所有应用

分类
Adj Exporter
支持导出有向和无向网络邻接矩阵格式的 Cytoscape 应用
Adj Exporter
支持导出有向和无向网络邻接矩阵格式的 Cytoscape 应用
(12)  14584 次下载
aMatReader
读取邻接矩阵 (.mat, .adj) 文件的应用
aMatReader
读取邻接矩阵 (.mat, .adj) 文件的应用
(2)  17050 次下载
ANIMO
ANIMO (交互建模网络分析) 允许您对生物网络进行建模，并将它们的动态特性与实验数据进行比较。
ANIMO
ANIMO (交互建模网络分析) 允许您对生物网络进行建模，并将它们的动态特性与实验数据进行比较。
(1)  48105 次下载
ARACNE
用于解决各种网络反卷积问题的网络推断算法，可通过 Cyni 使用。
ARACNE
用于解决各种网络反卷积问题的网络推断算法，可通过 Cyni 使用。
(10)  13075 次下载
Assembly
导入 GFA（图形片段组装）格式 1.0 和 2.0 版本的序列图。
Assembly
导入 GFA（图形片段组装）格式 1.0 和 2.0 版本的序列图。
(2)  7259 次下载
autoHGPEC
HGPEC 的升级版本，增加了自动化功能，可预测新型疾病-基因和疾病-疾病关联。
autoHGPEC
HGPEC 的升级版本，增加了自动化功能，可预测新型疾病-基因和疾病-疾病关联。
(6)  8386 次下载
BEL Navigator
在 Cytoscape 3 中探索 OpenBEL 知识网络。
BEL Navigator
在 Cytoscape 3 中探索 OpenBEL 知识网络。
(0)  3186 次下载
BioGateway Cytoscape 插件
一款与 BioGateway 三元组存储协同工作的探索性网络构建插件。
BioGateway Cytoscape 插件
一款与 BioGateway 三元组存储协同工作的探索性网络构建插件。
(8)  12700 次下载
Biomart Web Service Client
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 Biomart Web 服务的支持。
Biomart Web Service Client
核心应用：在 Cytoscape 中提供对 Biomart Web 服务的支持。
(0)  11937 次下载
Bisogenet
检索与输入 ID 关联的交互信息。复杂的 UI 提供了指向 GO、KEGG 等的链接。
Bisogenet
检索与输入 ID 关联的交互信息。复杂的 UI 提供了指向 GO、KEGG 等的链接。
(15)  83051 次下载
boundaryLayout
一种具有自定义边界约束的力导向网络布局。
boundaryLayout
一种具有自定义边界约束的力导向网络布局。
(2)  13768 次下载
causalpath-cytoscape-app
在 Cytoscape 中可视化 CausalPath (causalpath.org) 的结果。
causalpath-cytoscape-app
在 Cytoscape 中可视化 CausalPath (causalpath.org) 的结果。
(2)  4672 次下载
cdtReader
将 Cluster 3 输出文件读入 Cytoscape。
cdtReader
将 Cluster 3 输出文件读入 Cytoscape。
(0)  5742 次下载
CHAT
在生物网络中识别具有上下文相关性的中心节点 (hubs)。
CHAT
在生物网络中识别具有上下文相关性的中心节点 (hubs)。
(2)  21619 次下载
ClueGO
创建并可视化功能分组的术语/通路网络。
ClueGO
创建并可视化功能分组的术语/通路网络。
(317)  402326 次下载
clusterMaker2
Cytoscape 的多算法聚类应用。
clusterMaker2
Cytoscape 的多算法聚类应用。
(28)  178232 次下载
ClustnSee 3
聚类、模块探索和注释。
ClustnSee 3
聚类、模块探索和注释。
(1)  1408 次下载
CoExpNetViz
在基因子集与一种或多种物种的所有其他基因之间创建共表达网络，按基因家族对节点进行分组。
CoExpNetViz
在基因子集与一种或多种物种的所有其他基因之间创建共表达网络，按基因家族对节点进行分组。
(1)  15329 次下载
ColorCodingApp
ColorCodingApp
(0)  762 次下载
CompleteGraph
创建一个给定规模的全新全连接 Cytoscape 网络。
CompleteGraph
创建一个给定规模的全新全连接 Cytoscape 网络。
(6)  4625 次下载
CoNet
CoNet 是一个 Cytoscape 插件，用于检测存在/缺失和丰度矩阵中的显著关联。
CoNet
CoNet 是一个 Cytoscape 插件，用于检测存在/缺失和丰度矩阵中的显著关联。
(22)  44627 次下载
copycatLayout
通过映射节点列值来克隆网络视图布局。
copycatLayout
通过映射节点列值来克隆网络视图布局。
(1)  13968 次下载
CountTriplets
计算图三元组并绘制显著性分布。
CountTriplets
计算图三元组并绘制显著性分布。
(1)  2817 次下载
Cy3D
简单的 3D 网络渲染应用。
Cy3D
简单的 3D 网络渲染应用。
(3)  23526 次下载
cy3sabiork
SABIO-RK Web 服务访问。
cy3sabiork
SABIO-RK Web 服务访问。
(1)  11691 次下载
CyAnimator
Cytoscape 的简单关键帧动画制作。
CyAnimator
Cytoscape 的简单关键帧动画制作。
(5)  51379 次下载
cyBrowser
核心应用：在 Cytoscape 中添加 HTML 浏览器。
cyBrowser
核心应用：在 Cytoscape 中添加 HTML 浏览器。
(1)  52125 次下载
CyCL
核心应用：为 Cytoscape 提供 OpenCL 支持。
CyCL
核心应用：为 Cytoscape 提供 OpenCL 支持。
(0)  31732 次下载
CyCommunityDetection
集成多尺度社区检测和功能富集以进行网络分析。CDAPS。
CyCommunityDetection
集成多尺度社区检测和功能富集以进行网络分析。CDAPS。
(1)  10362 次下载
CyEnGNet
CyEnGNet: Cytoscape 集成基因网络。
CyEnGNet
CyEnGNet: Cytoscape 集成基因网络。
(91)  1974 次下载
CyGenexpi
从时间序列数据中揭示调控交互。
CyGenexpi
从时间序列数据中揭示调控交互。
(1)  11324 次下载
CyIsomorphism
所有可能的子图同构。
CyIsomorphism
所有可能的子图同构。
(4)  5952 次下载
CyLineUp
在网络多视图（small multiples）中可视化数据。
CyLineUp
在网络多视图（small multiples）中可视化数据。
(2)  8465 次下载
cymirCNV
miRNA 基因相关性网络可视化。
cymirCNV
miRNA 基因相关性网络可视化。
(1)  1042 次下载
CyNDEx-2
核心应用：CyNDEx-2 是一款用户友好的应用，用于在 NDEx 服务器上浏览、导入和导出网络。
CyNDEx-2
核心应用：CyNDEx-2 是一款用户友好的应用，用于在 NDEx 服务器上浏览、导入和导出网络。
(4)  68550 次下载
CyNetSVM
一款使用网络约束支持向量机进行癌症生物标志物识别的 Cytoscape 应用。
CyNetSVM
一款使用网络约束支持向量机进行癌症生物标志物识别的 Cytoscape 应用。
(3)  3739 次下载
Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推断工具箱汇集了多种工具，允许从生物数据推断网络（适用于 Cytoscape 3.1+）
Cyni Toolbox
Cytoscape 网络推断工具箱汇集了多种工具，允许从生物数据推断网络（适用于 Cytoscape 3.1+）
(25)  23404 次下载
CyPathia
用于组学数据解释和分析的通路机械模型。
CyPathia
用于组学数据解释和分析的通路机械模型。
(3)  2692 次下载
cyREST
核心应用：语言无关的 RESTful API。
cyREST
核心应用：语言无关的 RESTful API。
(4)  158468 次下载
CySpanningTree
生成树计算和旅行商问题的 MST 启发式算法。
CySpanningTree
生成树计算和旅行商问题的 MST 启发式算法。
(5)  7475 次下载
CytoAsp
CytoAsp
(0)  3407 次下载
CytoCopteR
用于训练逻辑模型的 Cytoscape 插件。
CytoCopteR
用于训练逻辑模型的 Cytoscape 插件。
(29)  13858 次下载
CytoDiVR
在虚拟现实中深入了解您的 Cytoscape 网络。
CytoDiVR
在虚拟现实中深入了解您的 Cytoscape 网络。
(0)  900 次下载
CytoGTA
基于基因表达的 PPI 网络模块（聚类）检测。
CytoGTA
基于基因表达的 PPI 网络模块（聚类）检测。
(31)  6588 次下载
CytoMCS
计算多个大型网络的最大公共边子图。
CytoMCS
计算多个大型网络的最大公共边子图。
(8)  6725 次下载
CytoNCA
为加权和未加权网络提供多种中心性指标的计算、评估和可视化分析。
CytoNCA
为加权和未加权网络提供多种中心性指标的计算、评估和可视化分析。
(9)  133720 次下载
Cytoscape Neo4j 插件
Cytoscape Neo4j 插件
(5)  13872 次下载
CyToStruct: 外部应用程序挂钩
为节点/边启动任意外部应用程序（如查看器）。
CyToStruct: 外部应用程序挂钩
为节点/边启动任意外部应用程序（如查看器）。
(27)  27670 次下载
cyTRON
cyTRON
(0)  2045 次下载
DAPath
疾病相关通路分析仪。
DAPath
疾病相关通路分析仪。
(0)  4982 次下载
Diffany
差异网络计算。
Diffany
差异网络计算。
(4)  4263 次下载
DisGeNET-app
查询、分析和可视化 DISGENET 数据。
DisGeNET-app
查询、分析和可视化 DISGENET 数据。
(9)  74225 次下载
dot-app
在 Cytoscape 中导入/导出 Graphviz 文件。
dot-app
在 Cytoscape 中导入/导出 Graphviz 文件。
(31)  20205 次下载
DyNet
比较两个或多个网络并识别最“重连”的节点。
DyNet
比较两个或多个网络并识别最“重连”的节点。
(7)  15200 次下载
DynNetwork
在 Cytoscape 3.0 中可视化动态网络。
DynNetwork
在 Cytoscape 3.0 中可视化动态网络。
(13)  27022 次下载
enhancedGraphics
用于图表和渐变的直通映射器（passthrough mapper）。
enhancedGraphics
用于图表和渐变的直通映射器（passthrough mapper）。
(11)  167583 次下载
EnrichmentMap Pipeline Collection
属于 EnrichmentMap 流水线工作流的应用集合。
EnrichmentMap Pipeline Collection
属于 EnrichmentMap 流水线工作流的应用集合。
(3)  30339 次下载
EntOptLayout
基于相对熵优化的布局插件。
EntOptLayout
基于相对熵优化的布局插件。
(6)  14222 次下载
eXamine
一种面向集合的注释模块可视化分析方法，它在节点-链接布局之上以等高线形式显示集合成员关系。
eXamine
一种面向集合的注释模块可视化分析方法，它在节点-链接布局之上以等高线形式显示集合成员关系。
(34)  24724 次下载
FileTransfer
远程 Jupyter Notebook 的文件系统代理。
FileTransfer
远程 Jupyter Notebook 的文件系统代理。
(1)  36600 次下载
FlyScape
黑腹果蝇 (D. melanogaster) 的 MetScape 代谢网络可视化。
FlyScape
黑腹果蝇 (D. melanogaster) 的 MetScape 代谢网络可视化。
(1)  4267 次下载
Functional Enrichment Collection
旨在促进功能富集分析的应用集合。安装此应用将安装一系列相关应用。
Functional Enrichment Collection
旨在促进功能富集分析的应用集合。安装此应用将安装一系列相关应用。
(5)  37287 次下载
GeneMANIA
从基因列表及其注释和假定功能出发，从公共数据库中导入相互作用网络。
GeneMANIA
从基因列表及其注释和假定功能出发，从公共数据库中导入相互作用网络。
(80)  142940 次下载
GenomeSpace
实现与 GenomeSpace 的通信
GenomeSpace
实现与 GenomeSpace 的通信
(5)  9129 次下载
GFD-Net
基于基因本体论（GO）分析基因网络，并计算其功能差异的定量指标
GFD-Net
基于基因本体论（GO）分析基因网络，并计算其功能差异的定量指标
(55)  19741 次下载
GNC
具有直接和间接关系的基因网络连贯性分析
GNC
具有直接和间接关系的基因网络连贯性分析
(60)  8714 次下载
GRNCOP2
用于从全基因组时间序列数据集中推断具有时间延迟的基因调控网络的无模型组合优化算法。
GRNCOP2
用于从全基因组时间序列数据集中推断具有时间延迟的基因调控网络的无模型组合优化算法。
(4)  2964 次下载
HGPEC
HGPEC 可以有效预测新的疾病-基因和疾病-疾病关联，并支持基于网络和基于排名的可视化。
HGPEC
HGPEC 可以有效预测新的疾病-基因和疾病-疾病关联，并支持基于网络和基于排名的可视化。
(2)  4392 次下载
HyperModules
用于分析基因突变和临床数据的相互作用网络算法
HyperModules
用于分析基因突变和临床数据的相互作用网络算法
(1)  6232 次下载
ID Mapper
BridgeDB 服务的插件，提供标识符查询功能。右键点击列标题即可使用“映射列 (Map Column)”命令。
ID Mapper
BridgeDB 服务的插件，提供标识符查询功能。右键点击列标题即可使用“映射列 (Map Column)”命令。
(1)  19843 次下载
InformationAnalyzer
InformationAnalyzer
(14)  2262 次下载
IntAct App
从 IntAct 数据库构建分子相互作用网络。一键访问所有详细信息。
IntAct App
从 IntAct 数据库构建分子相互作用网络。一键访问所有详细信息。
(7)  17418 次下载
ISMAGS
枚举图中基序的所有实例，充分利用基序的对称性。
ISMAGS
枚举图中基序的所有实例，充分利用基序的对称性。
(1)  13655 次下载
JEPETTO
基于相互作用网络执行人类基因集富集分析和拓扑分析。
JEPETTO
基于相互作用网络执行人类基因集富集分析和拓扑分析。
(32)  23268 次下载
JGF App
导入/导出 OpenBEL 网络。JSON 图格式网络应用程序支持更严格的 BEL 模式。
JGF App
导入/导出 OpenBEL 网络。JSON 图格式网络应用程序支持更严格的 BEL 模式。
(1)  9162 次下载
KDDN
知识融合差异依赖网络 (Knowledge-fused Differential Dependency Network)
KDDN
知识融合差异依赖网络 (Knowledge-fused Differential Dependency Network)
(7)  7775 次下载
KeyPathwayMiner
检测大多数基因表现出相似表达行为的高度连接子网络。
KeyPathwayMiner
检测大多数基因表现出相似表达行为的高度连接子网络。
(70)  25321 次下载
layoutSaver
将节点位置从一个网络映射到另一个网络
layoutSaver
将节点位置从一个网络映射到另一个网络
(1)  5515 次下载
mapSourceAndTarget
mapSourceAndTarget
(2)  1901 次下载
MCDS
近似有向网络的最小连通支配集 (MCDS)。
MCDS
近似有向网络的最小连通支配集 (MCDS)。
(14)  6742 次下载
MCODE
根据拓扑结构对给定网络进行聚类，以发现密集连接区域。
MCODE
根据拓扑结构对给定网络进行聚类，以发现密集连接区域。
(32)  249958 次下载
MetDisease
用 MeSH 疾病术语和参考文献链接注释代谢网络。
MetDisease
用 MeSH 疾病术语和参考文献链接注释代谢网络。
(5)  11024 次下载
MGG
执行 microbetag 工作流程并可视化 microbetag 注释网络
MGG
执行 microbetag 工作流程并可视化 microbetag 注释网络
(1)  2067 次下载
MORO
MORO
(1)  2448 次下载
MSClustering
一种用于复杂网络分层聚类和系统发育的高效应用程序
MSClustering
一种用于复杂网络分层聚类和系统发育的高效应用程序
(55)  4711 次下载
NCMine
通过近团挖掘 (Near-Clique Mining) 查找基因网络中的功能模块
NCMine
通过近团挖掘 (Near-Clique Mining) 查找基因网络中的功能模块
(3)  4657 次下载
NeDRex
寻找药物重定位候选者和疾病模块。构建定制的异构分子网络并支持探索。
NeDRex
寻找药物重定位候选者和疾病模块。构建定制的异构分子网络并支持探索。
(7)  8821 次下载
NetMatchStar
增强版 Cytoscape 网络查询应用程序
NetMatchStar
增强版 Cytoscape 网络查询应用程序
(3)  10933 次下载
Network Coherence Calculator
计算网络中差异表达基因的网络连贯性。
Network Coherence Calculator
计算网络中差异表达基因的网络连贯性。
(3)  3417 次下载
Network Randomizer
用于创建随机网络并将其与真实网络进行比较的工具
Network Randomizer
用于创建随机网络并将其与真实网络进行比较的工具
(5)  17030 次下载
Obfuscator
用随机名称替换一个或多个网络中的节点名称，同时保留跨网络的对应关系。
Obfuscator
用随机名称替换一个或多个网络中的节点名称，同时保留跨网络的对应关系。
(1)  7487 次下载
Omics Analysis Collection
旨在促进组学数据网络分析的应用程序集合。安装此应用程序，即会安装一系列应用程序。
Omics Analysis Collection
旨在促进组学数据网络分析的应用程序集合。安装此应用程序，即会安装一系列应用程序。
(1)  25962 次下载
OmniPath
OmniPath：文献策展的人类信号通路
OmniPath
OmniPath：文献策展的人类信号通路
(17)  18606 次下载
OpenCytoscapeWeb
在浏览器中打开 web.cytoscape.org 上的当前网络视图
OpenCytoscapeWeb
在浏览器中打开 web.cytoscape.org 上的当前网络视图
(0)  311 次下载
PanGIA
物理和遗传相互作用的综合分析与可视化，以推断遗传模块图
PanGIA
物理和遗传相互作用的综合分析与可视化，以推断遗传模块图
(0)  3754 次下载
PathInsight
一个开源应用程序，用于以系统生物学图形符号 (SBGN) 建模通路中小分子结合的影响
PathInsight
一个开源应用程序，用于以系统生物学图形符号 (SBGN) 建模通路中小分子结合的影响
(1)  3931 次下载
Pathway Scoring Application
评估通路中基因和过程的生物活性
Pathway Scoring Application
评估通路中基因和过程的生物活性
(2)  10450 次下载
PCM
组装预测簇，以实现更好的蛋白质簇检测
PCM
组装预测簇，以实现更好的蛋白质簇检测
(4)  2976 次下载
PEPPER
使用多目标优化，在 PPI 网络中查找连接蛋白质集成员的有意义的通路/复合物
PEPPER
使用多目标优化，在 PPI 网络中查找连接蛋白质集成员的有意义的通路/复合物
(44)  31778 次下载
Petri Net Implementation for Cytoscape
为 Cytoscape 实现 Petri 网，允许创建、加载、导出和模拟 Petri 网
Petri Net Implementation for Cytoscape
为 Cytoscape 实现 Petri 网，允许创建、加载、导出和模拟 Petri 网
(4)  3386 次下载
PEWCC
检测网络（如 PPI/基因网络）中的密集子网络（如蛋白质/基因复合物）
PEWCC
检测网络（如 PPI/基因网络）中的密集子网络（如蛋白质/基因复合物）
(8)  3987 次下载
PhenomeScape
利用已知的疾病关联，从基因表达数据中识别差异调控的子网络
PhenomeScape
利用已知的疾病关联，从基因表达数据中识别差异调控的子网络
(4)  14819 次下载
PINA4MS
结合组织特异性蛋白质表达和相互作用数据，以识别具有功能和疾病相关性的基因
PINA4MS
结合组织特异性蛋白质表达和相互作用数据，以识别具有功能和疾病相关性的基因
(14)  16499 次下载
PiNGO
在网络中查找与用户定义的目标 GO 术语相关的候选基因。
PiNGO
在网络中查找与用户定义的目标 GO 术语相关的候选基因。
(4)  6333 次下载
Propagate
Propagate
(0)  2560 次下载
PSFC
通路信号流计算器 (Pathway Signal Flow Calculator)：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑结构计算通路活性。
PSFC
通路信号流计算器 (Pathway Signal Flow Calculator)：根据基因表达/代谢物丰度和通路拓扑结构计算通路活性。
(1)  24866 次下载
PSI-MI Reader
核心应用程序：为 Cytoscape 提供读取 PSI-MI 文件的支持
PSI-MI Reader
核心应用程序：为 Cytoscape 提供读取 PSI-MI 文件的支持
(0)  11021 次下载
ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能相互作用网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
ReactomeFIPlugIn
使用 Reactome 功能相互作用网络探索 Reactome 通路，并搜索与疾病相关的通路和网络模式
(23)  139158 次下载
RenoDoI
一种用于集成数据-知识网络的视觉分析方法。
RenoDoI
一种用于集成数据-知识网络的视觉分析方法。
(1)  4626 次下载
RINspector
将残基相互作用网络 (RIN) 的中心性分析与 DynaMine 柔性预测相结合
RINspector
将残基相互作用网络 (RIN) 的中心性分析与 DynaMine 柔性预测相结合
(5)  12172 次下载
RWRMTN
一种基于微小 RNA-靶基因网络预测疾病相关微小 RNA 的工具
RWRMTN
一种基于微小 RNA-靶基因网络预测疾病相关微小 RNA 的工具
(4)  3724 次下载
SAP HANA plug-in for Cytoscape
连接 Cytoscape 和 SAP HANA，以实现对 SAP HANA 中存储的图数据的导入、导出和可视化。
SAP HANA plug-in for Cytoscape
连接 Cytoscape 和 SAP HANA，以实现对 SAP HANA 中存储的图数据的导入、导出和可视化。
(1)  85 次下载
science-direct
协助准备用于提交给拥有交互式网络查看器的期刊的网络文件
science-direct
协助准备用于提交给拥有交互式网络查看器的期刊的网络文件
(0)  5698 次下载
SCODE
这是用于通过监督图聚类进行蛋白质复合物识别的 Cytoscape 应用程序实现
SCODE
这是用于通过监督图聚类进行蛋白质复合物识别的 Cytoscape 应用程序实现
(0)  13361 次下载
SDP Model Builder
与 Selventa 开发平台连接的 Cytoscape 3 应用程序
SDP Model Builder
与 Selventa 开发平台连接的 Cytoscape 3 应用程序
(0)  2710 次下载
SenseNet
生物分子结构系综的原子相互作用网络分析
SenseNet
生物分子结构系综的原子相互作用网络分析
(1)  6805 次下载
SiGNetApp
用于生产网络推理基准测试数据的 Cytoscape 应用程序
SiGNetApp
用于生产网络推理基准测试数据的 Cytoscape 应用程序
(0)  2490 次下载
SIREN
调控网络的签名 (Signing of Regulatory Networks)
SIREN
调控网络的签名 (Signing of Regulatory Networks)
(3)  4182 次下载
SocialNetwork
通过构建节点代表作者、边代表出版物的网络来总结个人之间的联系方式。
SocialNetwork
通过构建节点代表作者、边代表出版物的网络来总结个人之间的联系方式。
(5)  15300 次下载
stringApp
从 STRING 导入并增强 Cytoscape 网络
stringApp
从 STRING 导入并增强 Cytoscape 网络
(34)  387515 次下载
structureViz2
在网络环境中可视化大分子结构的应用程序
structureViz2
在网络环境中可视化大分子结构的应用程序
(4)  16925 次下载
TETRAMER
一种用于预测主调控因子的时间转录调控建模器
TETRAMER
一种用于预测主调控因子的时间转录调控建模器
(26)  3293 次下载
TiCoNE
时间过程网络富集器 (Time Course Network Enricher) 是一种用于时间序列数据的交互式聚类方法
TiCoNE
时间过程网络富集器 (Time Course Network Enricher) 是一种用于时间序列数据的交互式聚类方法
(73)  61704 次下载
TimeNexus
构建、管理和可视化时间多层网络，以及提取活跃的多层子网络。
TimeNexus
构建、管理和可视化时间多层网络，以及提取活跃的多层子网络。
(1)  2421 次下载
UFO
一个用于整合基于生物医学本体的语义相似度计算、富集分析和可视化的工具
UFO
一个用于整合基于生物医学本体的语义相似度计算、富集分析和可视化的工具
(2)  4544 次下载
Venn and Euler Diagrams
提供图表视图和详细视图，用于一次比较两个或多个 Cytoscape 组。
Venn and Euler Diagrams
提供图表视图和详细视图，用于一次比较两个或多个 Cytoscape 组。
(36)  27819 次下载
WebbyMcSearch
在 Google、PubMed 或其他常用搜索引擎上对所选节点执行节点属性的网络查询
WebbyMcSearch
在 Google、PubMed 或其他常用搜索引擎上对所选节点执行节点属性的网络查询
(0)  2647 次下载
WikiDataScape
一个用于 Cytoscape 的 WikiData 探索器
WikiDataScape
一个用于 Cytoscape 的 WikiData 探索器
(3)  11086 次下载
wk-shell-decomposition
执行加权 k-shell 分解
wk-shell-decomposition
执行加权 k-shell 分解
(1)  3781 次下载
Worm Plot
序列自相似性有向图可视化。
Worm Plot
序列自相似性有向图可视化。
(0)  12381 次下载
yFiles Layout Algorithms
用于排列网络的高度复杂的算法。
yFiles Layout Algorithms
用于排列网络的高度复杂的算法。
(30)  253578 次下载
ZDOG
ZDOG
(0)  2087 次下载

Cytoscape 2.x 不支持的插件
addParentNeighbors
对于子网络中的选定节点，从父网络添加相邻节点。
addParentNeighbors
对于子网络中的选定节点，从父网络添加相邻节点。
(0)
APCluster
使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。
APCluster
使用 Frey BJ 和 Duec D (2007) 描述的亲和传播（Affinity Propagation）算法进行聚类。
(5)
BiLayout
为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。
BiLayout
为用户选择的两组节点查找二分网络并执行布局。
(8)
bioCycPlugin
加载 bioCyc 数据库中的任何通路。原始面板为每个节点提供有用的信息。
bioCycPlugin
加载 bioCyc 数据库中的任何通路。原始面板为每个节点提供有用的信息。
(1)
BioQualiPlugin
对调控网络和表达数据执行一致性检查。
BioQualiPlugin
对调控网络和表达数据执行一致性检查。
(0)
BNMatch
BNMatch
(2)
CalculatenodeDegree
简单地计算所选节点的度数。
CalculatenodeDegree
简单地计算所选节点的度数。
(0)
ChartPlugin
根据所选节点或边的数值属性创建图表。
ChartPlugin
根据所选节点或边的数值属性创建图表。
(4)
ClojureEngine
对 Clojure 脚本的实验性支持
ClojureEngine
对 Clojure 脚本的实验性支持
(0)
clusterMaker
对给定网络中紧密连接的节点和节点属性进行聚类。
clusterMaker
对给定网络中紧密连接的节点和节点属性进行聚类。
(22)
commandTool
提供简单的 Cytoscape 命令行界面。
commandTool
提供简单的 Cytoscape 命令行界面。
(0)
Commonattributes
查找所选节点之间共享的属性。
Commonattributes
查找所选节点之间共享的属性。
(0)
ContigScape
用于微生物基因组缺口闭合的交互式引导工具
ContigScape
用于微生物基因组缺口闭合的交互式引导工具
(2)
CyGoose
提供 Gaggle Boss，用于将数据从一个应用程序路由到另一个应用程序。
CyGoose
提供 Gaggle Boss，用于将数据从一个应用程序路由到另一个应用程序。
(1)
CySBML
SBML 的 Cytoscape 插件
CySBML
SBML 的 Cytoscape 插件
(7)
CyThesaurus-ID-Mapping
使用 BridgeDb 和其他公共或自定义数据库源执行 ID 映射。
CyThesaurus-ID-Mapping
使用 BridgeDb 和其他公共或自定义数据库源执行 ID 映射。
(10)
CytoITMprobe
提供对 ITM Probe 数据库的访问，用于查询和导入相关网络节点及其属性。
CytoITMprobe
提供对 ITM Probe 数据库的访问，用于查询和导入相关网络节点及其属性。
(0)
CytoSaddleSum
基于权重和分数（sum-of-weight scores）查找富集功能。
CytoSaddleSum
基于权重和分数（sum-of-weight scores）查找富集功能。
(0)
CytoSEED
使用户能够查看、操作和分析由 Model SEED 创建的代谢模型。
CytoSEED
使用户能够查看、操作和分析由 Model SEED 创建的代谢模型。
(3)
CytoSQL
通过调用查询命令从 SQL 数据库检索属性。
CytoSQL
通过调用查询命令从 SQL 数据库检索属性。
(0)
DroID
从果蝇相互作用数据库 (DroID) 导入蛋白质相互作用网络。
DroID
从果蝇相互作用数据库 (DroID) 导入蛋白质相互作用网络。
(3)
dynamicXpr
像电影一样，根据节点在多种条件下的表达水平动态改变其颜色。
dynamicXpr
像电影一样，根据节点在多种条件下的表达水平动态改变其颜色。
(2)
EnhancedSearch
基于属性对网络执行搜索
EnhancedSearch
基于属性对网络执行搜索
(3)
FERN
执行化学反应网络的随机模拟。
FERN
执行化学反应网络的随机模拟。
(1)
FM3
执行由 Hachul S 等人在 2005 年介绍的、最快的多级力导向布局之一：FM3 布局。
FM3
执行由 Hachul S 等人在 2005 年介绍的、最快的多级力导向布局之一：FM3 布局。
(0)
FunNetViz
整合并可视化共表达网络并测量中心性。
FunNetViz
整合并可视化共表达网络并测量中心性。
(5)
GoogleChartFunctions
使用 Google Chart API 根据属性值 (URL) 创建图像。
GoogleChartFunctions
使用 Google Chart API 根据属性值 (URL) 创建图像。
(1)
GPML-Plugin
通过导入菜单启用 GPML 文件导入。
GPML-Plugin
通过导入菜单启用 GPML 文件导入。
(10)
GraphMLReader
用于 GraphML 格式 XML 网络文件的阅读器插件
GraphMLReader
用于 GraphML 格式 XML 网络文件的阅读器插件
(0)
GroupTool
使用户能够定义节点组并显示有关组的信息。
GroupTool
使用户能够定义节点组并显示有关组的信息。
(0)
HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
HOMECAT
整合来自多个物种的数据，映射多个直系同源基因
(0)
iCTNet
集成复杂性状网络 (iCTNet) 汇集了人类疾病、组织、基因和药物-靶标相互作用。
iCTNet
集成复杂性状网络 (iCTNet) 汇集了人类疾病、组织、基因和药物-靶标相互作用。
(6)
IDSwitcher
方便地更改节点或边的标识符！
IDSwitcher
方便地更改节点或边的标识符！
(4)
Interference
评估节点移除后的拓扑影响，如辐射度、紧密度、中介中心性、质心值和离心率。
Interference
评估节点移除后的拓扑影响，如辐射度、紧密度、中介中心性、质心值和离心率。
(12)
JavaScriptEngine
对 JavaScript 编程语言的脚本支持
JavaScriptEngine
对 JavaScript 编程语言的脚本支持
(0)
KNIMEConnector
从 Konstanz Information Miner (KNIME) 导入和导出网络
KNIMEConnector
从 Konstanz Information Miner (KNIME) 导入和导出网络
(8)
MetaNetter
基于高分辨率代谢组学数据推断代谢网络。
MetaNetter
基于高分辨率代谢组学数据推断代谢网络。
(1)
MiMIplugin
从 MiMI 检索分子相互作用和相互作用属性，并显示相互作用网络和属性。
MiMIplugin
从 MiMI 检索分子相互作用和相互作用属性，并显示相互作用网络和属性。
(9)
MiSink
为支持 MiSink 的网站（包括 DIP）提供网络接口。
MiSink
为支持 MiSink 的网站（包括 DIP）提供网络接口。
(0)
MONET
根据生物学注释和表达数据预测基因调控网络。
MONET
根据生物学注释和表达数据预测基因调控网络。
(0)
MostHighlyConnectedSubgraphPlugin
MostHighlyConnectedSubgraphPlugin
(0)
MultiLevelLayout
用于分层生物网络的布局算法。
MultiLevelLayout
用于分层生物网络的布局算法。
(2)
NDBReaderPlugin
Genomica NDB 文件阅读器
NDBReaderPlugin
Genomica NDB 文件阅读器
(0)
NeMo
识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。
NeMo
识别紧密连接的网络模块和二分网络模块。
(3)
NetCirChro
在环状染色体上可视化相互作用网络。
NetCirChro
在环状染色体上可视化相互作用网络。
(4)
NetLink
创建可打开其他网络的节点或边超链接。
NetLink
创建可打开其他网络的节点或边超链接。
(0)
NetTwo
测量两个子网络之间的功能关系
NetTwo
测量两个子网络之间的功能关系
(0)
NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
NOA
网络本体分析插件根据注释节点之间的网络连接执行本体过度表示分析。
(20)
OmicsAnalyzer
将组学数据（如表达数据、蛋白质组数据等）整合到网络上
OmicsAnalyzer
将组学数据（如表达数据、蛋白质组数据等）整合到网络上
(3)
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
OWLPlugin
根据用户提供的 OWL/RDF 本体在 Cytoscape 中构建网络，并实现 SPARQL 模块
(0)
PerturbationAnalyzer
基于质量作用定律评估所选节点的扰动如何影响给定网络中的其他节点。
PerturbationAnalyzer
基于质量作用定律评估所选节点的扰动如何影响给定网络中的其他节点。
(5)
PhyloTree
读取系统发育树格式（Phylip 或 phyloXML）的文件并将其可视化为网络。
PhyloTree
读取系统发育树格式（Phylip 或 phyloXML）的文件并将其可视化为网络。
(0)
PinnacleZ
根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络
PinnacleZ
根据 PPI 网络和基因表达数据识别可区分给定条件的子网络
(0)
PythonScriptingEngine
对 Python (Jython) 的脚本语言支持
PythonScriptingEngine
对 Python (Jython) 的脚本语言支持
(0)
RDFScsape
允许在 Cytoscape 内对 OWL 或 RDF 表示的本体进行查询、可视化和推理。
RDFScsape
允许在 Cytoscape 内对 OWL 或 RDF 表示的本体进行查询、可视化和推理。
(13)
ReConn
从 Reactome 服务器加载通路数据并整合表达数据。
ReConn
从 Reactome 服务器加载通路数据并整合表达数据。
(0)
ReOrientPlugin
根据参考 Cytoscape 会话文件布局节点位置。
ReOrientPlugin
根据参考 Cytoscape 会话文件布局节点位置。
(1)
ScriptEngineManager
所有脚本引擎所需的管理器插件
ScriptEngineManager
所有脚本引擎所需的管理器插件
(1)
SFLDLoader
在 Cytoscape 上通过图表示结构蛋白质家族及其同源物。
SFLDLoader
在 Cytoscape 上通过图表示结构蛋白质家族及其同源物。
(0)
SimBoolNet
SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件
SimBoolNet
SimBoolNet 是一个使用布尔网络模拟信号转导动态的插件
(2)
SPNConverter
将图转换为 GraphML 格式的工具
SPNConverter
将图转换为 GraphML 格式的工具
(0)
structureViz
使用户能够从生物网络遍历到其结构的详细视图。
structureViz
使用户能够从生物网络遍历到其结构的详细视图。
(4)
Superpathways-Plugin
从 Wikipathways 下载并整合多个通路。
Superpathways-Plugin
从 Wikipathways 下载并整合多个通路。
(0)
VennDiagramgenerator
为选定的网络生成共享节点的 Venn/Euler 图。
VennDiagramgenerator
为选定的网络生成共享节点的 Venn/Euler 图。
(0)