FI) 网络以执行通路分析。
(4)
structureViz
使用户能够从生物网络遍历到其结构的详细视图。
structureViz
使用户能够从生物网络遍历到其结构的详细视图。
(4)
TransClust
对给定相似性图进行聚类。
TransClust
对给定相似性图进行聚类。
(12)
APID2NET
从 APID 下载 PPI 数据并执行各种分析和可视化。
APID2NET
从 APID 下载 PPI 数据并执行各种分析和可视化。
(13)
HiderSlider
提供用户滑块，可以隐藏连续属性低于滑块指定阈值的节点。
HiderSlider
提供用户滑块，可以隐藏连续属性低于滑块指定阈值的节点。
(0)
CyOog
CyOog
(0)
GroupTool
使用户能够定义节点组并显示有关组的信息。
GroupTool
使用户能够定义节点组并显示有关组的信息。
(0)
edgeLengthPlugin
计算主网络视图窗口中的边长度，并将其存储为边属性“length”。
edgeLengthPlugin
计算主网络视图窗口中的边长度，并将其存储为边属性“length”。
(0)
BiLayout
为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。
BiLayout
为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。
(8)
GoogleChartFunctions
使用 Google Chart API 根据属性值 (URL) 创建图像。
GoogleChartFunctions
使用 Google Chart API 根据属性值 (URL) 创建图像。
(1)
nodeCharts
在节点上绘制条形图、折线图或饼图。
nodeCharts
在节点上绘制条形图、折线图或饼图。
(2)
PhyloTree
读取系统发育树格式（Phylip 或 phyloXML）的文件并将其可视化为网络。
PhyloTree
读取系统发育树格式（Phylip 或 phyloXML）的文件并将其可视化为网络。
(0)
CytoSEED
使用户能够查看、操作和分析由 Model SEED 创建的代谢模型。
CytoSEED
使用户能够查看、操作和分析由 Model SEED 创建的代谢模型。
(3)
Mosaic
系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。
Mosaic
系统地划分给定图，并根据 GO 条目对节点进行布局和着色。
(19)
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
(0)
SubnetworkCreator
为断开连接的图创建子网络。
SubnetworkCreator
为断开连接的图创建子网络。
(2)
CARLSBAD
可视化并探索化学模式生物活性网络。
CARLSBAD
可视化并探索化学模式生物活性网络。
(1)
MultiLevelLayout
用于分层生物网络的布局算法。
MultiLevelLayout
用于分层生物网络的布局算法。
(2)
CySBML
SBML 的 Cytoscape 插件
CySBML
SBML 的 Cytoscape 插件
(7)
ChartPlugin
根据所选节点或边的数值属性创建图表。
ChartPlugin
根据所选节点或边的数值属性创建图表。
(4)
MultiColoredNodes
使用饼图同时可视化多个节点属性。
MultiColoredNodes
使用饼图同时可视化多个节点属性。
(11)
NetTwo
测量两个子网络之间的功能关系
NetTwo
测量两个子网络之间的功能关系
(0)
CyTableReaderPlugin
CyTable 属性文件阅读器
CyTableReaderPlugin
CyTable 属性文件阅读器
(0)
NetDS
网络动力学与结构分析
NetDS
网络动力学与结构分析
(1)
BiNoM
系统生物学文件格式（BioPAX 3 级、SBML、CellDesigner）的导入/导出。生物网络的分析与操作。
BiNoM
系统生物学文件格式（BioPAX 3 级、SBML、CellDesigner）的导入/导出。生物网络的分析与操作。
(17)
MostHighlyConnectedSubgraphPlugin
MostHighlyConnectedSubgraphPlugin
(0)
HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
(0)
ModuLand
提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列
ModuLand
提供模块化层次结构和可调整重叠的模块化方法系列
(10)
NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
(20)
ContigScape
用于微生物基因组缺口闭合的交互式引导工具
ContigScape
用于微生物基因组缺口闭合的交互式引导工具
(2)
SimBoolNet
SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件
SimBoolNet
SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件
(2)